More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_4268 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_4268  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 
188 aa  389  1e-107  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4589  transcriptional regulator, XRE family  85.11 
 
 
188 aa  333  7e-91  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2231  XRE family transcriptional regulator  60.11 
 
 
187 aa  229  2e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000245077 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1642  XRE family transcriptional regulator  56.22 
 
 
186 aa  211  3.9999999999999995e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.065261  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2039  DNA-binding protein  54.1 
 
 
178 aa  207  6e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000824446  hitchhiker  5.01479e-19 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01392  predicted DNA-binding transcriptional regulator  54.1 
 
 
178 aa  207  9e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2212  transcriptional regulator, XRE family  54.1 
 
 
178 aa  207  9e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1517  DNA-binding protein  54.1 
 
 
178 aa  207  9e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01402  hypothetical protein  54.1 
 
 
178 aa  207  9e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1613  DNA-binding protein  54.1 
 
 
178 aa  207  9e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2225  XRE family transcriptional regulator  54.1 
 
 
178 aa  207  9e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.639128 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1740  DNA-binding protein  54.1 
 
 
178 aa  206  1e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000189008  hitchhiker  2.35786e-17 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1556  transcriptional regulator, XRE family  54.64 
 
 
178 aa  206  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1722  transcriptional regulator, XRE family  54.64 
 
 
185 aa  206  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.185673  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1783  XRE family transcriptional regulator  54.1 
 
 
178 aa  205  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1719  XRE family transcriptional regulator  54.1 
 
 
178 aa  205  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.499876  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1737  XRE family transcriptional regulator  53.55 
 
 
185 aa  202  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1982  XRE family transcriptional regulator  52.49 
 
 
175 aa  197  9e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.623481  normal  0.364753 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0319  XRE family transcriptional regulator  52.81 
 
 
191 aa  193  1e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000379854  normal 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0134  hypothetical protein  48.65 
 
 
191 aa  192  2e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  51.69 
 
 
191 aa  192  2e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3700  XRE family transcriptional regulator  52.81 
 
 
191 aa  191  4e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000696836  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0323  XRE family transcriptional regulator  51.69 
 
 
191 aa  191  6e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000737434  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  51.12 
 
 
191 aa  191  7e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000353964  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0327  XRE family transcriptional regulator  51.12 
 
 
191 aa  191  8e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000523898  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0324  XRE family transcriptional regulator  52.25 
 
 
191 aa  190  1e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000421536  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0424  XRE family transcriptional regulator  50.56 
 
 
188 aa  189  2e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1663  DNA-binding protein  43.62 
 
 
185 aa  157  1e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2481  DNA-binding protein  39.34 
 
 
185 aa  142  3e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00193646  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2542  DNA-binding protein  39.34 
 
 
185 aa  141  5e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2197  transcriptional regulator  39.56 
 
 
185 aa  139  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.26325  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2928  DNA-binding protein  38.25 
 
 
185 aa  139  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00384603 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2463  DNA-binding protein  39.56 
 
 
185 aa  139  3e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2279  DNA-binding protein  39.56 
 
 
185 aa  139  3e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.268468  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2239  transcriptional regulator  39.56 
 
 
185 aa  139  3e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0224117  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2448  DNA-binding protein  39.56 
 
 
185 aa  139  3e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.191992  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2254  XRE family transcriptional regulator  37.16 
 
 
185 aa  138  4.999999999999999e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0575156  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03443  transcriptional regulator, HTH_3 family protein  42.54 
 
 
208 aa  134  9.999999999999999e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2484  XRE family transcriptional regulator  42.55 
 
 
187 aa  128  5.0000000000000004e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0499056 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01840  transcriptional regulator, XRE family  36.81 
 
 
182 aa  127  7.000000000000001e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1555  transcriptional regulator  40.66 
 
 
181 aa  126  2.0000000000000002e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  36.61 
 
 
224 aa  125  3e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1109  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 
183 aa  124  1e-27  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0850  XRE family transcriptional regulator  35.91 
 
 
182 aa  124  1e-27  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.406298  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1579  transcriptional regulator  35.52 
 
 
182 aa  124  1e-27  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.168139  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1096  helix-turn-helix domain-containing protein  34.81 
 
 
182 aa  121  5e-27  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2346  transcriptional regulator  36.02 
 
 
215 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0917  transcriptional regulator, XRE family  34.74 
 
 
192 aa  119  3.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0921  transcriptional regulator, XRE family  34.74 
 
 
260 aa  118  4.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.746837  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2614  transcriptional regulator  36.96 
 
 
248 aa  118  4.9999999999999996e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.325655  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0872  transcriptional regulator  34.74 
 
 
192 aa  118  4.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.62802  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0744  XRE family transcriptional regulator  34.25 
 
 
209 aa  116  1.9999999999999998e-25  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.541206  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0945  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 
184 aa  115  3e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000133489  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3086  transcriptional regulator, putative  36.02 
 
 
212 aa  115  6e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0196484  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1211  helix-turn-helix domain-containing protein  34.81 
 
 
200 aa  114  6.9999999999999995e-25  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.924879 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0662  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 
259 aa  110  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  35.09 
 
 
207 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34730  XRE family transcriptional regulator  31.82 
 
 
193 aa  104  7e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0210921  normal  0.262574 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4333  XRE family transcriptional regulator  30.05 
 
 
190 aa  102  5e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4806  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.8 
 
 
203 aa  100  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4400  DNA-binding protein  30.05 
 
 
190 aa  100  2e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4240  DNA-binding protein  30.05 
 
 
190 aa  99.8  2e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4252  DNA-binding protein  30.05 
 
 
190 aa  99.8  2e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4740  DNA-binding protein  30.05 
 
 
190 aa  100  2e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4617  DNA-binding protein  30.05 
 
 
190 aa  100  2e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4631  DNA-binding protein  29.51 
 
 
190 aa  98.6  4e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4633  DNA-binding protein  29.51 
 
 
190 aa  98.6  4e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4971  XRE family transcriptional regulator  32.02 
 
 
203 aa  97.1  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.110875  normal  0.347082 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3114  XRE family transcriptional regulator  32.02 
 
 
203 aa  96.7  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.935644  normal  0.475898 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4613  DNA-binding protein  30.05 
 
 
190 aa  96.3  2e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5322  XRE family transcriptional regulator  30.41 
 
 
203 aa  95.9  3e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.869737  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0622  DNA-binding protein  29.51 
 
 
190 aa  95.9  3e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.475485  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4522  transcriptional regulator, XRE family  32.78 
 
 
188 aa  95.5  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0681879  normal  0.0291061 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5159  XRE family transcriptional regulator  29.51 
 
 
203 aa  95.1  5e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5700  XRE family transcriptional regulator  29.51 
 
 
203 aa  95.1  5e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00441066 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4537  XRE family transcriptional regulator  30.9 
 
 
203 aa  95.1  6e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3180  XRE family transcriptional regulator  30.9 
 
 
203 aa  94.4  8e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5472  putative transcriptional regulator, XRE family  32.97 
 
 
198 aa  93.6  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0377247 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4158  XRE family transcriptional regulator  29.67 
 
 
204 aa  94.4  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7005  transcriptional regulator, XRE family  30.11 
 
 
212 aa  94  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.89282 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4967  transcriptional regulator, XRE family  30.46 
 
 
218 aa  92.8  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.454469  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2085  XRE family transcriptional regulator  31.69 
 
 
207 aa  92  5e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.323846  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02293  putative transcription regulator protein  32.04 
 
 
182 aa  91.3  8e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.40687 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0004  DNA-binding protein  31.58 
 
 
202 aa  90.9  9e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0950  transcriptional regulator, XRE family  30.77 
 
 
205 aa  90.9  9e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00163253 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4933  transcriptional regulator, XRE family  30.46 
 
 
209 aa  90.5  1e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.131947  normal  0.360863 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4469  helix-turn-helix domain-containing protein  30.59 
 
 
209 aa  90.5  1e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1509  putative DNA-binding protein  30.99 
 
 
202 aa  89.4  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.221821  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4938  XRE family transcriptional regulator  30.59 
 
 
206 aa  89.4  3e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.839761  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0634  XRE family transcriptional regulator  31.32 
 
 
229 aa  89  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.43558 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3140  transcriptional regulator, XRE family  27.12 
 
 
206 aa  89.4  3e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0004  DNA-binding protein  30.99 
 
 
202 aa  89.4  3e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.278794  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0004  DNA-binding cupin domain-containing protein  30.99 
 
 
202 aa  89.4  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3022  XRE family transcriptional regulator  30.49 
 
 
208 aa  88.6  4e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3325  transcriptional regulator, XRE family  31.32 
 
 
229 aa  89  4e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.610712  normal  0.167348 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4983  transcriptional regulator, XRE family  30 
 
 
209 aa  88.6  5e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0953387  normal  0.300371 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4848  transcriptional regulator, XRE family  28.89 
 
 
198 aa  88.2  6e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0004  DNA-binding protein  30.99 
 
 
202 aa  88.6  6e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1150  DNA-binding protein  30.99 
 
 
202 aa  88.6  6e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.129822  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3771  transcriptional regulator, XRE family  28.89 
 
 
198 aa  88.2  6e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.471902  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>