More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_3563 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012880  Dd703_3563  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 189 aa  385  1e-106  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3726  transcriptional regulator, XRE family  71.51 
 
 		 195 aa  272  2.0000000000000002e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1454  XRE family transcriptional regulator  56.61 
 
 		 189 aa  208  4e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.513852  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5472  putative transcriptional regulator, XRE family  51.37 
 
 		 198 aa  184  8e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0377247 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5267  transcriptional regulator, XRE family  49.74 
 
 		 190 aa  175  3e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.782951 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1354  XRE family transcriptional regulator  49.21 
 
 		 190 aa  173  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758784  decreased coverage  0.00460659 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4522  transcriptional regulator, XRE family  42.29 
 
 		 188 aa  141  7e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0681879  normal  0.0291061 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 189 aa  134  8e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0115  transcriptional regulatory protein  39.27 
 
 		 194 aa  132  3e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3471  XRE family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 197 aa  130  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0127  transcriptional regulator, XRE family  37.89 
 
 		 193 aa  115  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.116873  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3132  putative transcription regulator protein  35.68 
 
 		 209 aa  115  5e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.25062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5130  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  35.11 
 
 		 188 aa  113  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.87177  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1029  XRE family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 219 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.289543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1025  XRE family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 219 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.976587  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2039  transcriptional regulator, XRE family  40.45 
 
 		 187 aa  112  2.0000000000000002e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.558818 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2210  transcriptional regulator, XRE family  39.44 
 
 		 195 aa  112  3e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.949814  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40150  putative transcriptional regulator  36.61 
 
 		 183 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6405  XRE family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 189 aa  109  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146143  normal  0.496408 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3403  putative transcriptional regulator  37.16 
 
 		 183 aa  108  5e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0503  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 194 aa  108  5e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0483553 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5030  transcriptional regulator, XRE family  37.23 
 
 		 189 aa  106  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.938239  normal  0.565327 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4259  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 206 aa  107  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.655976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1428  DNA-binding protein  32.6 
 
 		 192 aa  104  8e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1123  XRE family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 221 aa  103  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0106313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0668  XRE family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 206 aa  103  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1147  XRE family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 206 aa  103  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4768  XRE family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 193 aa  103  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.2486  normal  0.289686 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0099  transcriptional regulator, XRE family  33.51 
 
 		 194 aa  102  3e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798061 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4180  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 199 aa  102  4e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2085  XRE family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 207 aa  101  8e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.323846  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0895  DNA-binding protein  33.52 
 
 		 195 aa  100  1e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.955987  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2019  DNA-binding protein  33.52 
 
 		 195 aa  100  1e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.649802  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3191  DNA-binding protein  33.52 
 
 		 195 aa  100  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.479355  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2728  DNA-binding protein  33.52 
 
 		 195 aa  100  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2158  XRE family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 224 aa  100  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00315318  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1881  DNA-binding protein  33.52 
 
 		 195 aa  100  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3174  DNA-binding protein  32.97 
 
 		 195 aa  99  4e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.9176  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3137  DNA-binding protein  32.97 
 
 		 195 aa  98.2  6e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4478  transcriptional regulator  29.69 
 
 		 188 aa  97.1  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1033  transcriptional regulator, XRE family  32.47 
 
 		 195 aa  97.4  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1088  transcriptional regulator  32.4 
 
 		 183 aa  96.7  2e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0981  DNA-binding protein  31.84 
 
 		 183 aa  95.5  4e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5929  XRE family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 202 aa  92.4  4e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.828276  normal  0.0967353 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2103  XRE family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 191 aa  92  4e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1655  helix-turn-helix domain protein  32.12 
 
 		 194 aa  89  4e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000652652  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1265  XRE family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 203 aa  87.8  9e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.509144  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4589  transcriptional regulator, XRE family  29.05 
 
 		 188 aa  84.3  0.000000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 191 aa  79  0.00000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1740  DNA-binding protein  28.26 
 
 		 178 aa  78.2  0.00000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000189008  hitchhiker  2.35786e-17 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01392  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.26 
 
 		 178 aa  77.8  0.00000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2212  transcriptional regulator, XRE family  28.26 
 
 		 178 aa  77.8  0.00000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01402  hypothetical protein  28.26 
 
 		 178 aa  77.8  0.00000000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1517  DNA-binding protein  28.26 
 
 		 178 aa  77.8  0.00000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2225  XRE family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 178 aa  77.8  0.00000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.639128 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1613  DNA-binding protein  28.26 
 
 		 178 aa  77.8  0.00000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0327  XRE family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 191 aa  77  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000523898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0323  XRE family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 191 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000737434  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  31.36 
 
 		 191 aa  77  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000353964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2039  DNA-binding protein  27.72 
 
 		 178 aa  75.9  0.0000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000824446  hitchhiker  5.01479e-19 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0424  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 188 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4268  transcriptional regulator, XRE family  28.49 
 
 		 188 aa  73.2  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0134  hypothetical protein  27.68 
 
 		 191 aa  72.4  0.000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5143  putative transcriptional regulator, XRE family  31.25 
 
 		 192 aa  72.8  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0117731  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2231  XRE family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 187 aa  72.4  0.000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000245077 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0319  XRE family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 191 aa  72  0.000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000379854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1642  XRE family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 186 aa  72  0.000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.065261  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3700  XRE family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 191 aa  71.2  0.000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000696836  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0324  XRE family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 191 aa  71.2  0.000000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000421536  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4537  XRE family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 203 aa  68.6  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0831  XRE family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 183 aa  67.8  0.00000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000078794  normal  0.173113 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1663  DNA-binding protein  25.7 
 
 		 185 aa  67.8  0.00000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0004  DNA-binding protein  27.53 
 
 		 202 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0004  DNA-binding cupin domain-containing protein  27.53 
 
 		 202 aa  67  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0004  DNA-binding protein  27.53 
 
 		 202 aa  67  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.278794  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0004  DNA-binding protein  27.53 
 
 		 202 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0005  DNA-binding protein  27.53 
 
 		 202 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.792058  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1509  putative DNA-binding protein  27.53 
 
 		 202 aa  67  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.221821  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1150  DNA-binding protein  27.53 
 
 		 202 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.129822  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1430  DNA-binding protein  27.53 
 
 		 202 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1722  transcriptional regulator, XRE family  26.04 
 
 		 185 aa  67  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.185673  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5159  XRE family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 203 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5700  XRE family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 203 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00441066 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4829  cupin 2 domain-containing protein  30.22 
 
 		 182 aa  65.9  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0191257  normal  0.0141237 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5322  XRE family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 203 aa  66.2  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.869737  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1737  XRE family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 185 aa  65.5  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2770  XRE family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 192 aa  64.7  0.0000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.169539 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0477  XRE family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 204 aa  64.3  0.0000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.566181  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1783  XRE family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 178 aa  63.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1719  XRE family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 178 aa  63.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.499876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1556  transcriptional regulator, XRE family  26.18 
 
 		 178 aa  64.3  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5358  putative transcriptional regulator, XRE family  30.94 
 
 		 201 aa  63.2  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.406538  normal  0.655587 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3114  XRE family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 203 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.935644  normal  0.475898 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2075  helix-turn-helix domain protein  28.88 
 
 		 196 aa  63.5  0.000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.241547  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4971  XRE family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 203 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.110875  normal  0.347082 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 176 aa  62.8  0.000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1982  XRE family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 175 aa  62.4  0.000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.623481  normal  0.364753 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  26.32 
 
 		 188 aa  62  0.000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3180  XRE family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 203 aa  62.4  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4931  transcriptional regulator, XRE family  24.87 
 
 		 187 aa  62  0.000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>