More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4971 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_4971  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 203 aa  407  1e-113  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.110875  normal  0.347082 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3114  XRE family transcriptional regulator  98.03 
 
 		 203 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.935644  normal  0.475898 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3180  XRE family transcriptional regulator  94.58 
 
 		 203 aa  363  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5700  XRE family transcriptional regulator  94.09 
 
 		 203 aa  360  8e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00441066 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5159  XRE family transcriptional regulator  94.09 
 
 		 203 aa  360  8e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5322  XRE family transcriptional regulator  93.1 
 
 		 203 aa  359  1e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.869737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4537  XRE family transcriptional regulator  93.6 
 
 		 203 aa  358  3e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0004  DNA-binding protein  86.7 
 
 		 202 aa  355  2.9999999999999997e-97  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.278794  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1509  putative DNA-binding protein  86.7 
 
 		 202 aa  355  2.9999999999999997e-97  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.221821  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0004  DNA-binding cupin domain-containing protein  86.7 
 
 		 202 aa  355  2.9999999999999997e-97  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0004  DNA-binding protein  86.21 
 
 		 202 aa  351  5e-96  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1430  DNA-binding protein  86.21 
 
 		 202 aa  351  5e-96  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0005  DNA-binding protein  86.21 
 
 		 202 aa  351  5e-96  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.792058  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1150  DNA-binding protein  86.21 
 
 		 202 aa  351  5e-96  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.129822  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0004  DNA-binding protein  85.71 
 
 		 202 aa  342  2e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7005  transcriptional regulator, XRE family  73.79 
 
 		 212 aa  309  2e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.89282 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4158  XRE family transcriptional regulator  79.35 
 
 		 204 aa  304  6e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3022  XRE family transcriptional regulator  72.33 
 
 		 208 aa  299  2e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4806  putative DNA-binding transcriptional regulator  55.74 
 
 		 203 aa  207  8e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4804  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  54.5 
 
 		 198 aa  199  1.9999999999999998e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02293  putative transcription regulator protein  53.89 
 
 		 182 aa  191  8e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.40687 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3771  transcriptional regulator, XRE family  49.72 
 
 		 198 aa  187  8e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.471902  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4848  transcriptional regulator, XRE family  49.72 
 
 		 198 aa  187  8e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4365  XRE family transcriptional regulator  49.72 
 
 		 197 aa  184  7e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000321232  normal  0.264561 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4933  transcriptional regulator, XRE family  38.8 
 
 		 209 aa  143  2e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.131947  normal  0.360863 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4938  XRE family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 206 aa  142  4e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.839761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4469  helix-turn-helix domain-containing protein  38.25 
 
 		 209 aa  142  5e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4967  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 218 aa  141  7e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.454469  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4983  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 209 aa  138  4.999999999999999e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0953387  normal  0.300371 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0950  transcriptional regulator, XRE family  36.72 
 
 		 205 aa  137  7e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00163253 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2075  helix-turn-helix domain protein  40.64 
 
 		 196 aa  136  2e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.241547  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0116  XRE family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 205 aa  132  3e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0574196 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4454  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 203 aa  129  3e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.561636  normal  0.472987 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1957  XRE family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 208 aa  127  7.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.210401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 224 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3086  transcriptional regulator, putative  34.08 
 
 		 212 aa  117  7.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0196484  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0872  transcriptional regulator  35.2 
 
 		 192 aa  117  9e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.62802  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0921  transcriptional regulator, XRE family  34.38 
 
 		 260 aa  117  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.746837  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2614  transcriptional regulator  35.75 
 
 		 248 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.325655  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2924  XRE family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 204 aa  115  3e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.705469  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34730  XRE family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 193 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0210921  normal  0.262574 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0917  transcriptional regulator, XRE family  34.64 
 
 		 192 aa  114  6.9999999999999995e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2346  transcriptional regulator  35.96 
 
 		 215 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2928  DNA-binding protein  30.51 
 
 		 185 aa  111  6e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384603 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2542  DNA-binding protein  31.07 
 
 		 185 aa  110  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2254  XRE family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 185 aa  110  1.0000000000000001e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0575156  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3025  XRE family transcriptional regulator  40.12 
 
 		 188 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314698  normal  0.932142 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2279  DNA-binding protein  29.94 
 
 		 185 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.268468  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2197  transcriptional regulator  29.94 
 
 		 185 aa  109  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.26325  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2448  DNA-binding protein  29.94 
 
 		 185 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.191992  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2463  DNA-binding protein  29.94 
 
 		 185 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2239  transcriptional regulator  29.94 
 
 		 185 aa  108  4.0000000000000004e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0224117  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0831  XRE family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 183 aa  106  2e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000078794  normal  0.173113 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0662  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 259 aa  104  8e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2481  DNA-binding protein  27.68 
 
 		 185 aa  103  1e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00193646  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  34.97 
 
 		 207 aa  99.8  3e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 191 aa  95.9  3e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0327  XRE family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 191 aa  95.9  4e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000523898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  31.79 
 
 		 191 aa  95.9  4e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000353964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0945  transcriptional regulator, XRE family  31.64 
 
 		 184 aa  95.5  5e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000133489  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0424  XRE family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 188 aa  95.5  5e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0323  XRE family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 191 aa  94.4  1e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000737434  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0416  XRE family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 229 aa  93.2  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.387969 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4875  HTH-type transcriptional regulator  33.18 
 
 		 214 aa  92.4  4e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.256136  normal  0.0946557 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3325  transcriptional regulator, XRE family  31.49 
 
 		 229 aa  90.5  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.610712  normal  0.167348 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0981  DNA-binding protein  28.65 
 
 		 183 aa  90.5  1e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5143  putative transcriptional regulator, XRE family  34.48 
 
 		 192 aa  90.5  1e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0117731  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0634  XRE family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 229 aa  90.9  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.43558 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01392  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.3 
 
 		 178 aa  88.6  5e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2212  transcriptional regulator, XRE family  30.3 
 
 		 178 aa  88.6  5e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1517  DNA-binding protein  30.3 
 
 		 178 aa  88.6  5e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1613  DNA-binding protein  30.3 
 
 		 178 aa  88.6  5e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2225  XRE family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 178 aa  88.6  5e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.639128 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01402  hypothetical protein  30.3 
 
 		 178 aa  88.6  5e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1740  DNA-binding protein  30.3 
 
 		 178 aa  89  5e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000189008  hitchhiker  2.35786e-17 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1579  transcriptional regulator  30.29 
 
 		 182 aa  88.2  7e-17  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.168139  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03443  transcriptional regulator, HTH_3 family protein  30.16 
 
 		 208 aa  88.2  7e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4268  transcriptional regulator, XRE family  32.02 
 
 		 188 aa  88.2  7e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1088  transcriptional regulator  28.25 
 
 		 183 aa  87.8  1e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01840  transcriptional regulator, XRE family  25.99 
 
 		 182 aa  87.8  1e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2039  DNA-binding protein  30.3 
 
 		 178 aa  87.8  1e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000824446  hitchhiker  5.01479e-19 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0850  XRE family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 182 aa  87.4  1e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.406298  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6018  XRE family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 233 aa  86.7  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4229  hypothetical protein  32.58 
 
 		 652 aa  86.7  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.60873 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2690  XRE family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 228 aa  85.9  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0410  putative transcriptional regulator, XRE family  32.09 
 
 		 189 aa  86.3  3e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2078  XRE family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 228 aa  85.9  3e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.205935  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3700  XRE family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 191 aa  85.9  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000696836  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2718  XRE family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 228 aa  85.9  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4589  transcriptional regulator, XRE family  29.78 
 
 		 188 aa  85.9  4e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0319  XRE family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 191 aa  85.9  4e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000379854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1109  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 183 aa  85.9  4e-16  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0893  DNA-binding protein  30.27 
 
 		 222 aa  85.5  5e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3140  transcriptional regulator, XRE family  30.96 
 
 		 206 aa  85.5  5e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0728  DNA-binding protein  30.27 
 
 		 222 aa  85.5  5e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0714  DNA-binding protein  30.27 
 
 		 222 aa  85.5  5e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0594  DNA-binding protein  30.89 
 
 		 219 aa  85.5  5e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2743  XRE family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 227 aa  85.5  5e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0229  DNA-binding protein  30.27 
 
 		 222 aa  85.1  6e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2717  DNA-binding protein  30.27 
 
 		 222 aa  85.1  6e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>