More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_1816 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009832  Spro_1816  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 191 aa  392  1e-108  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00473491  hitchhiker  0.000617218 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3441  XRE family transcriptional regulator  53.23 
 
 		 187 aa  195  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.404086 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3508  XRE family transcriptional regulator  54.3 
 
 		 187 aa  194  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0510026 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2232  Cro/CI family transcriptional regulator  54.8 
 
 		 177 aa  191  4e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1855  XRE family transcriptional regulator  53.11 
 
 		 177 aa  186  2e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.21785 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3308  transcriptional regulator  51.98 
 
 		 187 aa  184  5e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.38656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0197  XRE family transcriptional regulator  51.05 
 
 		 190 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0555347  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46710  putative transcriptional regulator  52.78 
 
 		 216 aa  181  8.000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0037508  decreased coverage  0.000000167672 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3469  DNA-binding protein  49.73 
 
 		 189 aa  179  2e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.162788  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3250  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  50.83 
 
 		 189 aa  178  4e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.653673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4024  putative transcriptional regulator  51.67 
 
 		 195 aa  176  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.181748  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3188  XRE family transcriptional regulator  46.93 
 
 		 189 aa  152  2.9999999999999998e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.549125 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5123  hypothetical protein  35.52 
 
 		 198 aa  108  4.0000000000000004e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.635702  normal  0.639471 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2770  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 192 aa  106  2e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.169539 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3529  XRE family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 200 aa  103  2e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.295271 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4931  transcriptional regulator, XRE family  33.71 
 
 		 187 aa  94  1e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5072  transcriptional regulator, XRE family  31.67 
 
 		 207 aa  93.6  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1787  Cro/CI family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 200 aa  92  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0263563  normal  0.220225 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1668  Cro/CI family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 200 aa  90.5  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.118403 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1789  transcriptional regulator, Cro/CI family  29.94 
 
 		 200 aa  90.5  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.225 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1849  Cro/CI family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 200 aa  90.5  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.646761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1487  transcriptional regulator, Cro/CI family  30.29 
 
 		 200 aa  89.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.335106  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04780  putative transcription regulator protein  30.17 
 
 		 205 aa  83.2  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05657  putative DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  30.17 
 
 		 205 aa  83.2  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0327  XRE family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 191 aa  79.7  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000523898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  31.61 
 
 		 191 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000353964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 191 aa  79.3  0.00000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3700  XRE family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 191 aa  78.2  0.00000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000696836  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0324  XRE family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 191 aa  78.2  0.00000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000421536  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0319  XRE family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 191 aa  77  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000379854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0424  XRE family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 188 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0332  transcriptional regulator, XRE family  30.59 
 
 		 201 aa  76.6  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.865127  normal  0.108372 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2039  DNA-binding protein  30.81 
 
 		 178 aa  72.4  0.000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000824446  hitchhiker  5.01479e-19 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1109  XRE family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 183 aa  72.4  0.000000000004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05910  predicted transcriptional regulator  33.76 
 
 		 190 aa  71.2  0.000000000009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.848221  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0945  transcriptional regulator, XRE family  27.65 
 
 		 184 aa  70.9  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000133489  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2484  XRE family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 187 aa  70.9  0.00000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0499056 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1096  helix-turn-helix domain-containing protein  28.24 
 
 		 182 aa  70.9  0.00000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0632  DNA-binding protein  27.01 
 
 		 181 aa  70.5  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.404047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4320  XRE family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 181 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.810122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1517  DNA-binding protein  30.23 
 
 		 178 aa  69.3  0.00000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01392  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.23 
 
 		 178 aa  69.3  0.00000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2212  transcriptional regulator, XRE family  30.23 
 
 		 178 aa  69.3  0.00000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 224 aa  69.3  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1579  transcriptional regulator  27.33 
 
 		 182 aa  69.3  0.00000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.168139  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01402  hypothetical protein  30.23 
 
 		 178 aa  69.3  0.00000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2225  XRE family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 178 aa  69.3  0.00000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.639128 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1613  DNA-binding protein  30.23 
 
 		 178 aa  69.3  0.00000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0850  XRE family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 182 aa  68.6  0.00000000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.406298  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1719  XRE family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 178 aa  68.2  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.499876  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1740  DNA-binding protein  29.65 
 
 		 178 aa  67.8  0.00000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000189008  hitchhiker  2.35786e-17 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3286  DNA-binding protein  26.44 
 
 		 179 aa  67.4  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.414425  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1556  transcriptional regulator, XRE family  29.65 
 
 		 178 aa  67.4  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1722  transcriptional regulator, XRE family  28.72 
 
 		 185 aa  67  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.185673  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0921  transcriptional regulator, XRE family  31.52 
 
 		 260 aa  67.4  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.746837  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1783  XRE family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 178 aa  67  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1737  XRE family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 185 aa  66.6  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0379  transcriptional regulator  27.91 
 
 		 184 aa  67  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.808324 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1982  XRE family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 175 aa  67  0.0000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.623481  normal  0.364753 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0917  transcriptional regulator, XRE family  32.02 
 
 		 192 aa  66.2  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3942  transcriptional regulator, XRE family  36.89 
 
 		 197 aa  65.9  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.534044  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0872  transcriptional regulator  31.46 
 
 		 192 aa  65.1  0.0000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.62802  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4589  transcriptional regulator, XRE family  28.65 
 
 		 188 aa  64.7  0.0000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  28.48 
 
 		 201 aa  64.3  0.0000000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4773  transcriptional regulator, XRE family  28.07 
 
 		 187 aa  64.3  0.0000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0282623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  27.13 
 
 		 212 aa  63.5  0.000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1642  XRE family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 186 aa  63.5  0.000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.065261  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5143  putative transcriptional regulator, XRE family  29.21 
 
 		 192 aa  63.2  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0117731  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0831  XRE family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 183 aa  62.8  0.000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000078794  normal  0.173113 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1064  transciptional regulator  26.01 
 
 		 195 aa  62  0.000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  29.78 
 
 		 207 aa  61.2  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0099  transcriptional regulator, XRE family  31.89 
 
 		 194 aa  60.8  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798061 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2614  transcriptional regulator  31.58 
 
 		 248 aa  60.5  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.325655  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0389  XRE family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 178 aa  60.8  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.762812  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4268  transcriptional regulator, XRE family  27.65 
 
 		 188 aa  59.7  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0893  DNA-binding protein  32.16 
 
 		 222 aa  59.3  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2231  XRE family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 187 aa  59.7  0.00000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000245077 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0714  DNA-binding protein  32.16 
 
 		 222 aa  59.3  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0728  DNA-binding protein  32.16 
 
 		 222 aa  59.3  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2487  XRE family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 189 aa  59.3  0.00000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01840  transcriptional regulator, XRE family  26.97 
 
 		 182 aa  58.9  0.00000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0229  DNA-binding protein  32.16 
 
 		 222 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2441  DNA-binding protein  32.16 
 
 		 222 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2717  DNA-binding protein  32.16 
 
 		 222 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2361  DNA-binding protein  32.16 
 
 		 222 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2254  XRE family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 185 aa  58.5  0.00000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0575156  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0772  putative transcriptional regulator, XRE family  30.69 
 
 		 199 aa  58.5  0.00000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0594  DNA-binding protein  32.16 
 
 		 219 aa  58.2  0.00000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3063  transcriptional regulator, XRE family  28.57 
 
 		 201 aa  58.2  0.00000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0744  XRE family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 209 aa  58.2  0.00000008  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.541206  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0662  XRE family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 259 aa  58.2  0.00000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2928  DNA-binding protein  25.47 
 
 		 185 aa  58.2  0.00000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384603 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1555  transcriptional regulator  29.7 
 
 		 181 aa  57.8  0.00000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02293  putative transcription regulator protein  29.59 
 
 		 182 aa  57.4  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.40687 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2481  DNA-binding protein  25.47 
 
 		 185 aa  57.8  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00193646  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8704  transcriptional regulator, XRE family  24.86 
 
 		 223 aa  57.8  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.264618 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02050  predicted transcriptional regulator  27.61 
 
 		 201 aa  57.8  0.0000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34730  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 193 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0210921  normal  0.262574 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8701  transcriptional regulator, XRE family  29.7 
 
 		 200 aa  56.6  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.257362 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2924  XRE family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 204 aa  56.6  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.705469  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>