More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1855 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1855  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
177 aa  359  1e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.21785 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2232  Cro/CI family transcriptional regulator  94.92 
 
 
177 aa  343  8e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3508  XRE family transcriptional regulator  93.79 
 
 
187 aa  340  5e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0510026 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3441  XRE family transcriptional regulator  85.88 
 
 
187 aa  312  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.404086 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3308  transcriptional regulator  71.19 
 
 
187 aa  248  3e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.38656  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3469  DNA-binding protein  67.04 
 
 
189 aa  226  1e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.162788  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3250  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  66.48 
 
 
189 aa  225  3e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.653673  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46710  putative transcriptional regulator  59.09 
 
 
216 aa  198  3e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0037508  decreased coverage  0.000000167672 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0197  XRE family transcriptional regulator  55.68 
 
 
190 aa  196  1.0000000000000001e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0555347  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4024  putative transcriptional regulator  57.95 
 
 
195 aa  191  5e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.181748  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1816  XRE family transcriptional regulator  53.11 
 
 
191 aa  172  1.9999999999999998e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00473491  hitchhiker  0.000617218 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3188  XRE family transcriptional regulator  42.61 
 
 
189 aa  133  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.549125 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4931  transcriptional regulator, XRE family  40.34 
 
 
187 aa  109  2.0000000000000002e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2770  XRE family transcriptional regulator  39.77 
 
 
192 aa  105  3e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.169539 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5123  hypothetical protein  34.81 
 
 
198 aa  101  5e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.635702  normal  0.639471 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5072  transcriptional regulator, XRE family  34.86 
 
 
207 aa  92.8  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3529  XRE family transcriptional regulator  33.14 
 
 
200 aa  84.3  8e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.295271 
 
 
-
 
NC_003296  RS04780  putative transcription regulator protein  30.86 
 
 
205 aa  82  0.000000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05657  putative DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  30.86 
 
 
205 aa  82  0.000000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1849  Cro/CI family transcriptional regulator  32.95 
 
 
200 aa  79.7  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.646761  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1787  Cro/CI family transcriptional regulator  32.95 
 
 
200 aa  79.3  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0263563  normal  0.220225 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1789  transcriptional regulator, Cro/CI family  32.95 
 
 
200 aa  79.7  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.225 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1668  Cro/CI family transcriptional regulator  32.95 
 
 
200 aa  79.7  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.118403 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1487  transcriptional regulator, Cro/CI family  32.39 
 
 
200 aa  77.8  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.335106  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0850  XRE family transcriptional regulator  30.41 
 
 
182 aa  75.5  0.0000000000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.406298  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1579  transcriptional regulator  31.33 
 
 
182 aa  74.7  0.0000000000007  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.168139  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  35.58 
 
 
224 aa  73.9  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2231  XRE family transcriptional regulator  32.16 
 
 
187 aa  72.4  0.000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000245077 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4589  transcriptional regulator, XRE family  32.57 
 
 
188 aa  71.6  0.000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2039  DNA-binding protein  31.18 
 
 
178 aa  70.1  0.00000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000824446  hitchhiker  5.01479e-19 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2481  DNA-binding protein  29.52 
 
 
185 aa  69.7  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00193646  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1556  transcriptional regulator, XRE family  30.29 
 
 
178 aa  69.7  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0099  transcriptional regulator, XRE family  31.07 
 
 
194 aa  69.7  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.798061 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1096  helix-turn-helix domain-containing protein  31.33 
 
 
182 aa  69.3  0.00000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2614  transcriptional regulator  35.5 
 
 
248 aa  69.3  0.00000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.325655  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0332  transcriptional regulator, XRE family  32.56 
 
 
201 aa  69.3  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.865127  normal  0.108372 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05910  predicted transcriptional regulator  31.18 
 
 
190 aa  68.9  0.00000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.848221  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2484  XRE family transcriptional regulator  30.86 
 
 
187 aa  68.6  0.00000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0499056 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0872  transcriptional regulator  32.34 
 
 
192 aa  67.8  0.00000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.62802  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3942  transcriptional regulator, XRE family  42.45 
 
 
197 aa  67.8  0.00000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.534044  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01392  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.99 
 
 
178 aa  67  0.0000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2212  transcriptional regulator, XRE family  30.99 
 
 
178 aa  67  0.0000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01402  hypothetical protein  30.99 
 
 
178 aa  67  0.0000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2928  DNA-binding protein  28.92 
 
 
185 aa  67  0.0000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00384603 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1740  DNA-binding protein  30.99 
 
 
178 aa  67.4  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000189008  hitchhiker  2.35786e-17 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1517  DNA-binding protein  30.99 
 
 
178 aa  67  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2225  XRE family transcriptional regulator  30.99 
 
 
178 aa  67  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.639128 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01840  transcriptional regulator, XRE family  28.66 
 
 
182 aa  67  0.0000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1613  DNA-binding protein  30.99 
 
 
178 aa  67  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1783  XRE family transcriptional regulator  29.71 
 
 
178 aa  66.2  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2542  DNA-binding protein  27.71 
 
 
185 aa  66.6  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1109  XRE family transcriptional regulator  29.01 
 
 
183 aa  66.2  0.0000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2197  transcriptional regulator  27.47 
 
 
185 aa  65.9  0.0000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.26325  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2254  XRE family transcriptional regulator  27.71 
 
 
185 aa  66.2  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0575156  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1722  transcriptional regulator, XRE family  29.71 
 
 
185 aa  65.5  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.185673  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2463  DNA-binding protein  28.31 
 
 
185 aa  65.5  0.0000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2279  DNA-binding protein  28.31 
 
 
185 aa  65.5  0.0000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.268468  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0921  transcriptional regulator, XRE family  31.74 
 
 
260 aa  65.5  0.0000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.746837  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0662  XRE family transcriptional regulator  33.93 
 
 
259 aa  65.5  0.0000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2448  DNA-binding protein  28.31 
 
 
185 aa  65.5  0.0000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.191992  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0917  transcriptional regulator, XRE family  31.71 
 
 
192 aa  65.1  0.0000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  29.88 
 
 
201 aa  65.1  0.0000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1737  XRE family transcriptional regulator  29.71 
 
 
185 aa  64.7  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3063  transcriptional regulator, XRE family  30.67 
 
 
201 aa  64.7  0.0000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2239  transcriptional regulator  28.31 
 
 
185 aa  64.7  0.0000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0224117  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4106  transcriptional regulator, XRE family  29.09 
 
 
207 aa  64.7  0.0000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0938506  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  27.33 
 
 
176 aa  63.5  0.000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  27.33 
 
 
188 aa  63.5  0.000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  33.53 
 
 
207 aa  63.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1211  helix-turn-helix domain-containing protein  29.45 
 
 
200 aa  63.2  0.000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.924879 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1642  XRE family transcriptional regulator  29.71 
 
 
186 aa  62.4  0.000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.065261  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1719  XRE family transcriptional regulator  29.14 
 
 
178 aa  62.8  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.499876  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2039  transcriptional regulator, XRE family  35.29 
 
 
187 aa  62.4  0.000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.558818 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3140  transcriptional regulator, XRE family  30 
 
 
206 aa  62.4  0.000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0389  XRE family transcriptional regulator  32.28 
 
 
178 aa  60.8  0.000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.762812  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2054  transcriptional regulator, XRE family  25.6 
 
 
186 aa  60.8  0.000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.388224 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1982  XRE family transcriptional regulator  28.74 
 
 
175 aa  60.5  0.00000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.623481  normal  0.364753 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0744  XRE family transcriptional regulator  28.4 
 
 
209 aa  60.8  0.00000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.541206  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4079  XRE family transcriptional regulator  28.4 
 
 
182 aa  60.1  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0678  transcriptional regulator, XRE family  27.49 
 
 
188 aa  59.7  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6405  XRE family transcriptional regulator  31.64 
 
 
189 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146143  normal  0.496408 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1459  helix-turn-helix domain protein  27.17 
 
 
182 aa  59.7  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0424  XRE family transcriptional regulator  25.99 
 
 
188 aa  59.3  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4180  XRE family transcriptional regulator  29.71 
 
 
199 aa  59.3  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  25.99 
 
 
191 aa  58.9  0.00000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000353964  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  25.99 
 
 
191 aa  58.9  0.00000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0327  XRE family transcriptional regulator  25.99 
 
 
191 aa  58.9  0.00000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000523898  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6084  XRE family transcriptional regulator  29.19 
 
 
234 aa  58.9  0.00000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.207069 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1428  DNA-binding protein  28.65 
 
 
192 aa  58.5  0.00000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2346  transcriptional regulator  29.76 
 
 
215 aa  57.8  0.00000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0766  helix-turn-helix domain protein  28.31 
 
 
182 aa  57.8  0.00000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.494379  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0323  XRE family transcriptional regulator  25.99 
 
 
191 aa  57.8  0.00000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000737434  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1033  transcriptional regulator, XRE family  32.24 
 
 
195 aa  57.8  0.00000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4875  HTH-type transcriptional regulator  30.52 
 
 
214 aa  57.8  0.00000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.256136  normal  0.0946557 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0950  transcriptional regulator, XRE family  26.88 
 
 
205 aa  57.4  0.0000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00163253 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2085  XRE family transcriptional regulator  27.17 
 
 
207 aa  57.4  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.323846  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0945  transcriptional regulator, XRE family  28.31 
 
 
184 aa  57  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000133489  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4268  transcriptional regulator, XRE family  31.82 
 
 
188 aa  56.2  0.0000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1555  transcriptional regulator  29.3 
 
 
181 aa  56.2  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0127  transcriptional regulator, XRE family  26.71 
 
 
193 aa  55.5  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.116873  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>