More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3188 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_3188  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 189 aa  379  1e-104  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.549125 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46710  putative transcriptional regulator  57.75 
 
 		 216 aa  214  4e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0037508  decreased coverage  0.000000167672 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4024  putative transcriptional regulator  56.15 
 
 		 195 aa  209  2e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.181748  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0197  XRE family transcriptional regulator  53.44 
 
 		 190 aa  199  9.999999999999999e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0555347  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3308  transcriptional regulator  45 
 
 		 187 aa  163  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.38656  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3508  XRE family transcriptional regulator  44.75 
 
 		 187 aa  161  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0510026 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3441  XRE family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 187 aa  159  3e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.404086 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2232  Cro/CI family transcriptional regulator  44.57 
 
 		 177 aa  156  2e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1816  XRE family transcriptional regulator  46.93 
 
 		 191 aa  155  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00473491  hitchhiker  0.000617218 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3469  DNA-binding protein  43.09 
 
 		 189 aa  155  4e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.162788  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1855  XRE family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 177 aa  150  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.21785 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3250  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  41.3 
 
 		 189 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.653673  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2770  XRE family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 192 aa  97.4  1e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.169539 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5123  hypothetical protein  35.67 
 
 		 198 aa  89.7  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.635702  normal  0.639471 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5072  transcriptional regulator, XRE family  32.96 
 
 		 207 aa  86.7  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4931  transcriptional regulator, XRE family  32.61 
 
 		 187 aa  83.6  0.000000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3529  XRE family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 200 aa  83.6  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.295271 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4079  XRE family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 182 aa  83.6  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1668  Cro/CI family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 200 aa  82  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.118403 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1789  transcriptional regulator, Cro/CI family  28.8 
 
 		 200 aa  82  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.225 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1487  transcriptional regulator, Cro/CI family  29.32 
 
 		 200 aa  81.6  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.335106  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1787  Cro/CI family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 200 aa  79.7  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0263563  normal  0.220225 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1849  Cro/CI family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 200 aa  79.3  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.646761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4371  XRE family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 182 aa  78.6  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4437  XRE family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 182 aa  78.6  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4325  XRE family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 182 aa  78.6  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.735671  normal  0.293625 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4256  transcriptional regulator, XRE family  31.33 
 
 		 182 aa  78.6  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.949593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4285  transcriptional regulator, XRE family  31.33 
 
 		 182 aa  78.6  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0678  transcriptional regulator, XRE family  31.64 
 
 		 188 aa  75.9  0.0000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04780  putative transcription regulator protein  33.13 
 
 		 205 aa  74.3  0.0000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05657  putative DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  33.13 
 
 		 205 aa  74.3  0.0000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15000  predicted transcriptional regulator  31.18 
 
 		 184 aa  73.9  0.000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.904149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0850  XRE family transcriptional regulator  23.86 
 
 		 182 aa  73.6  0.000000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.406298  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  30 
 
 		 207 aa  72.4  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1579  transcriptional regulator  23.3 
 
 		 182 aa  71.6  0.000000000007  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.168139  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1096  helix-turn-helix domain-containing protein  22.6 
 
 		 182 aa  71.2  0.000000000008  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2928  DNA-binding protein  23.86 
 
 		 185 aa  71.2  0.000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384603 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2481  DNA-binding protein  21.84 
 
 		 185 aa  68.6  0.00000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00193646  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2487  XRE family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 189 aa  68.2  0.00000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2254  XRE family transcriptional regulator  22.16 
 
 		 185 aa  67.4  0.0000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0575156  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2614  transcriptional regulator  31.95 
 
 		 248 aa  66.2  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.325655  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3725  DNA-binding protein  29.63 
 
 		 258 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16550  predicted transcriptional regulator  30.85 
 
 		 204 aa  66.6  0.0000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.45133 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2542  DNA-binding protein  21.59 
 
 		 185 aa  66.2  0.0000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0073  helix-turn-helix domain-containing protein  33.88 
 
 		 210 aa  66.2  0.0000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2279  DNA-binding protein  21.59 
 
 		 185 aa  65.1  0.0000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.268468  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2463  DNA-binding protein  21.59 
 
 		 185 aa  65.1  0.0000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2448  DNA-binding protein  21.59 
 
 		 185 aa  65.1  0.0000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.191992  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0632  DNA-binding protein  27.06 
 
 		 181 aa  65.1  0.0000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.404047  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2197  transcriptional regulator  21.59 
 
 		 185 aa  65.1  0.0000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.26325  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3942  transcriptional regulator, XRE family  38.84 
 
 		 197 aa  64.7  0.0000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.534044  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3286  DNA-binding protein  26.22 
 
 		 179 aa  64.3  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.414425  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2239  transcriptional regulator  21.59 
 
 		 185 aa  63.9  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0224117  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4773  transcriptional regulator, XRE family  30.72 
 
 		 187 aa  63.9  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0282623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  29.88 
 
 		 188 aa  63.2  0.000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1109  XRE family transcriptional regulator  22.62 
 
 		 183 aa  63.5  0.000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 176 aa  63.5  0.000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4320  XRE family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 181 aa  62.4  0.000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.810122  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0332  transcriptional regulator, XRE family  29.34 
 
 		 201 aa  62.8  0.000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.865127  normal  0.108372 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2054  transcriptional regulator, XRE family  28.21 
 
 		 186 aa  62.8  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.388224 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3484  transcriptional regulator, XRE family  31.54 
 
 		 200 aa  62  0.000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 224 aa  61.2  0.000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4229  hypothetical protein  30.72 
 
 		 652 aa  60.8  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.60873 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2039  DNA-binding protein  26.32 
 
 		 178 aa  60.5  0.00000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000824446  hitchhiker  5.01479e-19 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01840  transcriptional regulator, XRE family  27.4 
 
 		 182 aa  59.7  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1737  XRE family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 185 aa  59.7  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1719  XRE family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 178 aa  59.3  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.499876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1722  transcriptional regulator, XRE family  26.67 
 
 		 185 aa  59.3  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.185673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4544  transcriptional regulator, XRE family  29.22 
 
 		 215 aa  58.9  0.00000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.796901 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0389  XRE family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 178 aa  58.9  0.00000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.762812  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1459  helix-turn-helix domain protein  27.81 
 
 		 182 aa  58.9  0.00000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0503  transcriptional regulator, XRE family  36.02 
 
 		 194 aa  57.8  0.00000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0483553 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01392  predicted DNA-binding transcriptional regulator  25.73 
 
 		 178 aa  57.8  0.0000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2212  transcriptional regulator, XRE family  25.73 
 
 		 178 aa  57.8  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1556  transcriptional regulator, XRE family  26.7 
 
 		 178 aa  57.4  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2225  XRE family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 178 aa  57.8  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.639128 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0662  XRE family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 259 aa  57.4  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1613  DNA-binding protein  25.73 
 
 		 178 aa  57.8  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05910  predicted transcriptional regulator  31.61 
 
 		 190 aa  57.8  0.0000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.848221  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1517  DNA-binding protein  25.73 
 
 		 178 aa  57.8  0.0000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01402  hypothetical protein  25.73 
 
 		 178 aa  57.8  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1783  XRE family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 178 aa  57.8  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 181 aa  56.6  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  27.85 
 
 		 179 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  27.85 
 
 		 236 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  27.85 
 
 		 179 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 181 aa  56.2  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  27.85 
 
 		 179 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  27.85 
 
 		 179 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1740  DNA-binding protein  25.15 
 
 		 178 aa  56.2  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000189008  hitchhiker  2.35786e-17 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  27.85 
 
 		 179 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  27.85 
 
 		 179 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  27.85 
 
 		 236 aa  55.8  0.0000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0945  transcriptional regulator, XRE family  21.84 
 
 		 184 aa  55.5  0.0000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000133489  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2075  helix-turn-helix domain protein  25.14 
 
 		 196 aa  55.1  0.0000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.241547  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  26.35 
 
 		 201 aa  54.7  0.0000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0914  transcriptional regulator, XRE family  47.62 
 
 		 96 aa  54.7  0.0000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2346  transcriptional regulator  27.12 
 
 		 215 aa  54.3  0.0000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 190 aa  54.7  0.0000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 192 aa  54.3  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>