More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4478 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_4478  transcriptional regulator  100 
 
 		 188 aa  378  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2103  XRE family transcriptional regulator  51.91 
 
 		 191 aa  204  8e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6405  XRE family transcriptional regulator  46.81 
 
 		 189 aa  191  5e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146143  normal  0.496408 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5130  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  50.8 
 
 		 188 aa  184  8e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.87177  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2039  transcriptional regulator, XRE family  44.57 
 
 		 187 aa  148  4e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.558818 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0503  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 194 aa  147  6e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0483553 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5030  transcriptional regulator, XRE family  44.75 
 
 		 189 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.938239  normal  0.565327 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2210  transcriptional regulator, XRE family  43.35 
 
 		 195 aa  130  9e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.949814  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  39.77 
 
 		 189 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3403  putative transcriptional regulator  41.11 
 
 		 183 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1428  DNA-binding protein  40.44 
 
 		 192 aa  115  5e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3471  XRE family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 197 aa  114  6.9999999999999995e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3132  putative transcription regulator protein  40.44 
 
 		 209 aa  113  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.25062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2085  XRE family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 207 aa  114  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.323846  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1025  XRE family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 219 aa  112  3e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.976587  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0115  transcriptional regulatory protein  39.27 
 
 		 194 aa  112  4.0000000000000004e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4522  transcriptional regulator, XRE family  37.64 
 
 		 188 aa  111  7.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0681879  normal  0.0291061 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4180  XRE family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 199 aa  110  8.000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1029  XRE family transcriptional regulator  41.4 
 
 		 219 aa  110  9e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.289543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40150  putative transcriptional regulator  40 
 
 		 183 aa  110  9e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0668  XRE family transcriptional regulator  40.76 
 
 		 206 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1147  XRE family transcriptional regulator  40.76 
 
 		 206 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1033  transcriptional regulator, XRE family  37.89 
 
 		 195 aa  108  3e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0127  transcriptional regulator, XRE family  38.74 
 
 		 193 aa  109  3e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.116873  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1123  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 221 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0106313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4259  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 206 aa  108  6e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.655976  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5472  putative transcriptional regulator, XRE family  38.51 
 
 		 198 aa  106  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0377247 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2728  DNA-binding protein  38.12 
 
 		 195 aa  105  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1655  helix-turn-helix domain protein  36.41 
 
 		 194 aa  105  4e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000652652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3174  DNA-binding protein  38.12 
 
 		 195 aa  105  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.9176  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2019  DNA-binding protein  38.12 
 
 		 195 aa  105  5e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.649802  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3191  DNA-binding protein  38.12 
 
 		 195 aa  105  5e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.479355  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0895  DNA-binding protein  38.12 
 
 		 195 aa  105  5e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.955987  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1881  DNA-binding protein  38.12 
 
 		 195 aa  105  5e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0099  transcriptional regulator, XRE family  36.61 
 
 		 194 aa  103  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798061 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3137  DNA-binding protein  37.5 
 
 		 195 aa  103  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2158  XRE family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 224 aa  102  5e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00315318  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1454  XRE family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 189 aa  101  6e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.513852  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3726  transcriptional regulator, XRE family  33.9 
 
 		 195 aa  100  9e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3563  transcriptional regulator, XRE family  29.69 
 
 		 189 aa  97.1  1e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4768  XRE family transcriptional regulator  39.88 
 
 		 193 aa  94.4  8e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.2486  normal  0.289686 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5267  transcriptional regulator, XRE family  34.76 
 
 		 190 aa  86.3  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.782951 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1354  XRE family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 190 aa  84.3  9e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758784  decreased coverage  0.00460659 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5929  XRE family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 202 aa  83.2  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.828276  normal  0.0967353 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1265  XRE family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 203 aa  78.2  0.00000000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.509144  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1109  XRE family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 183 aa  67.4  0.0000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4589  transcriptional regulator, XRE family  27.62 
 
 		 188 aa  64.3  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1088  transcriptional regulator  28.02 
 
 		 183 aa  63.9  0.000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0981  DNA-binding protein  28.02 
 
 		 183 aa  63.2  0.000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2075  helix-turn-helix domain protein  28.12 
 
 		 196 aa  62.8  0.000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.241547  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2231  XRE family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 187 aa  60.8  0.00000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000245077 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3025  XRE family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 188 aa  60.5  0.00000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314698  normal  0.932142 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1982  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 175 aa  59.7  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.623481  normal  0.364753 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1737  XRE family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 185 aa  60.5  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5143  putative transcriptional regulator, XRE family  28 
 
 		 192 aa  60.1  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0117731  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 213 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1719  XRE family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 178 aa  59.3  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.499876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2380  DNA-binding protein  24.12 
 
 		 186 aa  59.3  0.00000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.801132  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3096  transcriptional regulator, XRE family  23.03 
 
 		 192 aa  59.3  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00124629  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0319  XRE family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 191 aa  59.3  0.00000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000379854  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2951  DNA-binding protein  24.12 
 
 		 186 aa  58.9  0.00000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000726653  hitchhiker  0.00000000446905 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0332  transcriptional regulator, XRE family  27.59 
 
 		 201 aa  58.5  0.00000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.865127  normal  0.108372 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1722  transcriptional regulator, XRE family  29.44 
 
 		 185 aa  58.5  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.185673  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3700  XRE family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 191 aa  58.5  0.00000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000696836  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2042  transcriptional regulator  29.38 
 
 		 188 aa  58.2  0.00000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0477  XRE family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 204 aa  58.2  0.00000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.566181  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4268  transcriptional regulator, XRE family  27.07 
 
 		 188 aa  57.8  0.00000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1556  transcriptional regulator, XRE family  28.89 
 
 		 178 aa  57.4  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2250  DNA-binding protein  24.12 
 
 		 186 aa  57.8  0.0000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2170  MerR family transcriptional regulator  24.12 
 
 		 186 aa  57.4  0.0000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.22299  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2414  DNA-binding protein  24.12 
 
 		 186 aa  57.8  0.0000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2228  XRE family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 197 aa  57.4  0.0000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.386344  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2432  DNA-binding protein  24.12 
 
 		 186 aa  57.8  0.0000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.164998 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0324  XRE family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 191 aa  56.6  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000421536  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2481  DNA-binding protein  26.67 
 
 		 185 aa  55.8  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00193646  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  29.38 
 
 		 182 aa  56.2  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2279  DNA-binding protein  27.27 
 
 		 185 aa  55.8  0.0000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.268468  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2239  transcriptional regulator  27.27 
 
 		 185 aa  56.2  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0224117  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1783  XRE family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 178 aa  56.2  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2463  DNA-binding protein  27.27 
 
 		 185 aa  55.8  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  29.65 
 
 		 182 aa  55.8  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0424  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 188 aa  55.8  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  40.3 
 
 		 191 aa  55.8  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000353964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  29.65 
 
 		 182 aa  55.8  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2448  DNA-binding protein  27.27 
 
 		 185 aa  55.8  0.0000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.191992  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1091  XRE family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 182 aa  55.8  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.158888  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  29.65 
 
 		 182 aa  55.8  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4931  transcriptional regulator, XRE family  27.66 
 
 		 187 aa  56.2  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 191 aa  55.8  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 182 aa  55.8  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0327  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 191 aa  55.8  0.0000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000523898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2356  transcriptional regulator, XRE family  26.23 
 
 		 188 aa  55.8  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.190302 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2197  transcriptional regulator  27.27 
 
 		 185 aa  55.5  0.0000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.26325  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0323  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 191 aa  55.5  0.0000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000737434  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0744  XRE family transcriptional regulator  22.84 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.541206  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0134  hypothetical protein  40.3 
 
 		 191 aa  55.1  0.0000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1211  helix-turn-helix domain-containing protein  23.67 
 
 		 200 aa  55.1  0.0000006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.924879 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4333  XRE family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 190 aa  55.1  0.0000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2858  transcriptional regulator, XRE family  28.4 
 
 		 215 aa  54.7  0.0000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000622832  normal  0.0374075 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 182 aa  54.7  0.0000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>