More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4848 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_3771  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 
198 aa  396  1e-109  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.471902  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4848  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 
198 aa  396  1e-109  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4806  putative DNA-binding transcriptional regulator  72.34 
 
 
203 aa  283  2.0000000000000002e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_003296  RS02293  putative transcription regulator protein  67.98 
 
 
182 aa  256  1e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.40687 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4804  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  68.04 
 
 
198 aa  250  1e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4365  XRE family transcriptional regulator  63.27 
 
 
197 aa  244  6e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000321232  normal  0.264561 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3022  XRE family transcriptional regulator  50.83 
 
 
208 aa  195  4.0000000000000005e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4158  XRE family transcriptional regulator  51.38 
 
 
204 aa  193  1e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7005  transcriptional regulator, XRE family  50.28 
 
 
212 aa  191  4e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.89282 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1509  putative DNA-binding protein  49.21 
 
 
202 aa  191  6e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.221821  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0004  DNA-binding cupin domain-containing protein  49.21 
 
 
202 aa  191  6e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0004  DNA-binding protein  49.21 
 
 
202 aa  191  6e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.278794  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0004  DNA-binding protein  49.21 
 
 
202 aa  190  1e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0005  DNA-binding protein  49.21 
 
 
202 aa  190  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.792058  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1430  DNA-binding protein  49.21 
 
 
202 aa  190  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1150  DNA-binding protein  49.21 
 
 
202 aa  190  1e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.129822  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3114  XRE family transcriptional regulator  49.72 
 
 
203 aa  188  5e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.935644  normal  0.475898 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4971  XRE family transcriptional regulator  49.72 
 
 
203 aa  187  8e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.110875  normal  0.347082 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5322  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 
203 aa  185  3e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.869737  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0004  DNA-binding protein  49.17 
 
 
202 aa  185  4e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3180  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 
203 aa  185  5e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5159  XRE family transcriptional regulator  49.44 
 
 
203 aa  183  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5700  XRE family transcriptional regulator  49.44 
 
 
203 aa  183  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00441066 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4537  XRE family transcriptional regulator  48.88 
 
 
203 aa  182  3e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0950  transcriptional regulator, XRE family  41.01 
 
 
205 aa  144  8.000000000000001e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00163253 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0116  XRE family transcriptional regulator  40.45 
 
 
205 aa  140  9.999999999999999e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0574196 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1957  XRE family transcriptional regulator  39.56 
 
 
208 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.210401  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4967  transcriptional regulator, XRE family  38.76 
 
 
218 aa  131  6e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.454469  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4983  transcriptional regulator, XRE family  38.76 
 
 
209 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0953387  normal  0.300371 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4938  XRE family transcriptional regulator  39.33 
 
 
206 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.839761  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4454  XRE family transcriptional regulator  38.42 
 
 
203 aa  129  2.0000000000000002e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.561636  normal  0.472987 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4933  transcriptional regulator, XRE family  38.2 
 
 
209 aa  126  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.131947  normal  0.360863 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4469  helix-turn-helix domain-containing protein  38.2 
 
 
209 aa  126  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2924  XRE family transcriptional regulator  41.44 
 
 
204 aa  126  3e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.705469  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2075  helix-turn-helix domain protein  39.23 
 
 
196 aa  125  5e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.241547  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3025  XRE family transcriptional regulator  40.38 
 
 
188 aa  117  9.999999999999999e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314698  normal  0.932142 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2614  transcriptional regulator  34.76 
 
 
248 aa  111  6e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.325655  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  34.24 
 
 
224 aa  111  9e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01840  transcriptional regulator, XRE family  33.89 
 
 
182 aa  105  5e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2279  DNA-binding protein  28.73 
 
 
185 aa  104  8e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.268468  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2448  DNA-binding protein  28.73 
 
 
185 aa  104  8e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.191992  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2463  DNA-binding protein  28.73 
 
 
185 aa  104  8e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2197  transcriptional regulator  28.18 
 
 
185 aa  103  1e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.26325  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2254  XRE family transcriptional regulator  27.22 
 
 
185 aa  103  1e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0575156  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2039  DNA-binding protein  33.15 
 
 
178 aa  103  1e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000824446  hitchhiker  5.01479e-19 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2239  transcriptional regulator  28.73 
 
 
185 aa  103  2e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0224117  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2542  DNA-binding protein  27.78 
 
 
185 aa  103  2e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2928  DNA-binding protein  26.67 
 
 
185 aa  101  6e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00384603 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1642  XRE family transcriptional regulator  33.52 
 
 
186 aa  100  1e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.065261  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01392  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.44 
 
 
178 aa  100  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2212  transcriptional regulator, XRE family  34.44 
 
 
178 aa  100  2e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2481  DNA-binding protein  26.67 
 
 
185 aa  100  2e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00193646  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1517  DNA-binding protein  34.44 
 
 
178 aa  100  2e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1740  DNA-binding protein  34.44 
 
 
178 aa  100  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000189008  hitchhiker  2.35786e-17 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0872  transcriptional regulator  32.07 
 
 
192 aa  100  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.62802  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1613  DNA-binding protein  34.44 
 
 
178 aa  100  2e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2225  XRE family transcriptional regulator  34.44 
 
 
178 aa  100  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.639128 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01402  hypothetical protein  34.44 
 
 
178 aa  100  2e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0424  XRE family transcriptional regulator  31.22 
 
 
188 aa  98.2  6e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  31.55 
 
 
191 aa  98.2  7e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000353964  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0327  XRE family transcriptional regulator  31.55 
 
 
191 aa  97.8  8e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000523898  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1579  transcriptional regulator  31.15 
 
 
182 aa  97.8  9e-20  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.168139  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  31.55 
 
 
191 aa  97.4  1e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0662  XRE family transcriptional regulator  31.72 
 
 
259 aa  97.4  1e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0921  transcriptional regulator, XRE family  31.69 
 
 
260 aa  97.4  1e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.746837  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0917  transcriptional regulator, XRE family  31.52 
 
 
192 aa  97.8  1e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0323  XRE family transcriptional regulator  31.55 
 
 
191 aa  96.7  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000737434  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3529  XRE family transcriptional regulator  36.56 
 
 
200 aa  96.7  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.295271 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1096  helix-turn-helix domain-containing protein  31.32 
 
 
182 aa  97.1  2e-19  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0850  XRE family transcriptional regulator  31.87 
 
 
182 aa  96.3  3e-19  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.406298  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34730  XRE family transcriptional regulator  34.44 
 
 
193 aa  95.9  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0210921  normal  0.262574 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3700  XRE family transcriptional regulator  33.73 
 
 
191 aa  94  1e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000696836  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2346  transcriptional regulator  35 
 
 
215 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  31.72 
 
 
207 aa  93.2  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1719  XRE family transcriptional regulator  32.22 
 
 
178 aa  93.2  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.499876  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5072  transcriptional regulator, XRE family  35.5 
 
 
207 aa  92.8  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1982  XRE family transcriptional regulator  30.56 
 
 
175 aa  92.8  3e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.623481  normal  0.364753 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1556  transcriptional regulator, XRE family  32.22 
 
 
178 aa  92  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0134  hypothetical protein  30 
 
 
191 aa  92.4  4e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1783  XRE family transcriptional regulator  32.22 
 
 
178 aa  92.4  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS04780  putative transcription regulator protein  35.88 
 
 
205 aa  92  5e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05657  putative DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  35.88 
 
 
205 aa  92  5e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1722  transcriptional regulator, XRE family  32.22 
 
 
185 aa  92  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.185673  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0324  XRE family transcriptional regulator  33.73 
 
 
191 aa  92  5e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000421536  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1737  XRE family transcriptional regulator  32.22 
 
 
185 aa  91.7  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3086  transcriptional regulator, putative  32.97 
 
 
212 aa  90.5  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0196484  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0319  XRE family transcriptional regulator  33.13 
 
 
191 aa  90.5  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000379854  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03443  transcriptional regulator, HTH_3 family protein  34.29 
 
 
208 aa  89  4e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1668  Cro/CI family transcriptional regulator  32.4 
 
 
200 aa  89  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.118403 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1789  transcriptional regulator, Cro/CI family  32.4 
 
 
200 aa  89  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.225 
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3063  transcriptional regulator, XRE family  31.46 
 
 
201 aa  85.9  4e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1487  transcriptional regulator, Cro/CI family  32.93 
 
 
200 aa  85.5  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.335106  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1849  Cro/CI family transcriptional regulator  32.93 
 
 
200 aa  85.5  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.646761  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1109  XRE family transcriptional regulator  30.98 
 
 
183 aa  85.1  6e-16  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4589  transcriptional regulator, XRE family  30.56 
 
 
188 aa  85.1  6e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1459  helix-turn-helix domain protein  33.54 
 
 
182 aa  84.7  9e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2231  XRE family transcriptional regulator  29.55 
 
 
187 aa  84.3  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000245077 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1787  Cro/CI family transcriptional regulator  32.93 
 
 
200 aa  84  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0263563  normal  0.220225 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4268  transcriptional regulator, XRE family  28.89 
 
 
188 aa  84.3  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0945  transcriptional regulator, XRE family  26.52 
 
 
184 aa  84  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000133489  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>