More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0379 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0379  transcriptional regulator  100 
 
 		 184 aa  384  1e-106  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.808324 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1064  transciptional regulator  57.84 
 
 		 195 aa  214  7e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 224 aa  82.4  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2075  helix-turn-helix domain protein  31.1 
 
 		 196 aa  82.8  0.000000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.241547  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2254  XRE family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 185 aa  82.4  0.000000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0575156  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2197  transcriptional regulator  26.44 
 
 		 185 aa  81.6  0.000000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.26325  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2463  DNA-binding protein  25.86 
 
 		 185 aa  81.3  0.000000000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2279  DNA-binding protein  25.86 
 
 		 185 aa  81.3  0.000000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.268468  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2542  DNA-binding protein  26.01 
 
 		 185 aa  80.9  0.000000000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2448  DNA-binding protein  25.86 
 
 		 185 aa  81.3  0.000000000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.191992  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2239  transcriptional regulator  25.29 
 
 		 185 aa  79  0.00000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0224117  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4875  HTH-type transcriptional regulator  29.33 
 
 		 214 aa  79  0.00000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.256136  normal  0.0946557 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  27.88 
 
 		 207 aa  77  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2481  DNA-binding protein  26.01 
 
 		 185 aa  76.3  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00193646  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2346  transcriptional regulator  27.61 
 
 		 215 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1265  XRE family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 203 aa  76.6  0.0000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.509144  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2928  DNA-binding protein  24.86 
 
 		 185 aa  75.5  0.0000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384603 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1211  helix-turn-helix domain-containing protein  25.99 
 
 		 200 aa  75.1  0.0000000000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.924879 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1982  XRE family transcriptional regulator  24.7 
 
 		 175 aa  74.7  0.0000000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.623481  normal  0.364753 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34730  XRE family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 193 aa  74.3  0.0000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0210921  normal  0.262574 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2770  XRE family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 192 aa  73.6  0.000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.169539 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0921  transcriptional regulator, XRE family  26.06 
 
 		 260 aa  73.6  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.746837  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  25.29 
 
 		 189 aa  73.6  0.000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0945  transcriptional regulator, XRE family  25.14 
 
 		 184 aa  73.2  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000133489  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1740  DNA-binding protein  26.99 
 
 		 178 aa  71.6  0.000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000189008  hitchhiker  2.35786e-17 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0917  transcriptional regulator, XRE family  25.45 
 
 		 192 aa  71.6  0.000000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0872  transcriptional regulator  24.85 
 
 		 192 aa  71.2  0.000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.62802  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01392  predicted DNA-binding transcriptional regulator  26.38 
 
 		 178 aa  70.5  0.00000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2212  transcriptional regulator, XRE family  26.38 
 
 		 178 aa  70.5  0.00000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5929  XRE family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 202 aa  70.5  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.828276  normal  0.0967353 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1613  DNA-binding protein  26.38 
 
 		 178 aa  70.5  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2039  DNA-binding protein  26.38 
 
 		 178 aa  70.5  0.00000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000824446  hitchhiker  5.01479e-19 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1517  DNA-binding protein  26.38 
 
 		 178 aa  70.5  0.00000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01402  hypothetical protein  26.38 
 
 		 178 aa  70.5  0.00000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 187 aa  70.5  0.00000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2225  XRE family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 178 aa  70.5  0.00000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.639128 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3086  transcriptional regulator, putative  25.91 
 
 		 212 aa  69.7  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0196484  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2614  transcriptional regulator  27.11 
 
 		 248 aa  70.1  0.00000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.325655  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  25.15 
 
 		 199 aa  69.7  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  25.15 
 
 		 199 aa  69.3  0.00000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3551  transcriptional regulator, XRE family  27.06 
 
 		 196 aa  69.3  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1722  transcriptional regulator, XRE family  25.9 
 
 		 185 aa  68.6  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.185673  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1556  transcriptional regulator, XRE family  25.9 
 
 		 178 aa  68.6  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0744  XRE family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 209 aa  68.6  0.00000000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.541206  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6405  XRE family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 189 aa  68.2  0.00000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146143  normal  0.496408 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0662  XRE family transcriptional regulator  23.78 
 
 		 259 aa  68.2  0.00000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3325  transcriptional regulator, XRE family  26.22 
 
 		 229 aa  67.8  0.00000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.610712  normal  0.167348 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2231  XRE family transcriptional regulator  24.7 
 
 		 187 aa  67.4  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000245077 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0634  XRE family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 229 aa  67  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.43558 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1783  XRE family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 178 aa  67.4  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2103  XRE family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 191 aa  67.4  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  25.61 
 
 		 191 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000353964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0327  XRE family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 191 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000523898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3174  DNA-binding protein  27.59 
 
 		 195 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.9176  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 191 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4589  transcriptional regulator, XRE family  25.77 
 
 		 188 aa  66.6  0.0000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2019  DNA-binding protein  27.59 
 
 		 195 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.649802  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3191  DNA-binding protein  27.59 
 
 		 195 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.479355  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0895  DNA-binding protein  27.59 
 
 		 195 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.955987  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0424  XRE family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 188 aa  67  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5143  putative transcriptional regulator, XRE family  26.74 
 
 		 192 aa  66.6  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0117731  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1881  DNA-binding protein  27.59 
 
 		 195 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0678  transcriptional regulator, XRE family  25.3 
 
 		 188 aa  66.2  0.0000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2042  transcriptional regulator  24.32 
 
 		 188 aa  65.9  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1719  XRE family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 178 aa  65.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.499876  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3137  DNA-binding protein  27.59 
 
 		 195 aa  66.2  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1737  XRE family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 185 aa  65.5  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2718  XRE family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 228 aa  65.5  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2078  XRE family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 228 aa  65.5  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.205935  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2690  XRE family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 228 aa  65.5  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2039  transcriptional regulator, XRE family  24.28 
 
 		 187 aa  65.5  0.0000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.558818 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  25.41 
 
 		 189 aa  65.5  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 182 aa  65.1  0.0000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6018  XRE family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 233 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0594  DNA-binding protein  26.22 
 
 		 219 aa  64.7  0.0000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4268  transcriptional regulator, XRE family  24.54 
 
 		 188 aa  64.7  0.0000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1058  XRE family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 184 aa  64.7  0.0000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0323  XRE family transcriptional regulator  25 
 
 		 191 aa  64.7  0.0000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000737434  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  23.95 
 
 		 197 aa  64.3  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0965  transcriptional regulator, XRE family  26.67 
 
 		 191 aa  64.3  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4522  transcriptional regulator, XRE family  25.14 
 
 		 188 aa  63.9  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0681879  normal  0.0291061 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1109  XRE family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 183 aa  62.8  0.000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  26.4 
 
 		 182 aa  63.2  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1029  XRE family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 219 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.289543  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0893  DNA-binding protein  26.22 
 
 		 222 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3308  transcriptional regulator  26.29 
 
 		 187 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.38656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5523  transcriptional regulator  27.65 
 
 		 182 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0608  XRE family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 227 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0728  DNA-binding protein  26.22 
 
 		 222 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  23.89 
 
 		 204 aa  63.2  0.000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2728  DNA-binding protein  27.71 
 
 		 195 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0714  DNA-binding protein  26.22 
 
 		 222 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1033  transcriptional regulator, XRE family  25.13 
 
 		 195 aa  63.5  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3700  XRE family transcriptional regulator  24.7 
 
 		 191 aa  63.2  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000696836  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69980  putative transcriptional regulator  29.59 
 
 		 182 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6075  putative transcriptional regulator  29.59 
 
 		 182 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  25.7 
 
 		 182 aa  62.8  0.000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2046  XRE family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 205 aa  62.8  0.000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.298774  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 208 aa  62.4  0.000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 208 aa  62.4  0.000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>