More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03313 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_03313  transcriptional regulator, Cro/CI family protein  100 
 
 
175 aa  358  2e-98  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1520  XRE family transcriptional regulator  55.17 
 
 
176 aa  201  4e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0757766  normal  0.0239869 
 
 
-
 
NC_004310  BR1852  Cro/CI family transcriptional regulator  35.58 
 
 
642 aa  113  2.0000000000000002e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4229  hypothetical protein  31.9 
 
 
652 aa  102  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.60873 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0389  XRE family transcriptional regulator  35.37 
 
 
178 aa  103  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.762812  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0410  XRE family transcriptional regulator  35.4 
 
 
516 aa  99  3e-20  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3063  transcriptional regulator, XRE family  34.3 
 
 
201 aa  99  3e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0678  transcriptional regulator, XRE family  33.91 
 
 
188 aa  94.7  6e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0791  XRE family transcriptional regulator  32.93 
 
 
528 aa  94.4  8e-19  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3184  transcriptional regulator, XRE family  31.43 
 
 
183 aa  92  4e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0766  helix-turn-helix domain protein  33.95 
 
 
182 aa  89.7  2e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.494379  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15000  predicted transcriptional regulator  33.33 
 
 
184 aa  89.7  2e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.904149  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2487  XRE family transcriptional regulator  32.62 
 
 
189 aa  89  3e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2453  XRE family transcriptional regulator  31.79 
 
 
175 aa  89  3e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.68554  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2054  transcriptional regulator, XRE family  34.71 
 
 
186 aa  88.6  4e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.388224 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4256  transcriptional regulator, XRE family  33.74 
 
 
182 aa  87  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.949593  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4285  transcriptional regulator, XRE family  33.74 
 
 
182 aa  87  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4325  XRE family transcriptional regulator  33.74 
 
 
182 aa  87  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.735671  normal  0.293625 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4437  XRE family transcriptional regulator  33.74 
 
 
182 aa  87  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4371  XRE family transcriptional regulator  33.74 
 
 
182 aa  87  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  26.49 
 
 
224 aa  85.5  3e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0872  transcriptional regulator  25.95 
 
 
192 aa  85.5  3e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.62802  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0410  putative transcriptional regulator, XRE family  33.78 
 
 
189 aa  85.5  4e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4079  XRE family transcriptional regulator  31.9 
 
 
182 aa  85.1  4e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2928  DNA-binding protein  31.07 
 
 
185 aa  84.7  5e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00384603 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7277  transcriptional regulator, XRE family  32.35 
 
 
189 aa  85.1  5e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4106  transcriptional regulator, XRE family  31.46 
 
 
207 aa  84.7  6e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0938506  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  29.89 
 
 
207 aa  84.7  6e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2239  transcriptional regulator  30.51 
 
 
185 aa  83.6  0.000000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0224117  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2254  XRE family transcriptional regulator  31.07 
 
 
185 aa  83.6  0.000000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0575156  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0917  transcriptional regulator, XRE family  25.95 
 
 
192 aa  82.8  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0921  transcriptional regulator, XRE family  25.97 
 
 
260 aa  83.2  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.746837  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0424  XRE family transcriptional regulator  26.82 
 
 
188 aa  82  0.000000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  25.68 
 
 
191 aa  81.3  0.000000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2197  transcriptional regulator  30.51 
 
 
185 aa  81.3  0.000000000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.26325  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0662  XRE family transcriptional regulator  30.94 
 
 
259 aa  81.3  0.000000000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4032  transcriptional regulator, XRE family  29.41 
 
 
187 aa  81.3  0.000000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.45676  normal  0.0335955 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  25.68 
 
 
191 aa  81.3  0.000000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000353964  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0327  XRE family transcriptional regulator  26.26 
 
 
191 aa  81.3  0.000000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000523898  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2279  DNA-binding protein  29.94 
 
 
185 aa  80.9  0.000000000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.268468  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2448  DNA-binding protein  29.94 
 
 
185 aa  80.9  0.000000000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.191992  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2542  DNA-binding protein  31.82 
 
 
185 aa  80.9  0.000000000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0324  XRE family transcriptional regulator  28.02 
 
 
191 aa  80.9  0.000000000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000421536  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2463  DNA-binding protein  29.94 
 
 
185 aa  80.9  0.000000000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0073  helix-turn-helix domain-containing protein  35.39 
 
 
210 aa  80.9  0.000000000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1453  transcriptional regulator, XRE family  28.83 
 
 
171 aa  80.5  0.00000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3725  DNA-binding protein  31.49 
 
 
258 aa  80.1  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3484  transcriptional regulator, XRE family  29.71 
 
 
200 aa  80.1  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2481  DNA-binding protein  31.07 
 
 
185 aa  79  0.00000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00193646  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2039  DNA-binding protein  27.17 
 
 
178 aa  79  0.00000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000824446  hitchhiker  5.01479e-19 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4931  transcriptional regulator, XRE family  31.32 
 
 
187 aa  79  0.00000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3700  XRE family transcriptional regulator  27.62 
 
 
191 aa  79  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000696836  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4454  XRE family transcriptional regulator  29.38 
 
 
203 aa  78.6  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.561636  normal  0.472987 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4875  HTH-type transcriptional regulator  34 
 
 
214 aa  78.6  0.00000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.256136  normal  0.0946557 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0323  XRE family transcriptional regulator  25.7 
 
 
191 aa  79  0.00000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000737434  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2614  transcriptional regulator  27.32 
 
 
248 aa  78.2  0.00000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.325655  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4938  XRE family transcriptional regulator  32.32 
 
 
206 aa  77.8  0.00000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.839761  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01840  transcriptional regulator, XRE family  29.65 
 
 
182 aa  77.8  0.00000000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1982  XRE family transcriptional regulator  26.95 
 
 
175 aa  77.4  0.00000000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.623481  normal  0.364753 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2075  helix-turn-helix domain protein  27.87 
 
 
196 aa  77.4  0.00000000000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.241547  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1459  helix-turn-helix domain protein  32.92 
 
 
182 aa  77  0.0000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  32.08 
 
 
203 aa  76.6  0.0000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.699676  decreased coverage  0.000887341 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4967  transcriptional regulator, XRE family  29.67 
 
 
218 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.454469  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2231  XRE family transcriptional regulator  28.09 
 
 
187 aa  76.3  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000245077 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4544  transcriptional regulator, XRE family  31.29 
 
 
215 aa  76.3  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.796901 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2770  XRE family transcriptional regulator  28.65 
 
 
192 aa  76.3  0.0000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.169539 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4268  transcriptional regulator, XRE family  31.58 
 
 
188 aa  76.3  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3140  transcriptional regulator, XRE family  32.32 
 
 
206 aa  75.9  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0950  transcriptional regulator, XRE family  29.01 
 
 
205 aa  75.1  0.0000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00163253 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7925  putative transcriptional regulator, XRE family  31.9 
 
 
199 aa  75.1  0.0000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.421089 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4983  transcriptional regulator, XRE family  31.45 
 
 
209 aa  74.7  0.0000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0953387  normal  0.300371 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2484  XRE family transcriptional regulator  27.75 
 
 
187 aa  75.1  0.0000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0499056 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01392  predicted DNA-binding transcriptional regulator  25.58 
 
 
178 aa  74.7  0.0000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2212  transcriptional regulator, XRE family  25.58 
 
 
178 aa  74.7  0.0000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1517  DNA-binding protein  25.58 
 
 
178 aa  74.7  0.0000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2225  XRE family transcriptional regulator  25.58 
 
 
178 aa  74.7  0.0000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.639128 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01402  hypothetical protein  25.58 
 
 
178 aa  74.7  0.0000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1613  DNA-binding protein  25.58 
 
 
178 aa  74.7  0.0000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1740  DNA-binding protein  25.58 
 
 
178 aa  74.3  0.0000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000189008  hitchhiker  2.35786e-17 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0945  transcriptional regulator, XRE family  26.7 
 
 
184 aa  74.3  0.0000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000133489  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0319  XRE family transcriptional regulator  24.31 
 
 
191 aa  74.3  0.0000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000379854  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0850  XRE family transcriptional regulator  29.94 
 
 
182 aa  73.9  0.0000000000009  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.406298  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1096  helix-turn-helix domain-containing protein  29.21 
 
 
182 aa  73.6  0.000000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1211  helix-turn-helix domain-containing protein  25.54 
 
 
200 aa  73.9  0.000000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.924879 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1957  XRE family transcriptional regulator  29.82 
 
 
208 aa  73.2  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.210401  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0622  DNA-binding protein  27.84 
 
 
190 aa  72.4  0.000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.475485  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4589  transcriptional regulator, XRE family  30.06 
 
 
188 aa  72.4  0.000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4613  DNA-binding protein  27.84 
 
 
190 aa  72.4  0.000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1737  XRE family transcriptional regulator  24.71 
 
 
185 aa  72.4  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4933  transcriptional regulator, XRE family  30.82 
 
 
209 aa  72  0.000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.131947  normal  0.360863 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4469  helix-turn-helix domain-containing protein  30.82 
 
 
209 aa  72  0.000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0428  transcriptional regulator, XRE family  32.72 
 
 
197 aa  71.2  0.000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0744  XRE family transcriptional regulator  23.91 
 
 
209 aa  70.9  0.000000000009  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.541206  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1556  transcriptional regulator, XRE family  24.12 
 
 
178 aa  70.9  0.000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1722  transcriptional regulator, XRE family  24.12 
 
 
185 aa  70.5  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.185673  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1783  XRE family transcriptional regulator  24.12 
 
 
178 aa  70.1  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0116  XRE family transcriptional regulator  28.4 
 
 
205 aa  70.1  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0574196 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1579  transcriptional regulator  27.17 
 
 
182 aa  69.3  0.00000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.168139  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  27.22 
 
 
201 aa  69.3  0.00000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4333  XRE family transcriptional regulator  27.27 
 
 
190 aa  69.3  0.00000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>