More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_5267 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_5267  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 190 aa  386  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.782951 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1354  XRE family transcriptional regulator  92.11 
 
 		 190 aa  358  4e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758784  decreased coverage  0.00460659 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1454  XRE family transcriptional regulator  52.43 
 
 		 189 aa  184  5e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.513852  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3726  transcriptional regulator, XRE family  52.25 
 
 		 195 aa  179  2.9999999999999997e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3563  transcriptional regulator, XRE family  49.74 
 
 		 189 aa  175  3e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5472  putative transcriptional regulator, XRE family  48.89 
 
 		 198 aa  167  8e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0377247 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  37.16 
 
 		 189 aa  124  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1029  XRE family transcriptional regulator  38.5 
 
 		 219 aa  122  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.289543  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0115  transcriptional regulatory protein  40 
 
 		 194 aa  122  4e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1025  XRE family transcriptional regulator  38.5 
 
 		 219 aa  122  5e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.976587  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3132  putative transcription regulator protein  37.04 
 
 		 209 aa  120  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.25062  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4522  transcriptional regulator, XRE family  37.78 
 
 		 188 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0681879  normal  0.0291061 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0127  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 193 aa  118  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.116873  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0668  XRE family transcriptional regulator  37.57 
 
 		 206 aa  118  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1147  XRE family transcriptional regulator  37.57 
 
 		 206 aa  118  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4768  XRE family transcriptional regulator  42.17 
 
 		 193 aa  118  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.2486  normal  0.289686 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1123  XRE family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 221 aa  117  9e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0106313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3471  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 197 aa  116  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4259  XRE family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 206 aa  115  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.655976  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2158  XRE family transcriptional regulator  38.92 
 
 		 224 aa  115  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00315318  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2039  transcriptional regulator, XRE family  39.43 
 
 		 187 aa  113  1.0000000000000001e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.558818 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2210  transcriptional regulator, XRE family  38.38 
 
 		 195 aa  111  6e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.949814  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6405  XRE family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 189 aa  111  7.000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146143  normal  0.496408 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2085  XRE family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 207 aa  111  8.000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.323846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5130  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  37.5 
 
 		 188 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.87177  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0503  transcriptional regulator, XRE family  37.17 
 
 		 194 aa  110  2.0000000000000002e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0483553 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1428  DNA-binding protein  38.89 
 
 		 192 aa  109  3e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1881  DNA-binding protein  39.23 
 
 		 195 aa  104  7e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2019  DNA-binding protein  39.23 
 
 		 195 aa  104  7e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.649802  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3191  DNA-binding protein  39.23 
 
 		 195 aa  104  7e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.479355  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0895  DNA-binding protein  39.23 
 
 		 195 aa  104  7e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.955987  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1033  transcriptional regulator, XRE family  34.59 
 
 		 195 aa  104  8e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3137  DNA-binding protein  38.67 
 
 		 195 aa  103  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3174  DNA-binding protein  38.67 
 
 		 195 aa  103  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.9176  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0099  transcriptional regulator, XRE family  37.97 
 
 		 194 aa  102  4e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798061 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4180  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 199 aa  101  8e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2728  DNA-binding protein  38.67 
 
 		 195 aa  101  8e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3403  putative transcriptional regulator  38.25 
 
 		 183 aa  99.4  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40150  putative transcriptional regulator  37.7 
 
 		 183 aa  99.4  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5030  transcriptional regulator, XRE family  36.84 
 
 		 189 aa  98.6  5e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.938239  normal  0.565327 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1088  transcriptional regulator  29.94 
 
 		 183 aa  93.2  2e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0981  DNA-binding protein  29.94 
 
 		 183 aa  92.4  3e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2103  XRE family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 191 aa  92.4  4e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4589  transcriptional regulator, XRE family  31.46 
 
 		 188 aa  89.4  3e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4478  transcriptional regulator  34.76 
 
 		 188 aa  86.3  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1655  helix-turn-helix domain protein  34.29 
 
 		 194 aa  83.6  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000652652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2231  XRE family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 187 aa  79.7  0.00000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000245077 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5929  XRE family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 202 aa  79  0.00000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.828276  normal  0.0967353 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2770  XRE family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 192 aa  76.6  0.0000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.169539 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3086  transcriptional regulator, putative  31.25 
 
 		 212 aa  75.1  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0196484  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4268  transcriptional regulator, XRE family  28.49 
 
 		 188 aa  75.5  0.0000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4931  transcriptional regulator, XRE family  29.95 
 
 		 187 aa  72  0.000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34730  XRE family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 193 aa  72  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0210921  normal  0.262574 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5322  XRE family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 203 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.869737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 224 aa  70.9  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0872  transcriptional regulator  30.43 
 
 		 192 aa  70.9  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.62802  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1642  XRE family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 186 aa  70.9  0.00000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.065261  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3114  XRE family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 203 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.935644  normal  0.475898 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5159  XRE family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 203 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1265  XRE family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 203 aa  70.1  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.509144  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4971  XRE family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 203 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.110875  normal  0.347082 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5700  XRE family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 203 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00441066 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2346  transcriptional regulator  32.45 
 
 		 215 aa  69.7  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3180  XRE family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 203 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0004  DNA-binding protein  29.28 
 
 		 202 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0004  DNA-binding protein  29.28 
 
 		 202 aa  68.9  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.278794  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1509  putative DNA-binding protein  29.28 
 
 		 202 aa  68.9  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.221821  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0004  DNA-binding cupin domain-containing protein  29.28 
 
 		 202 aa  68.9  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 191 aa  68.6  0.00000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4537  XRE family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 203 aa  68.6  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0004  DNA-binding protein  30.43 
 
 		 202 aa  68.6  0.00000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  25.88 
 
 		 191 aa  68.6  0.00000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000353964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0005  DNA-binding protein  30.43 
 
 		 202 aa  68.6  0.00000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.792058  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0327  XRE family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 191 aa  68.6  0.00000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000523898  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1430  DNA-binding protein  30.43 
 
 		 202 aa  68.6  0.00000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1150  DNA-binding protein  30.43 
 
 		 202 aa  68.6  0.00000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.129822  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0323  XRE family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 191 aa  68.2  0.00000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000737434  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0319  XRE family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 191 aa  67.8  0.00000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000379854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1740  DNA-binding protein  28.21 
 
 		 178 aa  67  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000189008  hitchhiker  2.35786e-17 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0424  XRE family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 188 aa  67.8  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01392  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.21 
 
 		 178 aa  67  0.0000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2212  transcriptional regulator, XRE family  28.21 
 
 		 178 aa  67  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2225  XRE family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 178 aa  67  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.639128 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1517  DNA-binding protein  28.21 
 
 		 178 aa  67  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0134  hypothetical protein  29.78 
 
 		 191 aa  67  0.0000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1613  DNA-binding protein  28.21 
 
 		 178 aa  67  0.0000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3700  XRE family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 191 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000696836  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01402  hypothetical protein  28.21 
 
 		 178 aa  67  0.0000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0831  XRE family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 183 aa  65.9  0.0000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000078794  normal  0.173113 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1211  helix-turn-helix domain-containing protein  24.22 
 
 		 200 aa  65.5  0.0000000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.924879 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7005  transcriptional regulator, XRE family  28.49 
 
 		 212 aa  65.9  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.89282 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0324  XRE family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 191 aa  65.1  0.0000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000421536  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0608  XRE family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 227 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2039  DNA-binding protein  28.21 
 
 		 178 aa  65.1  0.0000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000824446  hitchhiker  5.01479e-19 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0921  transcriptional regulator, XRE family  29.19 
 
 		 260 aa  64.7  0.0000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.746837  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0917  transcriptional regulator, XRE family  29.19 
 
 		 192 aa  64.7  0.0000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3022  XRE family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 208 aa  64.3  0.0000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0744  XRE family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 209 aa  64.3  0.000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.541206  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2441  DNA-binding protein  28.26 
 
 		 222 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0714  DNA-binding protein  28.26 
 
 		 222 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>