More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_4180 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010623  Bphy_4180  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 199 aa  404  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0099  transcriptional regulator, XRE family  75.4 
 
 		 194 aa  287  9e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798061 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1428  DNA-binding protein  65.76 
 
 		 192 aa  246  2e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2019  DNA-binding protein  67.22 
 
 		 195 aa  238  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.649802  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3191  DNA-binding protein  67.22 
 
 		 195 aa  238  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.479355  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0895  DNA-binding protein  67.22 
 
 		 195 aa  238  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.955987  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1881  DNA-binding protein  67.22 
 
 		 195 aa  238  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3174  DNA-binding protein  67.22 
 
 		 195 aa  238  4e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.9176  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3137  DNA-binding protein  66.67 
 
 		 195 aa  236  1e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2728  DNA-binding protein  66.67 
 
 		 195 aa  235  3e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2085  XRE family transcriptional regulator  60.32 
 
 		 207 aa  219  1.9999999999999999e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.323846  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1029  XRE family transcriptional regulator  54.15 
 
 		 219 aa  209  2e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.289543  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3132  putative transcription regulator protein  58.03 
 
 		 209 aa  208  3e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.25062  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1033  transcriptional regulator, XRE family  57.67 
 
 		 195 aa  206  1e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1025  XRE family transcriptional regulator  53.66 
 
 		 219 aa  206  1e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.976587  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4259  XRE family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 206 aa  203  1e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.655976  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1123  XRE family transcriptional regulator  54.68 
 
 		 221 aa  200  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0106313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0668  XRE family transcriptional regulator  56.77 
 
 		 206 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1147  XRE family transcriptional regulator  56.77 
 
 		 206 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2158  XRE family transcriptional regulator  56.32 
 
 		 224 aa  192  3e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00315318  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0127  transcriptional regulator, XRE family  50.54 
 
 		 193 aa  168  6e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.116873  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  45.81 
 
 		 189 aa  152  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3471  XRE family transcriptional regulator  44.02 
 
 		 197 aa  149  2e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4522  transcriptional regulator, XRE family  44.57 
 
 		 188 aa  145  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0681879  normal  0.0291061 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4768  XRE family transcriptional regulator  53.29 
 
 		 193 aa  145  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.2486  normal  0.289686 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5130  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  47.49 
 
 		 188 aa  140  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.87177  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0115  transcriptional regulatory protein  44.86 
 
 		 194 aa  140  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2039  transcriptional regulator, XRE family  44.26 
 
 		 187 aa  134  7.000000000000001e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.558818 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3403  putative transcriptional regulator  45.45 
 
 		 183 aa  131  7.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0503  transcriptional regulator, XRE family  40.66 
 
 		 194 aa  129  3e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0483553 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2210  transcriptional regulator, XRE family  41.44 
 
 		 195 aa  126  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.949814  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40150  putative transcriptional regulator  43.32 
 
 		 183 aa  125  5e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5030  transcriptional regulator, XRE family  41.08 
 
 		 189 aa  123  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.938239  normal  0.565327 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6405  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 189 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146143  normal  0.496408 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4478  transcriptional regulator  38.25 
 
 		 188 aa  110  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2103  XRE family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 191 aa  108  5e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1454  XRE family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 189 aa  105  5e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.513852  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5472  putative transcriptional regulator, XRE family  37.84 
 
 		 198 aa  103  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0377247 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3563  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 189 aa  102  5e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1655  helix-turn-helix domain protein  33.7 
 
 		 194 aa  101  6e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000652652  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5267  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 190 aa  101  9e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.782951 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3726  transcriptional regulator, XRE family  35.52 
 
 		 195 aa  97.4  1e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1354  XRE family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 190 aa  95.9  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758784  decreased coverage  0.00460659 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0981  DNA-binding protein  32.42 
 
 		 183 aa  89  5e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1088  transcriptional regulator  31.87 
 
 		 183 aa  85.9  3e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5929  XRE family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 202 aa  83.6  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.828276  normal  0.0967353 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0772  transcriptional regulator  30 
 
 		 204 aa  81.6  0.000000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.855503 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2614  transcriptional regulator  32.11 
 
 		 248 aa  80.9  0.00000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.325655  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0248  XRE family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 182 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2239  transcriptional regulator  26.97 
 
 		 185 aa  75.5  0.0000000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0224117  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  29.17 
 
 		 211 aa  74.7  0.0000000000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2463  DNA-binding protein  26.97 
 
 		 185 aa  74.3  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2279  DNA-binding protein  26.97 
 
 		 185 aa  74.3  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.268468  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2197  transcriptional regulator  26.97 
 
 		 185 aa  73.9  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.26325  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2448  DNA-binding protein  26.97 
 
 		 185 aa  74.3  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.191992  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5322  XRE family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 203 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.869737  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2928  DNA-binding protein  26.97 
 
 		 185 aa  73.6  0.000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384603 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2481  DNA-binding protein  26.97 
 
 		 185 aa  72.8  0.000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00193646  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47950  Cupin, RmlC-type protein  29.83 
 
 		 182 aa  72.4  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4537  XRE family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 203 aa  72.4  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  31.12 
 
 		 207 aa  71.6  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 224 aa  71.6  0.000000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5143  putative transcriptional regulator, XRE family  31.41 
 
 		 192 aa  71.2  0.000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0117731  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2254  XRE family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 185 aa  71.2  0.00000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0575156  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3114  XRE family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 203 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.935644  normal  0.475898 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4971  XRE family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 203 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.110875  normal  0.347082 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  29.12 
 
 		 199 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0872  transcriptional regulator  30.23 
 
 		 192 aa  70.1  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.62802  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2542  DNA-binding protein  26.4 
 
 		 185 aa  70.1  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5159  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 203 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5700  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 203 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00441066 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 199 aa  69.7  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3025  XRE family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 188 aa  69.7  0.00000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314698  normal  0.932142 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 182 aa  69.7  0.00000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2770  XRE family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 192 aa  68.9  0.00000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.169539 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3180  XRE family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 203 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 204 aa  69.3  0.00000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  25.97 
 
 		 212 aa  68.9  0.00000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 176 aa  68.6  0.00000000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 199 aa  68.2  0.00000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  26.16 
 
 		 188 aa  68.2  0.00000000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 182 aa  67.8  0.00000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  30.6 
 
 		 182 aa  67.8  0.00000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  30.6 
 
 		 182 aa  67.8  0.00000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  30.6 
 
 		 182 aa  67.8  0.00000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  28.82 
 
 		 199 aa  68.2  0.00000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  28.02 
 
 		 182 aa  67.4  0.0000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3086  transcriptional regulator, putative  27.62 
 
 		 212 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0196484  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2038  transcriptional regulator  26.9 
 
 		 230 aa  67.8  0.0000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.547476  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 208 aa  67.8  0.0000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5123  hypothetical protein  27.75 
 
 		 198 aa  67.4  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.635702  normal  0.639471 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 208 aa  67.8  0.0000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 208 aa  67.8  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5268  Cro/CI family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 182 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  28.42 
 
 		 191 aa  67  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000353964  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 182 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 178 aa  66.6  0.0000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1487  transcriptional regulator, Cro/CI family  23.4 
 
 		 200 aa  66.6  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.335106  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0424  XRE family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 188 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1091  XRE family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 182 aa  67  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.158888  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>