More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3250 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_3250  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  100 
 
 		 189 aa  388  1e-107  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.653673  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3469  DNA-binding protein  91.53 
 
 		 189 aa  355  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.162788  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3308  transcriptional regulator  73.54 
 
 		 187 aa  280  1e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.38656  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3441  XRE family transcriptional regulator  64.55 
 
 		 187 aa  236  2e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.404086 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3508  XRE family transcriptional regulator  64.55 
 
 		 187 aa  230  1e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0510026 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1855  XRE family transcriptional regulator  66.48 
 
 		 177 aa  225  4e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.21785 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2232  Cro/CI family transcriptional regulator  64.8 
 
 		 177 aa  217  8.999999999999998e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0197  XRE family transcriptional regulator  55.32 
 
 		 190 aa  196  2.0000000000000003e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0555347  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46710  putative transcriptional regulator  57.92 
 
 		 216 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0037508  decreased coverage  0.000000167672 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4024  putative transcriptional regulator  57.38 
 
 		 195 aa  192  2e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.181748  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1816  XRE family transcriptional regulator  49.72 
 
 		 191 aa  171  5e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00473491  hitchhiker  0.000617218 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3188  XRE family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 189 aa  127  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.549125 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2770  XRE family transcriptional regulator  38.15 
 
 		 192 aa  102  2e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.169539 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4931  transcriptional regulator, XRE family  37.08 
 
 		 187 aa  93.6  2e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04780  putative transcription regulator protein  35.59 
 
 		 205 aa  91.3  7e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05657  putative DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  35.59 
 
 		 205 aa  91.3  7e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5072  transcriptional regulator, XRE family  35.36 
 
 		 207 aa  87.4  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5123  hypothetical protein  36.09 
 
 		 198 aa  82.4  0.000000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.635702  normal  0.639471 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3529  XRE family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 200 aa  80.9  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.295271 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1787  Cro/CI family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 200 aa  80.5  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0263563  normal  0.220225 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1849  Cro/CI family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 200 aa  79.7  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.646761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1789  transcriptional regulator, Cro/CI family  31.07 
 
 		 200 aa  79.7  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.225 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1668  Cro/CI family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 200 aa  79.7  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.118403 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1487  transcriptional regulator, Cro/CI family  31.07 
 
 		 200 aa  79.3  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.335106  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2346  transcriptional regulator  30.39 
 
 		 215 aa  77.4  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0921  transcriptional regulator, XRE family  32.75 
 
 		 260 aa  73.6  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.746837  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0389  XRE family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 178 aa  73.6  0.000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.762812  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0917  transcriptional regulator, XRE family  32.75 
 
 		 192 aa  73.2  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0872  transcriptional regulator  32.75 
 
 		 192 aa  72.4  0.000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.62802  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4589  transcriptional regulator, XRE family  29.65 
 
 		 188 aa  71.6  0.000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05910  predicted transcriptional regulator  34.3 
 
 		 190 aa  70.9  0.00000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.848221  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4631  DNA-binding protein  28 
 
 		 190 aa  69.7  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4400  DNA-binding protein  28 
 
 		 190 aa  69.7  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4240  DNA-binding protein  28 
 
 		 190 aa  69.7  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4252  DNA-binding protein  28 
 
 		 190 aa  69.7  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4633  DNA-binding protein  28 
 
 		 190 aa  69.7  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4740  DNA-binding protein  28 
 
 		 190 aa  69.7  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4617  DNA-binding protein  28 
 
 		 190 aa  69.7  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4333  XRE family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 190 aa  70.1  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0850  XRE family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 182 aa  69.7  0.00000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.406298  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3942  transcriptional regulator, XRE family  34.64 
 
 		 197 aa  69.3  0.00000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.534044  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2484  XRE family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 187 aa  69.3  0.00000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0499056 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01840  transcriptional regulator, XRE family  29.24 
 
 		 182 aa  68.9  0.00000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34730  XRE family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 193 aa  68.6  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0210921  normal  0.262574 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1579  transcriptional regulator  29.31 
 
 		 182 aa  68.6  0.00000000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.168139  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4268  transcriptional regulator, XRE family  31.4 
 
 		 188 aa  68.2  0.00000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3063  transcriptional regulator, XRE family  30.49 
 
 		 201 aa  68.2  0.00000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4106  transcriptional regulator, XRE family  29.81 
 
 		 207 aa  67.4  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0938506  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3086  transcriptional regulator, putative  29.41 
 
 		 212 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0196484  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4079  XRE family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 182 aa  67.8  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0950  transcriptional regulator, XRE family  25.41 
 
 		 205 aa  67.8  0.0000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00163253 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4613  DNA-binding protein  27.43 
 
 		 190 aa  67  0.0000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1109  XRE family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 183 aa  66.2  0.0000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 224 aa  65.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0622  DNA-binding protein  26.86 
 
 		 190 aa  66.2  0.0000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.475485  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  33.14 
 
 		 207 aa  66.2  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0099  transcriptional regulator, XRE family  31.32 
 
 		 194 aa  65.9  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798061 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1096  helix-turn-helix domain-containing protein  28.24 
 
 		 182 aa  65.9  0.0000000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4537  XRE family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 203 aa  65.5  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0632  DNA-binding protein  24.42 
 
 		 181 aa  64.7  0.0000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.404047  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5159  XRE family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 203 aa  64.7  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5700  XRE family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 203 aa  64.7  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00441066 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1719  XRE family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 178 aa  64.3  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.499876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03443  transcriptional regulator, HTH_3 family protein  29.26 
 
 		 208 aa  64.3  0.0000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3484  transcriptional regulator, XRE family  32.48 
 
 		 200 aa  64.3  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0678  transcriptional regulator, XRE family  28.74 
 
 		 188 aa  63.5  0.000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6084  XRE family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 234 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.207069 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2279  DNA-binding protein  26.83 
 
 		 185 aa  63.5  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.268468  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2197  transcriptional regulator  25.77 
 
 		 185 aa  63.5  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.26325  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2448  DNA-binding protein  26.83 
 
 		 185 aa  63.5  0.000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.191992  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0332  transcriptional regulator, XRE family  31.76 
 
 		 201 aa  63.5  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.865127  normal  0.108372 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1064  transciptional regulator  25 
 
 		 195 aa  63.2  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2463  DNA-binding protein  26.83 
 
 		 185 aa  63.5  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3180  XRE family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 203 aa  62.8  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2231  XRE family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 187 aa  62.8  0.000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000245077 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2239  transcriptional regulator  26.83 
 
 		 185 aa  62.4  0.000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0224117  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2542  DNA-binding protein  25.77 
 
 		 185 aa  62.4  0.000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4320  XRE family transcriptional regulator  22.67 
 
 		 181 aa  62.4  0.000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.810122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0116  XRE family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 205 aa  62.4  0.000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0574196 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4983  transcriptional regulator, XRE family  27.47 
 
 		 209 aa  62  0.000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0953387  normal  0.300371 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1211  helix-turn-helix domain-containing protein  28.48 
 
 		 200 aa  62  0.000000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.924879 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3586  XRE family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 207 aa  61.6  0.000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.101767 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4938  XRE family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 206 aa  61.6  0.000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.839761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0662  XRE family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 259 aa  61.6  0.000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2614  transcriptional regulator  31.74 
 
 		 248 aa  61.2  0.000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.325655  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2038  transcriptional regulator  27.57 
 
 		 230 aa  61.2  0.00000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.547476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0379  transcriptional regulator  22.49 
 
 		 184 aa  60.8  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.808324 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3551  transcriptional regulator, XRE family  28.74 
 
 		 196 aa  60.5  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2254  XRE family transcriptional regulator  24.56 
 
 		 185 aa  60.8  0.00000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0575156  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  29.76 
 
 		 211 aa  60.8  0.00000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  28.8 
 
 		 201 aa  60.8  0.00000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0945  transcriptional regulator, XRE family  26.06 
 
 		 184 aa  60.1  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000133489  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  28.04 
 
 		 212 aa  59.7  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4967  transcriptional regulator, XRE family  27.47 
 
 		 218 aa  60.5  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.454469  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3114  XRE family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 203 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.935644  normal  0.475898 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2487  XRE family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 189 aa  60.5  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4325  XRE family transcriptional regulator  24.69 
 
 		 182 aa  59.7  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.735671  normal  0.293625 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0424  XRE family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 188 aa  59.7  0.00000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4371  XRE family transcriptional regulator  24.69 
 
 		 182 aa  59.7  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0319  XRE family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 191 aa  59.3  0.00000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000379854  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>