More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_3184 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_3184  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 
183 aa  365  1e-100  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15000  predicted transcriptional regulator  61.88 
 
 
184 aa  221  6e-57  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.904149  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0678  transcriptional regulator, XRE family  59.67 
 
 
188 aa  212  2.9999999999999995e-54  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2054  transcriptional regulator, XRE family  56.5 
 
 
186 aa  211  4.9999999999999996e-54  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.388224 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1459  helix-turn-helix domain protein  58.19 
 
 
182 aa  201  3e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2487  XRE family transcriptional regulator  55.06 
 
 
189 aa  200  9.999999999999999e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3484  transcriptional regulator, XRE family  52.81 
 
 
200 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3725  DNA-binding protein  55.17 
 
 
258 aa  195  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4544  transcriptional regulator, XRE family  58.13 
 
 
215 aa  193  1e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.796901 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4371  XRE family transcriptional regulator  52.81 
 
 
182 aa  189  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4437  XRE family transcriptional regulator  52.81 
 
 
182 aa  189  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4325  XRE family transcriptional regulator  52.81 
 
 
182 aa  189  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.735671  normal  0.293625 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4256  transcriptional regulator, XRE family  52.81 
 
 
182 aa  189  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.949593  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4285  transcriptional regulator, XRE family  52.81 
 
 
182 aa  189  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4079  XRE family transcriptional regulator  51.69 
 
 
182 aa  183  1.0000000000000001e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3063  transcriptional regulator, XRE family  39.51 
 
 
201 aa  115  5e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4106  transcriptional regulator, XRE family  37.8 
 
 
207 aa  105  3e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0938506  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0410  putative transcriptional regulator, XRE family  36.08 
 
 
189 aa  94.4  9e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4229  hypothetical protein  34.71 
 
 
652 aa  93.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.60873 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  35.67 
 
 
203 aa  93.6  2e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.699676  decreased coverage  0.000887341 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03313  transcriptional regulator, Cro/CI family protein  31.43 
 
 
175 aa  92  4e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2453  XRE family transcriptional regulator  36.26 
 
 
175 aa  91.7  5e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.68554  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2231  XRE family transcriptional regulator  31.68 
 
 
187 aa  89.7  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000245077 
 
 
-
 
NC_004310  BR1852  Cro/CI family transcriptional regulator  33.53 
 
 
642 aa  89.4  3e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1520  XRE family transcriptional regulator  32.56 
 
 
176 aa  88.6  5e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0757766  normal  0.0239869 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0389  XRE family transcriptional regulator  34.48 
 
 
178 aa  87.4  1e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.762812  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7277  transcriptional regulator, XRE family  35.12 
 
 
189 aa  85.5  4e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4875  HTH-type transcriptional regulator  33.11 
 
 
214 aa  84.3  8e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.256136  normal  0.0946557 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0791  XRE family transcriptional regulator  32.18 
 
 
528 aa  83.6  0.000000000000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0073  helix-turn-helix domain-containing protein  30.86 
 
 
210 aa  83.6  0.000000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0662  XRE family transcriptional regulator  28.82 
 
 
259 aa  82.8  0.000000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0872  transcriptional regulator  27.54 
 
 
192 aa  81.6  0.000000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.62802  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1642  XRE family transcriptional regulator  32.24 
 
 
186 aa  79.3  0.00000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.065261  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0917  transcriptional regulator, XRE family  26.22 
 
 
192 aa  79  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  26.83 
 
 
207 aa  79  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0921  transcriptional regulator, XRE family  26.22 
 
 
260 aa  79  0.00000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.746837  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1453  transcriptional regulator, XRE family  30.22 
 
 
171 aa  79  0.00000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  26.88 
 
 
224 aa  78.2  0.00000000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0772  putative transcriptional regulator, XRE family  35.62 
 
 
199 aa  78.2  0.00000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1982  XRE family transcriptional regulator  29.56 
 
 
175 aa  77.8  0.00000000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.623481  normal  0.364753 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0766  helix-turn-helix domain protein  34.1 
 
 
182 aa  77  0.0000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.494379  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01840  transcriptional regulator, XRE family  25.77 
 
 
182 aa  73.9  0.000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2924  XRE family transcriptional regulator  30.63 
 
 
204 aa  73.9  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.705469  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4032  transcriptional regulator, XRE family  36.65 
 
 
187 aa  73.9  0.000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.45676  normal  0.0335955 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4589  transcriptional regulator, XRE family  27.81 
 
 
188 aa  73.2  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2039  DNA-binding protein  27.61 
 
 
178 aa  73.6  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000824446  hitchhiker  5.01479e-19 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4967  transcriptional regulator, XRE family  29.65 
 
 
218 aa  71.2  0.000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.454469  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0950  transcriptional regulator, XRE family  29.3 
 
 
205 aa  70.5  0.00000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00163253 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2928  DNA-binding protein  22.36 
 
 
185 aa  70.1  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00384603 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5123  hypothetical protein  31.87 
 
 
198 aa  68.9  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.635702  normal  0.639471 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01392  predicted DNA-binding transcriptional regulator  26.99 
 
 
178 aa  68.9  0.00000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2212  transcriptional regulator, XRE family  26.99 
 
 
178 aa  68.9  0.00000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01402  hypothetical protein  26.99 
 
 
178 aa  68.9  0.00000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1613  DNA-binding protein  26.99 
 
 
178 aa  68.9  0.00000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1517  DNA-binding protein  26.99 
 
 
178 aa  68.9  0.00000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2225  XRE family transcriptional regulator  26.99 
 
 
178 aa  68.9  0.00000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.639128 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1722  transcriptional regulator, XRE family  27.04 
 
 
185 aa  68.2  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.185673  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4938  XRE family transcriptional regulator  29.82 
 
 
206 aa  68.2  0.00000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.839761  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2254  XRE family transcriptional regulator  22.98 
 
 
185 aa  67.8  0.00000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0575156  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1556  transcriptional regulator, XRE family  27.04 
 
 
178 aa  67.8  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3771  transcriptional regulator, XRE family  31.74 
 
 
198 aa  67.4  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.471902  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4848  transcriptional regulator, XRE family  31.74 
 
 
198 aa  67.4  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4983  transcriptional regulator, XRE family  29.24 
 
 
209 aa  67.4  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0953387  normal  0.300371 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1740  DNA-binding protein  26.38 
 
 
178 aa  67.4  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000189008  hitchhiker  2.35786e-17 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0410  XRE family transcriptional regulator  29.88 
 
 
516 aa  67.4  0.0000000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1719  XRE family transcriptional regulator  27.04 
 
 
178 aa  67  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.499876  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2197  transcriptional regulator  23.08 
 
 
185 aa  66.6  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.26325  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4933  transcriptional regulator, XRE family  29.24 
 
 
209 aa  66.2  0.0000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.131947  normal  0.360863 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4806  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.74 
 
 
203 aa  66.2  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1795  DNA-binding protein  38.64 
 
 
181 aa  66.6  0.0000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0945  transcriptional regulator, XRE family  23.9 
 
 
184 aa  66.2  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000133489  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1737  XRE family transcriptional regulator  26.42 
 
 
185 aa  66.6  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1783  XRE family transcriptional regulator  27.04 
 
 
178 aa  65.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2279  DNA-binding protein  22.49 
 
 
185 aa  66.2  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.268468  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2463  DNA-binding protein  22.49 
 
 
185 aa  66.2  0.0000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2542  DNA-binding protein  21.34 
 
 
185 aa  65.9  0.0000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2448  DNA-binding protein  22.49 
 
 
185 aa  66.2  0.0000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.191992  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4469  helix-turn-helix domain-containing protein  28.22 
 
 
209 aa  66.2  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2239  transcriptional regulator  22.49 
 
 
185 aa  65.5  0.0000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0224117  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1211  helix-turn-helix domain-containing protein  23.35 
 
 
200 aa  65.5  0.0000000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.924879 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2770  XRE family transcriptional regulator  29.19 
 
 
192 aa  65.1  0.0000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.169539 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1579  transcriptional regulator  24.54 
 
 
182 aa  65.5  0.0000000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.168139  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0744  XRE family transcriptional regulator  23.95 
 
 
209 aa  65.1  0.0000000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.541206  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0622  DNA-binding protein  27.45 
 
 
190 aa  65.1  0.0000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.475485  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  26.86 
 
 
191 aa  65.1  0.0000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  37.5 
 
 
181 aa  64.7  0.0000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
181 aa  64.7  0.0000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
181 aa  64.7  0.0000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  37.5 
 
 
181 aa  64.7  0.0000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3546  DNA-binding protein  37.5 
 
 
181 aa  64.7  0.0000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  37.5 
 
 
181 aa  64.7  0.0000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0850  XRE family transcriptional regulator  26.06 
 
 
182 aa  64.7  0.0000000007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.406298  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1957  XRE family transcriptional regulator  28.07 
 
 
208 aa  64.7  0.0000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.210401  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3700  XRE family transcriptional regulator  26.06 
 
 
191 aa  64.3  0.0000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000696836  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0116  XRE family transcriptional regulator  28.12 
 
 
205 aa  63.5  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0574196 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  37.5 
 
 
181 aa  63.9  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  27.37 
 
 
191 aa  63.5  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000353964  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  37.5 
 
 
181 aa  63.9  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1649  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 
181 aa  63.9  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.176921  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4613  DNA-binding protein  26.8 
 
 
190 aa  63.9  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>