More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Snas_4106 on replicon NC_013947
Organism: Stackebrandtia nassauensis DSM 44728



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013947  Snas_4106  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 
207 aa  414  9.999999999999999e-116  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0938506  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0073  helix-turn-helix domain-containing protein  46.07 
 
 
210 aa  158  6e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4079  XRE family transcriptional regulator  40.46 
 
 
182 aa  123  2e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0678  transcriptional regulator, XRE family  40.57 
 
 
188 aa  117  9.999999999999999e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4371  XRE family transcriptional regulator  38.73 
 
 
182 aa  116  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4256  transcriptional regulator, XRE family  38.73 
 
 
182 aa  116  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.949593  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4437  XRE family transcriptional regulator  38.73 
 
 
182 aa  116  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4325  XRE family transcriptional regulator  38.73 
 
 
182 aa  116  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.735671  normal  0.293625 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4285  transcriptional regulator, XRE family  38.73 
 
 
182 aa  116  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3063  transcriptional regulator, XRE family  38.2 
 
 
201 aa  114  7.999999999999999e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2487  XRE family transcriptional regulator  38.15 
 
 
189 aa  112  4.0000000000000004e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1459  helix-turn-helix domain protein  39.08 
 
 
182 aa  111  8.000000000000001e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15000  predicted transcriptional regulator  40.91 
 
 
184 aa  110  2.0000000000000002e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.904149  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0389  XRE family transcriptional regulator  39.66 
 
 
178 aa  109  3e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.762812  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3484  transcriptional regulator, XRE family  36.42 
 
 
200 aa  109  3e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3725  DNA-binding protein  38.51 
 
 
258 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4544  transcriptional regulator, XRE family  39.55 
 
 
215 aa  105  3e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.796901 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3184  transcriptional regulator, XRE family  37.8 
 
 
183 aa  105  4e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7277  transcriptional regulator, XRE family  38.42 
 
 
189 aa  104  1e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2054  transcriptional regulator, XRE family  37.36 
 
 
186 aa  102  4e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.388224 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0872  transcriptional regulator  35.06 
 
 
192 aa  99  5e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.62802  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0410  putative transcriptional regulator, XRE family  36.42 
 
 
189 aa  98.6  6e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0921  transcriptional regulator, XRE family  33.91 
 
 
260 aa  93.6  2e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.746837  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0917  transcriptional regulator, XRE family  33.91 
 
 
192 aa  93.2  2e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  33.9 
 
 
224 aa  92.8  3e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0744  XRE family transcriptional regulator  30.65 
 
 
209 aa  90.1  2e-17  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.541206  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1211  helix-turn-helix domain-containing protein  29.95 
 
 
200 aa  88.6  6e-17  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.924879 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0766  helix-turn-helix domain protein  36.16 
 
 
182 aa  88.6  7e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.494379  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  35.11 
 
 
203 aa  88.2  7e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.699676  decreased coverage  0.000887341 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1579  transcriptional regulator  32.4 
 
 
182 aa  85.9  4e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.168139  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1852  Cro/CI family transcriptional regulator  31.61 
 
 
642 aa  85.5  5e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4032  transcriptional regulator, XRE family  33.51 
 
 
187 aa  85.1  6e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.45676  normal  0.0335955 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2197  transcriptional regulator  29.28 
 
 
185 aa  85.1  7e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.26325  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2770  XRE family transcriptional regulator  30.98 
 
 
192 aa  85.1  7e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.169539 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2542  DNA-binding protein  29.35 
 
 
185 aa  84.7  8e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03313  transcriptional regulator, Cro/CI family protein  31.46 
 
 
175 aa  84.7  8e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2279  DNA-binding protein  28.73 
 
 
185 aa  84.7  9e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.268468  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2448  DNA-binding protein  28.73 
 
 
185 aa  84.7  9e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.191992  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2463  DNA-binding protein  28.73 
 
 
185 aa  84.7  9e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0791  XRE family transcriptional regulator  32.97 
 
 
528 aa  83.6  0.000000000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2254  XRE family transcriptional regulator  29.89 
 
 
185 aa  83.6  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0575156  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1453  transcriptional regulator, XRE family  30.86 
 
 
171 aa  84  0.000000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2239  transcriptional regulator  28.18 
 
 
185 aa  82  0.000000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0224117  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2453  XRE family transcriptional regulator  33.52 
 
 
175 aa  82  0.000000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.68554  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1520  XRE family transcriptional regulator  31.43 
 
 
176 aa  81.6  0.000000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0757766  normal  0.0239869 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2928  DNA-binding protein  28.26 
 
 
185 aa  80.9  0.00000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00384603 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4229  hypothetical protein  32 
 
 
652 aa  80.9  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.60873 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1096  helix-turn-helix domain-containing protein  32.77 
 
 
182 aa  81.3  0.00000000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0410  XRE family transcriptional regulator  31.03 
 
 
516 aa  81.3  0.00000000000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0850  XRE family transcriptional regulator  31.28 
 
 
182 aa  80.5  0.00000000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.406298  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0662  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 
259 aa  80.5  0.00000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1021  transcriptional regulator, XRE family  34.05 
 
 
191 aa  79.7  0.00000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.438557  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34730  XRE family transcriptional regulator  33.15 
 
 
193 aa  78.6  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0210921  normal  0.262574 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2346  transcriptional regulator  33.71 
 
 
215 aa  78.2  0.00000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3771  transcriptional regulator, XRE family  30.98 
 
 
198 aa  77.8  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.471902  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4848  transcriptional regulator, XRE family  30.98 
 
 
198 aa  77.8  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2481  DNA-binding protein  28.42 
 
 
185 aa  76.6  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00193646  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4875  HTH-type transcriptional regulator  32.65 
 
 
214 aa  77  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.256136  normal  0.0946557 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1109  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 
183 aa  75.5  0.0000000000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2948  transcriptional regulator, XRE family  31.75 
 
 
225 aa  75.1  0.0000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0211039  hitchhiker  0.000112709 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  31.4 
 
 
207 aa  75.1  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4806  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.65 
 
 
203 aa  74.7  0.0000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2231  XRE family transcriptional regulator  30.72 
 
 
187 aa  72.8  0.000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000245077 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3086  transcriptional regulator, putative  31.84 
 
 
212 aa  72  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0196484  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4931  transcriptional regulator, XRE family  32.52 
 
 
187 aa  71.2  0.000000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3140  transcriptional regulator, XRE family  30.73 
 
 
206 aa  71.2  0.000000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01840  transcriptional regulator, XRE family  26.7 
 
 
182 aa  69.3  0.00000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3469  DNA-binding protein  32.3 
 
 
189 aa  69.3  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.162788  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2232  Cro/CI family transcriptional regulator  30.91 
 
 
177 aa  68.6  0.00000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2039  DNA-binding protein  27.54 
 
 
178 aa  68.6  0.00000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000824446  hitchhiker  5.01479e-19 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4537  XRE family transcriptional regulator  29.3 
 
 
203 aa  68.6  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5159  XRE family transcriptional regulator  29.3 
 
 
203 aa  68.2  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5700  XRE family transcriptional regulator  29.3 
 
 
203 aa  68.2  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00441066 
 
 
-
 
NC_003296  RS02293  putative transcription regulator protein  30.17 
 
 
182 aa  67.4  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.40687 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3022  XRE family transcriptional regulator  29.65 
 
 
208 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3508  XRE family transcriptional regulator  30.91 
 
 
187 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0510026 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4666  transcriptional regulator, XRE family  29.94 
 
 
197 aa  67  0.0000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.223091  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3250  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  29.81 
 
 
189 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.653673  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2075  helix-turn-helix domain protein  28.83 
 
 
196 aa  67.4  0.0000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.241547  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  30.77 
 
 
232 aa  66.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4365  XRE family transcriptional regulator  27.13 
 
 
197 aa  67.4  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000321232  normal  0.264561 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2210  transcriptional regulator, XRE family  31.11 
 
 
195 aa  67  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.949814  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0945  transcriptional regulator, XRE family  26.99 
 
 
184 aa  66.2  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000133489  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  28.74 
 
 
191 aa  66.2  0.0000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  28.74 
 
 
191 aa  65.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000353964  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7005  transcriptional regulator, XRE family  29.65 
 
 
212 aa  65.9  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.89282 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2614  transcriptional regulator  31.01 
 
 
248 aa  65.9  0.0000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.325655  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16550  predicted transcriptional regulator  33.53 
 
 
204 aa  65.5  0.0000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.45133 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0327  XRE family transcriptional regulator  28.74 
 
 
191 aa  65.9  0.0000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000523898  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1957  XRE family transcriptional regulator  28 
 
 
208 aa  65.5  0.0000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.210401  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3050  transcriptional regulator, XRE family  32.5 
 
 
195 aa  65.1  0.0000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0215158  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0622  DNA-binding protein  27.59 
 
 
190 aa  65.1  0.0000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.475485  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4613  DNA-binding protein  27.59 
 
 
190 aa  65.1  0.0000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3529  XRE family transcriptional regulator  28.48 
 
 
200 aa  64.7  0.0000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.295271 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  27.27 
 
 
198 aa  64.7  0.0000000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0323  XRE family transcriptional regulator  28.74 
 
 
191 aa  64.7  0.0000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000737434  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1555  transcriptional regulator  26.78 
 
 
181 aa  64.7  0.0000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3180  XRE family transcriptional regulator  28.66 
 
 
203 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1855  XRE family transcriptional regulator  29.09 
 
 
177 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.21785 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5954  transcriptional regulator, XRE family  32.18 
 
 
187 aa  64.3  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>