More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_4229 on replicon NC_009430
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009430  Rsph17025_4229  hypothetical protein  100 
 
 
652 aa  1283    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.60873 
 
 
-
 
NC_004310  BR1852  Cro/CI family transcriptional regulator  50 
 
 
642 aa  568  1e-161  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0389  XRE family transcriptional regulator  40.36 
 
 
178 aa  129  2.0000000000000002e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.762812  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0410  XRE family transcriptional regulator  29.18 
 
 
516 aa  107  9e-22  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3063  transcriptional regulator, XRE family  35.59 
 
 
201 aa  103  7e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03313  transcriptional regulator, Cro/CI family protein  31.9 
 
 
175 aa  102  2e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3484  transcriptional regulator, XRE family  34.3 
 
 
200 aa  99.8  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1459  helix-turn-helix domain protein  35.71 
 
 
182 aa  98.6  4e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0678  transcriptional regulator, XRE family  37.35 
 
 
188 aa  97.1  1e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0791  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 
528 aa  96.7  1e-18  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3725  DNA-binding protein  34.88 
 
 
258 aa  94  9e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3184  transcriptional regulator, XRE family  34.71 
 
 
183 aa  93.6  1e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  32.61 
 
 
203 aa  92.4  2e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.699676  decreased coverage  0.000887341 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2487  XRE family transcriptional regulator  34.16 
 
 
189 aa  92  3e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 
224 aa  92.4  3e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0410  putative transcriptional regulator, XRE family  34.34 
 
 
189 aa  91.7  3e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1520  XRE family transcriptional regulator  28.22 
 
 
176 aa  90.1  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0757766  normal  0.0239869 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2054  transcriptional regulator, XRE family  34.36 
 
 
186 aa  88.2  5e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.388224 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1642  XRE family transcriptional regulator  31.52 
 
 
186 aa  87.8  6e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.065261  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15000  predicted transcriptional regulator  33.13 
 
 
184 aa  87.4  7e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.904149  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4285  transcriptional regulator, XRE family  32.92 
 
 
182 aa  86.3  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4437  XRE family transcriptional regulator  32.92 
 
 
182 aa  86.3  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4371  XRE family transcriptional regulator  32.92 
 
 
182 aa  86.3  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4325  XRE family transcriptional regulator  32.92 
 
 
182 aa  86.3  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.735671  normal  0.293625 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4256  transcriptional regulator, XRE family  32.92 
 
 
182 aa  86.3  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.949593  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4971  XRE family transcriptional regulator  32.58 
 
 
203 aa  86.7  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.110875  normal  0.347082 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4079  XRE family transcriptional regulator  34.16 
 
 
182 aa  87  0.000000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3114  XRE family transcriptional regulator  32.58 
 
 
203 aa  86.3  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.935644  normal  0.475898 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0766  helix-turn-helix domain protein  32.37 
 
 
182 aa  86.3  0.000000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.494379  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01392  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.46 
 
 
178 aa  85.5  0.000000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2212  transcriptional regulator, XRE family  30.46 
 
 
178 aa  85.5  0.000000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1613  DNA-binding protein  30.46 
 
 
178 aa  85.5  0.000000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1509  putative DNA-binding protein  32.02 
 
 
202 aa  85.1  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.221821  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2225  XRE family transcriptional regulator  30.46 
 
 
178 aa  85.5  0.000000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.639128 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0004  DNA-binding protein  32.02 
 
 
202 aa  85.5  0.000000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1517  DNA-binding protein  30.46 
 
 
178 aa  85.5  0.000000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01402  hypothetical protein  30.46 
 
 
178 aa  85.5  0.000000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0004  DNA-binding cupin domain-containing protein  32.02 
 
 
202 aa  85.1  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0004  DNA-binding protein  32.02 
 
 
202 aa  85.1  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.278794  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2039  DNA-binding protein  32 
 
 
178 aa  84.7  0.000000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000824446  hitchhiker  5.01479e-19 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0004  DNA-binding protein  32.02 
 
 
202 aa  84.3  0.000000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0005  DNA-binding protein  32.02 
 
 
202 aa  84.3  0.000000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.792058  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1150  DNA-binding protein  32.02 
 
 
202 aa  84.3  0.000000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.129822  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1430  DNA-binding protein  32.02 
 
 
202 aa  84.3  0.000000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1740  DNA-binding protein  29.89 
 
 
178 aa  84.3  0.000000000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000189008  hitchhiker  2.35786e-17 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1453  transcriptional regulator, XRE family  30.91 
 
 
171 aa  84  0.000000000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0073  helix-turn-helix domain-containing protein  35.47 
 
 
210 aa  84  0.000000000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2453  XRE family transcriptional regulator  32.2 
 
 
175 aa  84  0.000000000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.68554  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5322  XRE family transcriptional regulator  32.02 
 
 
203 aa  84  0.000000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.869737  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4544  transcriptional regulator, XRE family  36.49 
 
 
215 aa  84  0.000000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.796901 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4589  transcriptional regulator, XRE family  31.93 
 
 
188 aa  83.6  0.00000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0872  transcriptional regulator  31.87 
 
 
192 aa  83.6  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.62802  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4537  XRE family transcriptional regulator  34.27 
 
 
203 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4032  transcriptional regulator, XRE family  33.12 
 
 
187 aa  82.8  0.00000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.45676  normal  0.0335955 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5159  XRE family transcriptional regulator  32.02 
 
 
203 aa  82.8  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5700  XRE family transcriptional regulator  32.02 
 
 
203 aa  82.8  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00441066 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3180  XRE family transcriptional regulator  31.46 
 
 
203 aa  82  0.00000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0917  transcriptional regulator, XRE family  31.25 
 
 
192 aa  81.6  0.00000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0921  transcriptional regulator, XRE family  31.25 
 
 
260 aa  81.3  0.00000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.746837  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4106  transcriptional regulator, XRE family  32 
 
 
207 aa  80.9  0.00000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0938506  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7277  transcriptional regulator, XRE family  35.19 
 
 
189 aa  80.9  0.00000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5123  hypothetical protein  30.51 
 
 
198 aa  80.5  0.00000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.635702  normal  0.639471 
 
 
-
 
NC_003296  RS02293  putative transcription regulator protein  31.89 
 
 
182 aa  79.3  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.40687 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2770  XRE family transcriptional regulator  33.15 
 
 
192 aa  79.7  0.0000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.169539 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  35.47 
 
 
207 aa  78.6  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1555  transcriptional regulator  27.49 
 
 
181 aa  78.6  0.0000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4268  transcriptional regulator, XRE family  32.92 
 
 
188 aa  77.4  0.0000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4804  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  32.93 
 
 
198 aa  77  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2614  transcriptional regulator  32.5 
 
 
248 aa  77  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.325655  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0772  putative transcriptional regulator, XRE family  35.06 
 
 
199 aa  76.3  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1719  XRE family transcriptional regulator  29.19 
 
 
178 aa  75.5  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.499876  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1556  transcriptional regulator, XRE family  30.56 
 
 
178 aa  75.5  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  30.57 
 
 
191 aa  74.7  0.000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  28.49 
 
 
191 aa  75.1  0.000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000353964  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1737  XRE family transcriptional regulator  29.19 
 
 
185 aa  75.1  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1783  XRE family transcriptional regulator  30.56 
 
 
178 aa  74.7  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0323  XRE family transcriptional regulator  28.49 
 
 
191 aa  74.7  0.000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000737434  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1722  transcriptional regulator, XRE family  30.56 
 
 
185 aa  74.7  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.185673  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3771  transcriptional regulator, XRE family  30.11 
 
 
198 aa  74.3  0.000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.471902  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4848  transcriptional regulator, XRE family  30.11 
 
 
198 aa  74.3  0.000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1982  XRE family transcriptional regulator  28.16 
 
 
175 aa  73.9  0.000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.623481  normal  0.364753 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4365  XRE family transcriptional regulator  28.89 
 
 
197 aa  73.9  0.000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000321232  normal  0.264561 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0327  XRE family transcriptional regulator  30.57 
 
 
191 aa  73.9  0.000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000523898  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01840  transcriptional regulator, XRE family  29.81 
 
 
182 aa  73.2  0.00000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0850  XRE family transcriptional regulator  28 
 
 
182 aa  73.2  0.00000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.406298  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03443  transcriptional regulator, HTH_3 family protein  29.07 
 
 
208 aa  73.2  0.00000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0662  XRE family transcriptional regulator  33.54 
 
 
259 aa  72.8  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0319  XRE family transcriptional regulator  30.3 
 
 
191 aa  72.8  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000379854  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2231  XRE family transcriptional regulator  29.56 
 
 
187 aa  72  0.00000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000245077 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7005  transcriptional regulator, XRE family  28.09 
 
 
212 aa  72.4  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.89282 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4158  XRE family transcriptional regulator  28.65 
 
 
204 aa  71.2  0.00000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4931  transcriptional regulator, XRE family  31.72 
 
 
187 aa  71.2  0.00000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3022  XRE family transcriptional regulator  28.09 
 
 
208 aa  71.2  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3700  XRE family transcriptional regulator  28.74 
 
 
191 aa  71.2  0.00000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000696836  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0424  XRE family transcriptional regulator  29.94 
 
 
188 aa  71.2  0.00000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1096  helix-turn-helix domain-containing protein  29.56 
 
 
182 aa  70.1  0.0000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0332  transcriptional regulator, XRE family  32.76 
 
 
201 aa  69.7  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.865127  normal  0.108372 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2928  DNA-binding protein  25.95 
 
 
185 aa  70.5  0.0000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00384603 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4806  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.83 
 
 
203 aa  70.1  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0324  XRE family transcriptional regulator  28.74 
 
 
191 aa  70.5  0.0000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000421536  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>