More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0115 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0115  transcriptional regulatory protein  100 
 
 		 194 aa  396  1e-109  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  60.53 
 
 		 189 aa  229  3e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4522  transcriptional regulator, XRE family  60.43 
 
 		 188 aa  227  8e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0681879  normal  0.0291061 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3471  XRE family transcriptional regulator  54.45 
 
 		 197 aa  205  3e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0127  transcriptional regulator, XRE family  48.98 
 
 		 193 aa  173  9.999999999999999e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.116873  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2039  transcriptional regulator, XRE family  51.6 
 
 		 187 aa  165  5e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.558818 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2085  XRE family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 207 aa  159  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.323846  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1033  transcriptional regulator, XRE family  45.03 
 
 		 195 aa  157  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1123  XRE family transcriptional regulator  45.65 
 
 		 221 aa  152  4e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0106313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1025  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 219 aa  150  8.999999999999999e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.976587  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1029  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 219 aa  150  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.289543  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1428  DNA-binding protein  45.81 
 
 		 192 aa  150  1e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0668  XRE family transcriptional regulator  45.65 
 
 		 206 aa  150  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1147  XRE family transcriptional regulator  45.65 
 
 		 206 aa  150  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4259  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 206 aa  149  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.655976  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0099  transcriptional regulator, XRE family  47.87 
 
 		 194 aa  149  2e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798061 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5130  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  45.9 
 
 		 188 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.87177  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3132  putative transcription regulator protein  44.51 
 
 		 209 aa  144  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.25062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5030  transcriptional regulator, XRE family  46.81 
 
 		 189 aa  143  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.938239  normal  0.565327 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0895  DNA-binding protein  43.33 
 
 		 195 aa  142  3e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.955987  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2019  DNA-binding protein  43.33 
 
 		 195 aa  142  3e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.649802  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3191  DNA-binding protein  43.33 
 
 		 195 aa  142  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.479355  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4768  XRE family transcriptional regulator  47.4 
 
 		 193 aa  142  3e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.2486  normal  0.289686 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1881  DNA-binding protein  43.33 
 
 		 195 aa  142  3e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2158  XRE family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 224 aa  142  4e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00315318  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3174  DNA-binding protein  43.33 
 
 		 195 aa  140  8e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.9176  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3137  DNA-binding protein  43.33 
 
 		 195 aa  141  8e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2728  DNA-binding protein  43.33 
 
 		 195 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4180  XRE family transcriptional regulator  44.86 
 
 		 199 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2103  XRE family transcriptional regulator  43.98 
 
 		 191 aa  138  6e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3726  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 195 aa  137  7e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5472  putative transcriptional regulator, XRE family  41.21 
 
 		 198 aa  137  1e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0377247 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6405  XRE family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 189 aa  134  7.000000000000001e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146143  normal  0.496408 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2210  transcriptional regulator, XRE family  40.86 
 
 		 195 aa  134  9e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.949814  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3563  transcriptional regulator, XRE family  39.27 
 
 		 189 aa  132  3e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1454  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 189 aa  125  4.0000000000000003e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.513852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0503  transcriptional regulator, XRE family  41.18 
 
 		 194 aa  125  5e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0483553 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1354  XRE family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 190 aa  123  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758784  decreased coverage  0.00460659 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5267  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 190 aa  122  4e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.782951 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3403  putative transcriptional regulator  41.11 
 
 		 183 aa  121  5e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40150  putative transcriptional regulator  39.44 
 
 		 183 aa  118  6e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4478  transcriptional regulator  39.27 
 
 		 188 aa  112  4.0000000000000004e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1655  helix-turn-helix domain protein  38.82 
 
 		 194 aa  106  3e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000652652  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0981  DNA-binding protein  32.22 
 
 		 183 aa  103  2e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1088  transcriptional regulator  31.67 
 
 		 183 aa  100  1e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5929  XRE family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 202 aa  100  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.828276  normal  0.0967353 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2614  transcriptional regulator  33.73 
 
 		 248 aa  86.3  2e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.325655  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 176 aa  85.5  5e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  28.74 
 
 		 188 aa  84.7  7e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4589  transcriptional regulator, XRE family  31.02 
 
 		 188 aa  84  0.000000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5143  putative transcriptional regulator, XRE family  32.78 
 
 		 192 aa  83.6  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0117731  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0685  Cro/CI family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 179 aa  82.8  0.000000000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3096  transcriptional regulator, XRE family  26.7 
 
 		 192 aa  82  0.000000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00124629  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1265  XRE family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 203 aa  81.3  0.000000000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.509144  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  25.99 
 
 		 175 aa  80.5  0.00000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1642  XRE family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 186 aa  80.9  0.00000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.065261  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 191 aa  77.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 191 aa  77.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 191 aa  77.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0134  hypothetical protein  31.52 
 
 		 191 aa  75.9  0.0000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1729  transcriptional regulator, XRE family  32.4 
 
 		 195 aa  75.5  0.0000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.114176  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 182 aa  75.1  0.0000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0248  XRE family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 182 aa  74.7  0.0000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1046  XRE family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 186 aa  74.7  0.0000000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2481  DNA-binding protein  26.29 
 
 		 185 aa  74.7  0.0000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00193646  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5322  XRE family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 203 aa  74.7  0.0000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.869737  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4838  transcriptional regulator, XRE family  28.65 
 
 		 193 aa  74.3  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0168811  hitchhiker  0.0000750229 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03443  transcriptional regulator, HTH_3 family protein  40.45 
 
 		 208 aa  73.2  0.000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3180  XRE family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 203 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1091  XRE family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 182 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.158888  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  31.11 
 
 		 182 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  31.11 
 
 		 182 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  31.11 
 
 		 182 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 208 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1180  helix-turn-helix domain-containing protein  22.78 
 
 		 179 aa  73.6  0.000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000150819  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1158  XRE family transcriptional regulator  22.78 
 
 		 179 aa  73.6  0.000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00000119717  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 208 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 208 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 182 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4537  XRE family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 203 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0323  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 191 aa  72.8  0.000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000737434  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 191 aa  72.8  0.000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 204 aa  72.8  0.000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5159  XRE family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 203 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0324  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 191 aa  72.8  0.000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000421536  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2542  DNA-binding protein  25.86 
 
 		 185 aa  72.8  0.000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5700  XRE family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 203 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00441066 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2279  DNA-binding protein  25.29 
 
 		 185 aa  72.4  0.000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.268468  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2197  transcriptional regulator  25.29 
 
 		 185 aa  72  0.000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.26325  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2463  DNA-binding protein  25.29 
 
 		 185 aa  72.4  0.000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2448  DNA-binding protein  25.29 
 
 		 185 aa  72.4  0.000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.191992  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3025  XRE family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 188 aa  72.4  0.000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314698  normal  0.932142 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69980  putative transcriptional regulator  29.44 
 
 		 182 aa  72.4  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5178  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 199 aa  72  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  0.155373 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2646  XRE family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 182 aa  72  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  25 
 
 		 191 aa  72  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2239  transcriptional regulator  25.71 
 
 		 185 aa  72  0.000000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0224117  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5268  Cro/CI family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 182 aa  71.6  0.000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5320  XRE family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 182 aa  71.6  0.000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.8166  normal  0.310919 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1783  XRE family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 178 aa  71.6  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>