More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_6405 on replicon NC_010625
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010625  Bphy_6405  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 189 aa  383  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146143  normal  0.496408 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2103  XRE family transcriptional regulator  62.5 
 
 		 191 aa  253  1.0000000000000001e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5130  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  52.41 
 
 		 188 aa  201  4e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.87177  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4478  transcriptional regulator  46.81 
 
 		 188 aa  191  5e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5030  transcriptional regulator, XRE family  50.83 
 
 		 189 aa  183  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.938239  normal  0.565327 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2039  transcriptional regulator, XRE family  49.45 
 
 		 187 aa  182  2.0000000000000003e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.558818 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0503  transcriptional regulator, XRE family  45.79 
 
 		 194 aa  167  8e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0483553 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  42.93 
 
 		 189 aa  141  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1428  DNA-binding protein  42.86 
 
 		 192 aa  140  8e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4522  transcriptional regulator, XRE family  43.01 
 
 		 188 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0681879  normal  0.0291061 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1033  transcriptional regulator, XRE family  43.23 
 
 		 195 aa  140  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3471  XRE family transcriptional regulator  39.69 
 
 		 197 aa  138  3.9999999999999997e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1025  XRE family transcriptional regulator  41.62 
 
 		 219 aa  138  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.976587  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3137  DNA-binding protein  42.16 
 
 		 195 aa  137  8.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2210  transcriptional regulator, XRE family  43.02 
 
 		 195 aa  136  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.949814  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1029  XRE family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 219 aa  135  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.289543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3174  DNA-binding protein  41.62 
 
 		 195 aa  136  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.9176  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1881  DNA-binding protein  41.62 
 
 		 195 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2019  DNA-binding protein  41.62 
 
 		 195 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.649802  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3191  DNA-binding protein  41.62 
 
 		 195 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.479355  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0895  DNA-binding protein  41.62 
 
 		 195 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.955987  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0115  transcriptional regulatory protein  39.58 
 
 		 194 aa  134  7.000000000000001e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0099  transcriptional regulator, XRE family  39.25 
 
 		 194 aa  134  7.000000000000001e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798061 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2085  XRE family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 207 aa  134  9e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.323846  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0127  transcriptional regulator, XRE family  39.57 
 
 		 193 aa  134  9e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.116873  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3132  putative transcription regulator protein  39.89 
 
 		 209 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.25062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2728  DNA-binding protein  41.08 
 
 		 195 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1123  XRE family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 221 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0106313  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1655  helix-turn-helix domain protein  39.23 
 
 		 194 aa  128  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000652652  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0668  XRE family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 206 aa  127  6e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1147  XRE family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 206 aa  127  6e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4259  XRE family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 206 aa  127  7.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.655976  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2158  XRE family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 224 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00315318  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4768  XRE family transcriptional regulator  44.85 
 
 		 193 aa  120  9e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.2486  normal  0.289686 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3726  transcriptional regulator, XRE family  37.36 
 
 		 195 aa  120  9e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4180  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 199 aa  120  9e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40150  putative transcriptional regulator  35.91 
 
 		 183 aa  115  5e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3403  putative transcriptional regulator  36.46 
 
 		 183 aa  114  7.999999999999999e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1454  XRE family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 189 aa  114  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.513852  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5472  putative transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 198 aa  112  3e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0377247 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5267  transcriptional regulator, XRE family  37.23 
 
 		 190 aa  111  7.000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.782951 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3563  transcriptional regulator, XRE family  34.9 
 
 		 189 aa  109  3e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1354  XRE family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 190 aa  108  5e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758784  decreased coverage  0.00460659 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5929  XRE family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 202 aa  85.1  6e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.828276  normal  0.0967353 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1265  XRE family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 203 aa  80.1  0.00000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.509144  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4589  transcriptional regulator, XRE family  28.89 
 
 		 188 aa  77.4  0.0000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1088  transcriptional regulator  28.25 
 
 		 183 aa  74.7  0.0000000000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0981  DNA-binding protein  27.22 
 
 		 183 aa  73.6  0.000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2231  XRE family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 187 aa  73.6  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000245077 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4268  transcriptional regulator, XRE family  27.47 
 
 		 188 aa  71.6  0.000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1064  transciptional regulator  29.38 
 
 		 195 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2075  helix-turn-helix domain protein  26.92 
 
 		 196 aa  69.7  0.00000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.241547  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 191 aa  68.6  0.00000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1663  DNA-binding protein  24.87 
 
 		 185 aa  68.2  0.00000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0327  XRE family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 191 aa  68.2  0.00000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000523898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0379  transcriptional regulator  27.54 
 
 		 184 aa  68.2  0.00000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.808324 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  24.86 
 
 		 191 aa  68.2  0.00000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000353964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0323  XRE family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 191 aa  68.2  0.00000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000737434  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0772  transcriptional regulator  29.78 
 
 		 204 aa  67.8  0.00000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.855503 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1982  XRE family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 175 aa  67.8  0.00000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.623481  normal  0.364753 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0424  XRE family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 188 aa  67.4  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2614  transcriptional regulator  30.17 
 
 		 248 aa  66.6  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.325655  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1737  XRE family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 185 aa  67  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1783  XRE family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 178 aa  67  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1722  transcriptional regulator, XRE family  27.22 
 
 		 185 aa  65.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.185673  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1556  transcriptional regulator, XRE family  27.22 
 
 		 178 aa  65.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1719  XRE family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 178 aa  64.7  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.499876  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1729  transcriptional regulator, XRE family  26.99 
 
 		 195 aa  64.7  0.0000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.114176  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0319  XRE family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 191 aa  64.7  0.0000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000379854  normal  1 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0134  hypothetical protein  27.03 
 
 		 191 aa  63.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04780  putative transcription regulator protein  34.38 
 
 		 205 aa  63.5  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05657  putative DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  34.38 
 
 		 205 aa  63.5  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0324  XRE family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 191 aa  63.2  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000421536  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3700  XRE family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 191 aa  63.5  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000696836  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2770  XRE family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 192 aa  63.5  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.169539 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2232  Cro/CI family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 177 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5143  putative transcriptional regulator, XRE family  28.16 
 
 		 192 aa  63.2  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0117731  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1457  transcriptional regulator  29.19 
 
 		 188 aa  62.4  0.000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.96188e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 198 aa  62.4  0.000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3508  XRE family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 187 aa  62  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0510026 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16550  predicted transcriptional regulator  31.68 
 
 		 204 aa  61.6  0.000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.45133 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01392  predicted DNA-binding transcriptional regulator  25.14 
 
 		 178 aa  61.2  0.000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2212  transcriptional regulator, XRE family  25.14 
 
 		 178 aa  61.2  0.000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1613  DNA-binding protein  25.14 
 
 		 178 aa  61.2  0.000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1517  DNA-binding protein  25.14 
 
 		 178 aa  61.2  0.000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2225  XRE family transcriptional regulator  25.14 
 
 		 178 aa  61.2  0.000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.639128 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01402  hypothetical protein  25.14 
 
 		 178 aa  61.2  0.000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2246  XRE family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 197 aa  61.2  0.000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1740  DNA-binding protein  25.14 
 
 		 178 aa  61.2  0.000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000189008  hitchhiker  2.35786e-17 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2039  DNA-binding protein  24.73 
 
 		 178 aa  60.8  0.00000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000824446  hitchhiker  5.01479e-19 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3469  XRE family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 197 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  32.03 
 
 		 207 aa  60.1  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1855  XRE family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 177 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.21785 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1109  XRE family transcriptional regulator  24.34 
 
 		 183 aa  59.7  0.00000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  27.67 
 
 		 232 aa  60.5  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3551  transcriptional regulator, XRE family  30.39 
 
 		 196 aa  58.9  0.00000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 224 aa  58.9  0.00000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  26.74 
 
 		 227 aa  58.9  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 220 aa  59.3  0.00000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2581  DNA-binding protein  26.95 
 
 		 209 aa  58.9  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.449808  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>