More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_16550 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_16550  predicted transcriptional regulator  100 
 
 
204 aa  403  1e-111  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.45133 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
189 aa  96.7  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2294  XRE family transcriptional regulator  36.05 
 
 
211 aa  95.5  5e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.328361 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0641  XRE family transcriptional regulator  36.05 
 
 
211 aa  95.5  5e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  30.5 
 
 
199 aa  94.4  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  30.39 
 
 
178 aa  93.2  2e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  29.69 
 
 
201 aa  92.8  3e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  30.81 
 
 
199 aa  91.7  6e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  30.73 
 
 
199 aa  91.3  9e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  37.85 
 
 
197 aa  90.1  2e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1457  transcriptional regulator  30.39 
 
 
188 aa  88.6  5e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.96188e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  31.91 
 
 
193 aa  87  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  32.45 
 
 
193 aa  87  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  32.98 
 
 
192 aa  86.7  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  34.21 
 
 
191 aa  87  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  32.98 
 
 
192 aa  86.7  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  34.21 
 
 
191 aa  87  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  34.21 
 
 
191 aa  87  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  32.98 
 
 
192 aa  86.7  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  30.69 
 
 
192 aa  86.3  3e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4439  transcriptional regulator, XRE family  32.4 
 
 
190 aa  86.3  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957299  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  31.84 
 
 
190 aa  85.9  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  33.33 
 
 
236 aa  85.5  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  33.68 
 
 
191 aa  85.9  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  32.98 
 
 
192 aa  85.9  4e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  33.33 
 
 
236 aa  85.9  4e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  32.98 
 
 
192 aa  85.9  4e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  33.33 
 
 
179 aa  85.5  5e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  33.33 
 
 
179 aa  85.5  5e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  33.33 
 
 
179 aa  85.5  5e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  33.33 
 
 
179 aa  85.5  5e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  33.33 
 
 
179 aa  85.5  5e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  33.33 
 
 
179 aa  85.5  5e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3867  XRE family transcriptional regulator  31.89 
 
 
201 aa  83.6  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2046  XRE family transcriptional regulator  33.15 
 
 
205 aa  83.6  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.298774  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0772  transcriptional regulator  37.79 
 
 
204 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.855503 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  32.69 
 
 
212 aa  82.8  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1046  XRE family transcriptional regulator  31.25 
 
 
186 aa  83.2  0.000000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0791  transcriptional regulator, XRE family  29.34 
 
 
213 aa  82.4  0.000000000000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  7.49267e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  27.96 
 
 
199 aa  82  0.000000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  27.96 
 
 
199 aa  81.6  0.000000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  27.96 
 
 
199 aa  81.6  0.000000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  32.6 
 
 
201 aa  81.6  0.000000000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  30.51 
 
 
204 aa  80.5  0.00000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  29.35 
 
 
182 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2836  DNA-binding protein  28.57 
 
 
184 aa  79.3  0.00000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000716748  hitchhiker  0.00000000374058 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2995  transcriptional regulator  29.79 
 
 
191 aa  78.6  0.00000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0735878  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1649  XRE family transcriptional regulator  28.33 
 
 
181 aa  78.2  0.00000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.176921  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  30.85 
 
 
191 aa  78.2  0.00000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1795  DNA-binding protein  28.33 
 
 
181 aa  78.2  0.00000000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3546  DNA-binding protein  27.78 
 
 
181 aa  77.4  0.0000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  27.78 
 
 
181 aa  76.6  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  28.65 
 
 
191 aa  77  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  27.78 
 
 
181 aa  77  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  27.78 
 
 
181 aa  77  0.0000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  28.26 
 
 
182 aa  77  0.0000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  27.78 
 
 
181 aa  77  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  27.78 
 
 
181 aa  76.6  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  27.78 
 
 
181 aa  76.6  0.0000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0323  XRE family transcriptional regulator  28.65 
 
 
191 aa  76.3  0.0000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000737434  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1035  transcriptional regulator, XRE family  26.6 
 
 
179 aa  76.3  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000017846  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  27.22 
 
 
181 aa  75.5  0.0000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0274  transcriptional regulator, XRE family  32.43 
 
 
205 aa  75.5  0.0000000000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.64998  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1058  XRE family transcriptional regulator  27.72 
 
 
184 aa  75.1  0.0000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4806  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.9 
 
 
203 aa  75.1  0.0000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0327  XRE family transcriptional regulator  28.11 
 
 
191 aa  75.1  0.0000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000523898  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3484  transcriptional regulator, XRE family  32.53 
 
 
200 aa  75.1  0.0000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  28.11 
 
 
191 aa  75.1  0.0000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000353964  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5123  hypothetical protein  33.54 
 
 
198 aa  73.9  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.635702  normal  0.639471 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5143  putative transcriptional regulator, XRE family  33.53 
 
 
192 aa  74.3  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0117731  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0965  transcriptional regulator, XRE family  28.79 
 
 
191 aa  73.6  0.000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2038  transcriptional regulator  31.58 
 
 
230 aa  73.2  0.000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.547476  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1721  XRE family transcriptional regulator  31.11 
 
 
201 aa  73.6  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0424  XRE family transcriptional regulator  28.11 
 
 
188 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1441  XRE family transcriptional regulator  31.73 
 
 
227 aa  73.2  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0636175 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2951  DNA-binding protein  27.17 
 
 
186 aa  73.2  0.000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000726653  hitchhiker  0.00000000446905 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0715  transcriptional regulator, XRE family  29.67 
 
 
187 aa  72.8  0.000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.39864  normal  0.0327391 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2578  transcriptional regulator, XRE family  32.75 
 
 
182 aa  72.4  0.000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5931  transcriptional regulator, XRE family  32.74 
 
 
190 aa  72.8  0.000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4917  XRE family transcriptional regulator  30.11 
 
 
184 aa  72.4  0.000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1027  XRE family transcriptional regulator  33.16 
 
 
223 aa  72.4  0.000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.944907 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0847  XRE family transcriptional regulator  26.56 
 
 
191 aa  72  0.000000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2487  XRE family transcriptional regulator  31.55 
 
 
189 aa  71.6  0.000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  28.26 
 
 
208 aa  71.6  0.000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  28.26 
 
 
208 aa  71.6  0.000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  28.26 
 
 
208 aa  71.6  0.000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8704  transcriptional regulator, XRE family  31.18 
 
 
223 aa  71.6  0.000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.264618 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  28.26 
 
 
182 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2170  MerR family transcriptional regulator  27.17 
 
 
186 aa  71.2  0.00000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.22299  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4027  transcriptional regulator, MerR family  35.12 
 
 
269 aa  71.2  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04340  predicted transcriptional regulator  34.95 
 
 
189 aa  70.9  0.00000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2380  DNA-binding protein  26.63 
 
 
186 aa  70.9  0.00000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.801132  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2250  DNA-binding protein  27.17 
 
 
186 aa  70.1  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4841  cupin 2 domain-containing protein  27.6 
 
 
202 aa  70.1  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2414  DNA-binding protein  27.17 
 
 
186 aa  70.1  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3725  DNA-binding protein  34.12 
 
 
258 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2198  transcriptional regulator, XRE family  33.13 
 
 
201 aa  70.1  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.351873  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1265  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
203 aa  70.5  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.509144  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2432  DNA-binding protein  27.17 
 
 
186 aa  70.1  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.164998 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4983  transcriptional regulator, XRE family  30.25 
 
 
209 aa  70.1  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0953387  normal  0.300371 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>