More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0099 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0099  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 194 aa  392  1e-108  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798061 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4180  XRE family transcriptional regulator  75.4 
 
 		 199 aa  287  8e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1428  DNA-binding protein  68.95 
 
 		 192 aa  259  2e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3174  DNA-binding protein  68.89 
 
 		 195 aa  251  6e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.9176  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0895  DNA-binding protein  68.33 
 
 		 195 aa  248  3e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.955987  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2019  DNA-binding protein  68.33 
 
 		 195 aa  248  3e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.649802  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3191  DNA-binding protein  68.33 
 
 		 195 aa  248  3e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.479355  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1881  DNA-binding protein  68.33 
 
 		 195 aa  248  3e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3137  DNA-binding protein  67.22 
 
 		 195 aa  245  2e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2728  DNA-binding protein  67.78 
 
 		 195 aa  245  3e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2085  XRE family transcriptional regulator  58.97 
 
 		 207 aa  225  4e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.323846  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1123  XRE family transcriptional regulator  58.76 
 
 		 221 aa  217  8.999999999999998e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0106313  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1033  transcriptional regulator, XRE family  57.81 
 
 		 195 aa  215  2.9999999999999998e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4259  XRE family transcriptional regulator  57.22 
 
 		 206 aa  215  2.9999999999999998e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.655976  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0668  XRE family transcriptional regulator  58.76 
 
 		 206 aa  215  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1147  XRE family transcriptional regulator  58.76 
 
 		 206 aa  215  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1029  XRE family transcriptional regulator  57.89 
 
 		 219 aa  213  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.289543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1025  XRE family transcriptional regulator  57.89 
 
 		 219 aa  212  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.976587  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2158  XRE family transcriptional regulator  57.84 
 
 		 224 aa  206  2e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00315318  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3132  putative transcription regulator protein  55.9 
 
 		 209 aa  204  6e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.25062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0127  transcriptional regulator, XRE family  56.45 
 
 		 193 aa  193  1e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.116873  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4768  XRE family transcriptional regulator  55.95 
 
 		 193 aa  160  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.2486  normal  0.289686 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3471  XRE family transcriptional regulator  45.56 
 
 		 197 aa  154  8e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  44.26 
 
 		 189 aa  151  7e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0115  transcriptional regulatory protein  47.87 
 
 		 194 aa  149  2e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2039  transcriptional regulator, XRE family  46.93 
 
 		 187 aa  147  7e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.558818 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4522  transcriptional regulator, XRE family  43.24 
 
 		 188 aa  145  5e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0681879  normal  0.0291061 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5130  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  44.38 
 
 		 188 aa  141  7e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.87177  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0503  transcriptional regulator, XRE family  46.67 
 
 		 194 aa  140  9.999999999999999e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0483553 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6405  XRE family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 189 aa  134  7.000000000000001e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146143  normal  0.496408 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3403  putative transcriptional regulator  42.55 
 
 		 183 aa  125  3e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5030  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 189 aa  125  5e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.938239  normal  0.565327 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40150  putative transcriptional regulator  41.4 
 
 		 183 aa  121  6e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2210  transcriptional regulator, XRE family  39.23 
 
 		 195 aa  114  6.9999999999999995e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.949814  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5472  putative transcriptional regulator, XRE family  37.63 
 
 		 198 aa  112  5e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0377247 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2103  XRE family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 191 aa  111  5e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1454  XRE family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 189 aa  107  1e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.513852  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1655  helix-turn-helix domain protein  35 
 
 		 194 aa  106  3e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000652652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4478  transcriptional regulator  36.61 
 
 		 188 aa  103  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3726  transcriptional regulator, XRE family  35.52 
 
 		 195 aa  103  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3563  transcriptional regulator, XRE family  33.51 
 
 		 189 aa  102  3e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5267  transcriptional regulator, XRE family  37.97 
 
 		 190 aa  102  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.782951 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1354  XRE family transcriptional regulator  37.43 
 
 		 190 aa  99  4e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758784  decreased coverage  0.00460659 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0772  transcriptional regulator  33.51 
 
 		 204 aa  92.8  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.855503 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5929  XRE family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 202 aa  85.9  4e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.828276  normal  0.0967353 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0981  DNA-binding protein  30.73 
 
 		 183 aa  84.3  0.000000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2578  transcriptional regulator, XRE family  34.25 
 
 		 182 aa  82  0.000000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1088  transcriptional regulator  30.17 
 
 		 183 aa  81.3  0.000000000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5143  putative transcriptional regulator, XRE family  34.62 
 
 		 192 aa  80.9  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0117731  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2770  XRE family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 192 aa  79.7  0.00000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.169539 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 182 aa  78.6  0.00000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  28.81 
 
 		 188 aa  77.8  0.00000000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 176 aa  78.2  0.00000000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1729  transcriptional regulator, XRE family  35.03 
 
 		 195 aa  77.8  0.00000000000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.114176  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 208 aa  77  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5322  XRE family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 203 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.869737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 208 aa  77  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 208 aa  77  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  31.55 
 
 		 182 aa  77  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  31.55 
 
 		 182 aa  77  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  31.55 
 
 		 182 aa  77  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 182 aa  77  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2346  transcriptional regulator  32.07 
 
 		 215 aa  75.9  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 182 aa  75.9  0.0000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 199 aa  75.1  0.0000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1058  XRE family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 184 aa  75.1  0.0000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2366  transcriptional regulator, XRE family  31.46 
 
 		 184 aa  75.1  0.0000000000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3086  transcriptional regulator, putative  30.43 
 
 		 212 aa  74.7  0.0000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0196484  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  30.69 
 
 		 182 aa  74.7  0.0000000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 199 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  30.69 
 
 		 211 aa  73.9  0.000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5268  Cro/CI family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 182 aa  73.6  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0238  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  27.72 
 
 		 199 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5320  XRE family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 182 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.8166  normal  0.310919 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3025  XRE family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 188 aa  73.6  0.000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314698  normal  0.932142 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 182 aa  73.2  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  30.39 
 
 		 199 aa  73.6  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5178  XRE family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 199 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  0.155373 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1091  XRE family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 182 aa  72.8  0.000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.158888  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0105  DNA-binding protein  29.41 
 
 		 199 aa  72.4  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2734  XRE family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 178 aa  72.4  0.000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00297691  normal  0.0817302 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3114  XRE family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 203 aa  72  0.000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.935644  normal  0.475898 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4971  XRE family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 203 aa  72  0.000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.110875  normal  0.347082 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  30.18 
 
 		 199 aa  71.6  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5700  XRE family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 203 aa  71.6  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00441066 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5159  XRE family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 203 aa  71.6  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 199 aa  71.2  0.000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47950  Cupin, RmlC-type protein  30.77 
 
 		 182 aa  71.2  0.000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34730  XRE family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 193 aa  71.2  0.000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0210921  normal  0.262574 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2232  Cro/CI family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 177 aa  70.5  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0715  transcriptional regulator, XRE family  30.59 
 
 		 187 aa  70.5  0.00000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.39864  normal  0.0327391 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6084  XRE family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 234 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.207069 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4917  XRE family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 184 aa  70.1  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1789  transcriptional regulator, Cro/CI family  24.19 
 
 		 200 aa  70.1  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.225 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1668  Cro/CI family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 200 aa  70.1  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.118403 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2294  XRE family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 211 aa  70.1  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.328361 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3180  XRE family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 203 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3508  XRE family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 187 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0510026 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1849  Cro/CI family transcriptional regulator  24.04 
 
 		 200 aa  69.7  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.646761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 224 aa  70.1  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>