More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_0127 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_0127  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 
193 aa  380  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.116873  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4768  XRE family transcriptional regulator  80.42 
 
 
193 aa  272  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.2486  normal  0.289686 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1029  XRE family transcriptional regulator  61.75 
 
 
219 aa  213  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.289543  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2158  XRE family transcriptional regulator  59.12 
 
 
224 aa  212  2.9999999999999995e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00315318  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1025  XRE family transcriptional regulator  61.75 
 
 
219 aa  212  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.976587  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1123  XRE family transcriptional regulator  59.34 
 
 
221 aa  209  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0106313  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4259  XRE family transcriptional regulator  58.79 
 
 
206 aa  209  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.655976  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0668  XRE family transcriptional regulator  59.56 
 
 
206 aa  209  3e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1147  XRE family transcriptional regulator  59.56 
 
 
206 aa  209  3e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3132  putative transcription regulator protein  56.48 
 
 
209 aa  200  9.999999999999999e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.25062  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2085  XRE family transcriptional regulator  52.11 
 
 
207 aa  196  1.0000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.323846  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1033  transcriptional regulator, XRE family  54.45 
 
 
195 aa  193  1e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0099  transcriptional regulator, XRE family  56.45 
 
 
194 aa  193  1e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.798061 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1428  DNA-binding protein  56.04 
 
 
192 aa  187  8e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3174  DNA-binding protein  53.93 
 
 
195 aa  179  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.9176  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0895  DNA-binding protein  53.37 
 
 
195 aa  177  1e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.955987  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2019  DNA-binding protein  53.37 
 
 
195 aa  177  1e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.649802  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3191  DNA-binding protein  53.37 
 
 
195 aa  177  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.479355  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1881  DNA-binding protein  53.37 
 
 
195 aa  177  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3137  DNA-binding protein  52.81 
 
 
195 aa  174  5e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2728  DNA-binding protein  52.81 
 
 
195 aa  173  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0115  transcriptional regulatory protein  48.98 
 
 
194 aa  173  9.999999999999999e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  48.17 
 
 
189 aa  172  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4522  transcriptional regulator, XRE family  47.06 
 
 
188 aa  168  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0681879  normal  0.0291061 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4180  XRE family transcriptional regulator  50.54 
 
 
199 aa  168  5e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3471  XRE family transcriptional regulator  45.79 
 
 
197 aa  160  9e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2210  transcriptional regulator, XRE family  48.11 
 
 
195 aa  147  9e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.949814  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2039  transcriptional regulator, XRE family  45.86 
 
 
187 aa  142  3e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.558818 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5130  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  42.78 
 
 
188 aa  136  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.87177  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5472  putative transcriptional regulator, XRE family  44.51 
 
 
198 aa  135  3.0000000000000003e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0377247 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6405  XRE family transcriptional regulator  39.57 
 
 
189 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146143  normal  0.496408 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40150  putative transcriptional regulator  43.09 
 
 
183 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3403  putative transcriptional regulator  44.2 
 
 
183 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0503  transcriptional regulator, XRE family  43.96 
 
 
194 aa  130  2.0000000000000002e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0483553 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1454  XRE family transcriptional regulator  38.62 
 
 
189 aa  126  2.0000000000000002e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.513852  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5030  transcriptional regulator, XRE family  41.99 
 
 
189 aa  125  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.938239  normal  0.565327 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2103  XRE family transcriptional regulator  40.22 
 
 
191 aa  122  2e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3726  transcriptional regulator, XRE family  39.13 
 
 
195 aa  122  3e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5267  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 
190 aa  118  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.782951 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3563  transcriptional regulator, XRE family  37.89 
 
 
189 aa  115  3.9999999999999997e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1354  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 
190 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758784  decreased coverage  0.00460659 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4478  transcriptional regulator  38.74 
 
 
188 aa  109  3e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1655  helix-turn-helix domain protein  38.24 
 
 
194 aa  107  1e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000652652  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1265  XRE family transcriptional regulator  40.76 
 
 
203 aa  98.6  5e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.509144  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5929  XRE family transcriptional regulator  37.42 
 
 
202 aa  87  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.828276  normal  0.0967353 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0772  transcriptional regulator  34.62 
 
 
204 aa  87  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.855503 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  31.69 
 
 
208 aa  81.6  0.000000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  31.69 
 
 
208 aa  81.6  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  31.69 
 
 
208 aa  81.6  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5322  XRE family transcriptional regulator  32.2 
 
 
203 aa  81.3  0.000000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.869737  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5143  putative transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 
192 aa  81.3  0.000000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0117731  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2346  transcriptional regulator  30.39 
 
 
215 aa  79  0.00000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  28.33 
 
 
182 aa  79  0.00000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2239  transcriptional regulator  28.66 
 
 
185 aa  78.6  0.00000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0224117  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2463  DNA-binding protein  28.66 
 
 
185 aa  78.2  0.00000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2279  DNA-binding protein  28.66 
 
 
185 aa  78.2  0.00000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.268468  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2448  DNA-binding protein  28.66 
 
 
185 aa  78.2  0.00000000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.191992  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0981  DNA-binding protein  31.37 
 
 
183 aa  78.2  0.00000000000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  31.15 
 
 
182 aa  77.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  31.15 
 
 
182 aa  77.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  31.15 
 
 
182 aa  77.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  31.15 
 
 
182 aa  77.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2197  transcriptional regulator  28.66 
 
 
185 aa  77.8  0.00000000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.26325  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3022  XRE family transcriptional regulator  29.44 
 
 
208 aa  77  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3771  transcriptional regulator, XRE family  32.4 
 
 
198 aa  77  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.471902  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4158  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 
204 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4848  transcriptional regulator, XRE family  32.4 
 
 
198 aa  77  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  29.95 
 
 
196 aa  77  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1091  XRE family transcriptional regulator  29.05 
 
 
182 aa  77  0.0000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.158888  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2481  DNA-binding protein  27.44 
 
 
185 aa  76.3  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00193646  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  30.6 
 
 
182 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7005  transcriptional regulator, XRE family  29.44 
 
 
212 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.89282 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3551  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 
196 aa  76.3  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2542  DNA-binding protein  27.44 
 
 
185 aa  76.3  0.0000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2231  XRE family transcriptional regulator  26.7 
 
 
187 aa  75.9  0.0000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000245077 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  33.71 
 
 
224 aa  75.9  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3025  XRE family transcriptional regulator  34.74 
 
 
188 aa  76.3  0.0000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314698  normal  0.932142 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  28.33 
 
 
182 aa  76.3  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3700  XRE family transcriptional regulator  30.9 
 
 
191 aa  76.3  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000696836  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4537  XRE family transcriptional regulator  30.51 
 
 
203 aa  75.5  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4589  transcriptional regulator, XRE family  28.41 
 
 
188 aa  75.1  0.0000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2254  XRE family transcriptional regulator  26.55 
 
 
185 aa  75.5  0.0000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0575156  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2646  XRE family transcriptional regulator  31.69 
 
 
182 aa  75.1  0.0000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5159  XRE family transcriptional regulator  30.51 
 
 
203 aa  75.5  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69980  putative transcriptional regulator  29.21 
 
 
182 aa  75.5  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5700  XRE family transcriptional regulator  30.51 
 
 
203 aa  75.5  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00441066 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4971  XRE family transcriptional regulator  30.51 
 
 
203 aa  75.1  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.110875  normal  0.347082 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1088  transcriptional regulator  30.72 
 
 
183 aa  75.1  0.0000000000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3114  XRE family transcriptional regulator  30.51 
 
 
203 aa  75.1  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.935644  normal  0.475898 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1109  XRE family transcriptional regulator  24.59 
 
 
183 aa  73.9  0.000000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1058  XRE family transcriptional regulator  28.49 
 
 
184 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3180  XRE family transcriptional regulator  29.94 
 
 
203 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6075  putative transcriptional regulator  28.65 
 
 
182 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0850  XRE family transcriptional regulator  27.12 
 
 
182 aa  73.2  0.000000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.406298  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3086  transcriptional regulator, putative  28.8 
 
 
212 aa  72.4  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0196484  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  28 
 
 
191 aa  72.8  0.000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1046  XRE family transcriptional regulator  31.64 
 
 
186 aa  72.8  0.000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0416  XRE family transcriptional regulator  33.69 
 
 
229 aa  72  0.000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.387969 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  27.93 
 
 
182 aa  72.4  0.000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0134  hypothetical protein  26.67 
 
 
191 aa  71.6  0.000000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>