More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_1459 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_1459  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 		 182 aa  360  8e-99  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15000  predicted transcriptional regulator  66.1 
 
 		 184 aa  232  2.0000000000000002e-60  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.904149  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0678  transcriptional regulator, XRE family  64 
 
 		 188 aa  223  1e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4079  XRE family transcriptional regulator  56.67 
 
 		 182 aa  211  5.999999999999999e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2054  transcriptional regulator, XRE family  59.77 
 
 		 186 aa  210  7e-54  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.388224 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2487  XRE family transcriptional regulator  55.31 
 
 		 189 aa  202  2e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3184  transcriptional regulator, XRE family  58.19 
 
 		 183 aa  201  3e-51  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4371  XRE family transcriptional regulator  52.78 
 
 		 182 aa  200  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4437  XRE family transcriptional regulator  52.78 
 
 		 182 aa  200  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4325  XRE family transcriptional regulator  52.78 
 
 		 182 aa  200  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.735671  normal  0.293625 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4256  transcriptional regulator, XRE family  52.78 
 
 		 182 aa  200  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.949593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4285  transcriptional regulator, XRE family  52.78 
 
 		 182 aa  200  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4544  transcriptional regulator, XRE family  63.12 
 
 		 215 aa  198  3.9999999999999996e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.796901 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3725  DNA-binding protein  58.05 
 
 		 258 aa  193  1e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3484  transcriptional regulator, XRE family  53.63 
 
 		 200 aa  191  4e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4106  transcriptional regulator, XRE family  39.08 
 
 		 207 aa  111  6e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0938506  normal  1 
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3063  transcriptional regulator, XRE family  35.8 
 
 		 201 aa  106  1e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0389  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 178 aa  103  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.762812  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4229  hypothetical protein  35.71 
 
 		 652 aa  98.6  5e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.60873 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0410  putative transcriptional regulator, XRE family  35.8 
 
 		 189 aa  95.5  4e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0872  transcriptional regulator  32.92 
 
 		 192 aa  95.1  5e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.62802  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0073  helix-turn-helix domain-containing protein  36.47 
 
 		 210 aa  94.4  9e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0917  transcriptional regulator, XRE family  32.3 
 
 		 192 aa  90.5  1e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01840  transcriptional regulator, XRE family  29.88 
 
 		 182 aa  90.5  1e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0921  transcriptional regulator, XRE family  32.3 
 
 		 260 aa  90.5  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.746837  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7277  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 189 aa  88.6  5e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2231  XRE family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 187 aa  87.8  7e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000245077 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2453  XRE family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 175 aa  87  1e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.68554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1642  XRE family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 186 aa  87  1e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.065261  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 224 aa  86.7  2e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4848  transcriptional regulator, XRE family  33.54 
 
 		 198 aa  84.7  7e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4032  transcriptional regulator, XRE family  37.21 
 
 		 187 aa  84.7  7e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.45676  normal  0.0335955 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3771  transcriptional regulator, XRE family  33.54 
 
 		 198 aa  84.7  7e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.471902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  33.92 
 
 		 203 aa  84  0.000000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.699676  decreased coverage  0.000887341 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2039  DNA-binding protein  29.07 
 
 		 178 aa  82.4  0.000000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000824446  hitchhiker  5.01479e-19 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0791  XRE family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 528 aa  82  0.000000000000004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0850  XRE family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 182 aa  81.6  0.000000000000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.406298  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4589  transcriptional regulator, XRE family  31.06 
 
 		 188 aa  81.6  0.000000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01392  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.49 
 
 		 178 aa  79.3  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2212  transcriptional regulator, XRE family  28.49 
 
 		 178 aa  79.3  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1613  DNA-binding protein  28.49 
 
 		 178 aa  79.3  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2225  XRE family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 178 aa  79.3  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.639128 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1517  DNA-binding protein  28.49 
 
 		 178 aa  79.3  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1740  DNA-binding protein  28.49 
 
 		 178 aa  79.7  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000189008  hitchhiker  2.35786e-17 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01402  hypothetical protein  28.49 
 
 		 178 aa  79.3  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4806  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.71 
 
 		 203 aa  79  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  29.65 
 
 		 207 aa  79  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3025  XRE family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 188 aa  79  0.00000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314698  normal  0.932142 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1579  transcriptional regulator  26.26 
 
 		 182 aa  78.6  0.00000000000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.168139  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0766  helix-turn-helix domain protein  33.14 
 
 		 182 aa  78.2  0.00000000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.494379  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1096  helix-turn-helix domain-containing protein  28.49 
 
 		 182 aa  77.8  0.00000000000007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03313  transcriptional regulator, Cro/CI family protein  32.92 
 
 		 175 aa  77  0.0000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1556  transcriptional regulator, XRE family  28.4 
 
 		 178 aa  77  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2928  DNA-binding protein  23.49 
 
 		 185 aa  76.6  0.0000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384603 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1722  transcriptional regulator, XRE family  28.4 
 
 		 185 aa  76.6  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.185673  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0319  XRE family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 191 aa  76.3  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000379854  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1783  XRE family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 178 aa  75.9  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0662  XRE family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 259 aa  75.9  0.0000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1737  XRE family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 185 aa  75.9  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1719  XRE family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 178 aa  75.9  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.499876  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3700  XRE family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 191 aa  75.1  0.0000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000696836  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1520  XRE family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 176 aa  75.1  0.0000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0757766  normal  0.0239869 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5123  hypothetical protein  34.3 
 
 		 198 aa  73.6  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.635702  normal  0.639471 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  26.67 
 
 		 191 aa  73.6  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000353964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0327  XRE family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 191 aa  73.6  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000523898  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2279  DNA-binding protein  23.49 
 
 		 185 aa  73.6  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.268468  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 191 aa  73.9  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2448  DNA-binding protein  23.49 
 
 		 185 aa  73.6  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.191992  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2463  DNA-binding protein  23.49 
 
 		 185 aa  73.6  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0324  XRE family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 191 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000421536  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2254  XRE family transcriptional regulator  22.89 
 
 		 185 aa  73.2  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0575156  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2542  DNA-binding protein  22.89 
 
 		 185 aa  73.2  0.000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2239  transcriptional regulator  23.49 
 
 		 185 aa  73.2  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0224117  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2197  transcriptional regulator  22.89 
 
 		 185 aa  72.8  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.26325  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2924  XRE family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 204 aa  72.8  0.000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.705469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0424  XRE family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 188 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2481  DNA-binding protein  22.89 
 
 		 185 aa  72.8  0.000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00193646  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0323  XRE family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 191 aa  72.4  0.000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000737434  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1982  XRE family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 175 aa  72.8  0.000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.623481  normal  0.364753 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0950  transcriptional regulator, XRE family  29.11 
 
 		 205 aa  72.4  0.000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00163253 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0410  XRE family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 516 aa  71.6  0.000000000005  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4537  XRE family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 203 aa  71.6  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2614  transcriptional regulator  27.95 
 
 		 248 aa  71.2  0.000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.325655  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4268  transcriptional regulator, XRE family  28.07 
 
 		 188 aa  70.9  0.000000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1852  Cro/CI family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 642 aa  70.5  0.00000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4365  XRE family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 197 aa  70.9  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000321232  normal  0.264561 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4967  transcriptional regulator, XRE family  27.27 
 
 		 218 aa  70.5  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.454469  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7005  transcriptional regulator, XRE family  27.59 
 
 		 212 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.89282 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2075  helix-turn-helix domain protein  25.29 
 
 		 196 aa  69.7  0.00000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.241547  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02293  putative transcription regulator protein  32.72 
 
 		 182 aa  70.1  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.40687 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4804  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  29.01 
 
 		 198 aa  69.3  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3180  XRE family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 203 aa  69.7  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0116  XRE family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 205 aa  70.1  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0574196 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5159  XRE family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 203 aa  69.7  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5700  XRE family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 203 aa  69.7  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00441066 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0004  DNA-binding protein  28.4 
 
 		 202 aa  68.9  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3022  XRE family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 208 aa  68.9  0.00000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1957  XRE family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 208 aa  68.6  0.00000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.210401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1555  transcriptional regulator  25.57 
 
 		 181 aa  68.6  0.00000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4454  XRE family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 203 aa  68.2  0.00000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.561636  normal  0.472987 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>