More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_3942 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_3942  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 197 aa  381  1e-105  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.534044  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05910  predicted transcriptional regulator  52.69 
 
 		 190 aa  147  1.0000000000000001e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.848221  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3529  XRE family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 200 aa  77.4  0.0000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.295271 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3308  transcriptional regulator  35.2 
 
 		 187 aa  75.1  0.0000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.38656  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5072  transcriptional regulator, XRE family  31.49 
 
 		 207 aa  73.9  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2770  XRE family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 192 aa  73.2  0.000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.169539 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2232  Cro/CI family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 177 aa  72.4  0.000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3250  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  34.64 
 
 		 189 aa  72.4  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.653673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3508  XRE family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 187 aa  72.4  0.000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0510026 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0197  XRE family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 190 aa  72  0.000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0555347  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 224 aa  71.6  0.000000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3469  DNA-binding protein  37.09 
 
 		 189 aa  70.9  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.162788  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1855  XRE family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 177 aa  70.5  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.21785 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2254  XRE family transcriptional regulator  24.28 
 
 		 185 aa  69.3  0.00000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0575156  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3441  XRE family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 187 aa  68.6  0.00000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.404086 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2197  transcriptional regulator  22.54 
 
 		 185 aa  67.8  0.00000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.26325  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1816  XRE family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 191 aa  68.2  0.00000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00473491  hitchhiker  0.000617218 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2279  DNA-binding protein  22.54 
 
 		 185 aa  67.8  0.0000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.268468  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2448  DNA-binding protein  22.54 
 
 		 185 aa  67.8  0.0000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.191992  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2542  DNA-binding protein  23.12 
 
 		 185 aa  67.8  0.0000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2463  DNA-binding protein  22.54 
 
 		 185 aa  67.8  0.0000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2481  DNA-binding protein  22.54 
 
 		 185 aa  65.5  0.0000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00193646  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2239  transcriptional regulator  21.97 
 
 		 185 aa  65.1  0.0000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0224117  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0850  XRE family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 182 aa  62.8  0.000000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.406298  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2928  DNA-binding protein  22.54 
 
 		 185 aa  62.4  0.000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384603 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4024  putative transcriptional regulator  35.03 
 
 		 195 aa  62  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.181748  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46710  putative transcriptional regulator  35.03 
 
 		 216 aa  61.6  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0037508  decreased coverage  0.000000167672 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0872  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 192 aa  60.8  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.62802  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0410  XRE family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 516 aa  61.2  0.00000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1579  transcriptional regulator  25.6 
 
 		 182 aa  60.1  0.00000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.168139  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04780  putative transcription regulator protein  31.16 
 
 		 205 aa  59.7  0.00000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05657  putative DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  31.16 
 
 		 205 aa  59.7  0.00000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1096  helix-turn-helix domain-containing protein  25.9 
 
 		 182 aa  58.5  0.00000007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2039  transcriptional regulator, XRE family  40.82 
 
 		 187 aa  58.2  0.00000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.558818 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2075  helix-turn-helix domain protein  48.33 
 
 		 196 aa  58.2  0.00000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.241547  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0921  transcriptional regulator, XRE family  32.64 
 
 		 260 aa  58.2  0.00000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.746837  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0917  transcriptional regulator, XRE family  32.64 
 
 		 192 aa  57.8  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2614  transcriptional regulator  46.88 
 
 		 248 aa  57.4  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.325655  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 199 aa  57.4  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3471  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 197 aa  56.6  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2836  DNA-binding protein  30.53 
 
 		 184 aa  57  0.0000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000716748  hitchhiker  0.00000000374058 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4931  transcriptional regulator, XRE family  32.57 
 
 		 187 aa  57  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1787  Cro/CI family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 200 aa  57  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0263563  normal  0.220225 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  40.35 
 
 		 201 aa  57  0.0000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3469  XRE family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 197 aa  57  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4522  transcriptional regulator, XRE family  37.08 
 
 		 188 aa  56.6  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0681879  normal  0.0291061 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1668  Cro/CI family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 200 aa  56.2  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.118403 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  31.54 
 
 		 207 aa  56.2  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1555  transcriptional regulator  28.65 
 
 		 181 aa  56.2  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1789  transcriptional regulator, Cro/CI family  27.01 
 
 		 200 aa  56.2  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.225 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1849  Cro/CI family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 200 aa  56.2  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.646761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1487  transcriptional regulator, Cro/CI family  27.01 
 
 		 200 aa  55.8  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.335106  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0662  XRE family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 259 aa  55.8  0.0000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1109  XRE family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 183 aa  55.8  0.0000004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 220 aa  55.1  0.0000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2228  XRE family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 197 aa  54.7  0.0000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.386344  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2246  XRE family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 197 aa  54.7  0.0000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0099  transcriptional regulator, XRE family  47.46 
 
 		 194 aa  54.7  0.0000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798061 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 191 aa  54.7  0.0000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 191 aa  54.7  0.0000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 191 aa  54.7  0.0000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2038  transcriptional regulator  44.07 
 
 		 230 aa  54.3  0.000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.547476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4806  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.12 
 
 		 203 aa  54.3  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0115  transcriptional regulatory protein  37.37 
 
 		 194 aa  54.3  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4469  helix-turn-helix domain-containing protein  30.64 
 
 		 209 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3174  DNA-binding protein  35.48 
 
 		 195 aa  53.5  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.9176  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1881  DNA-binding protein  35.48 
 
 		 195 aa  53.5  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4106  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 207 aa  53.9  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0938506  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4967  transcriptional regulator, XRE family  33.79 
 
 		 218 aa  53.9  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.454469  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2019  DNA-binding protein  35.48 
 
 		 195 aa  53.5  0.000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.649802  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2272  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  29.17 
 
 		 201 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.306888  normal  0.104106 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3191  DNA-binding protein  35.48 
 
 		 195 aa  53.5  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.479355  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5123  hypothetical protein  28.65 
 
 		 198 aa  53.1  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.635702  normal  0.639471 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4983  transcriptional regulator, XRE family  30.64 
 
 		 209 aa  53.1  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0953387  normal  0.300371 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4933  transcriptional regulator, XRE family  30.64 
 
 		 209 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.131947  normal  0.360863 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3551  transcriptional regulator, XRE family  46.77 
 
 		 196 aa  53.9  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0895  DNA-binding protein  35.48 
 
 		 195 aa  53.5  0.000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.955987  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16550  predicted transcriptional regulator  45.31 
 
 		 204 aa  53.9  0.000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.45133 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4938  XRE family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 206 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.839761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0791  XRE family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 528 aa  53.9  0.000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1957  XRE family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 208 aa  52.8  0.000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.210401  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 191 aa  52.8  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4454  XRE family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 203 aa  53.1  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.561636  normal  0.472987 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3137  DNA-binding protein  37.08 
 
 		 195 aa  52.8  0.000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34730  XRE family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 193 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0210921  normal  0.262574 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2581  DNA-binding protein  28.47 
 
 		 209 aa  52.4  0.000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.449808  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  40.24 
 
 		 189 aa  52.4  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  39.39 
 
 		 212 aa  52.4  0.000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4870  XRE family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 211 aa  52.4  0.000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.523431 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6084  XRE family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 234 aa  52.4  0.000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.207069 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0284  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 101 aa  52  0.000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.214235  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4589  transcriptional regulator, XRE family  29.41 
 
 		 188 aa  51.6  0.000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4180  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 199 aa  52  0.000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  26.67 
 
 		 181 aa  52  0.000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3188  XRE family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 189 aa  51.6  0.000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.549125 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2559  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 71 aa  51.6  0.000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1265  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 203 aa  51.6  0.000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.509144  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  27.11 
 
 		 227 aa  51.6  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3063  transcriptional regulator, XRE family  34.19 
 
 		 201 aa  51.6  0.000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1428  DNA-binding protein  36.67 
 
 		 192 aa  51.6  0.000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>