More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1064 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_1064  transciptional regulator  100 
 
 
195 aa  402  1e-111  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0379  transcriptional regulator  57.84 
 
 
184 aa  214  8e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.808324 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2075  helix-turn-helix domain protein  27.43 
 
 
196 aa  77.8  0.0000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.241547  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  28.92 
 
 
224 aa  76.3  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2346  transcriptional regulator  29.75 
 
 
215 aa  74.7  0.0000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3471  XRE family transcriptional regulator  26.51 
 
 
197 aa  74.3  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2613  XRE family transcriptional regulator  26.67 
 
 
219 aa  72  0.000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.629122 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1265  XRE family transcriptional regulator  29.27 
 
 
203 aa  72  0.000000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.509144  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2999  transcriptional regulator, XRE family  26.74 
 
 
200 aa  71.6  0.000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.290253  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8704  transcriptional regulator, XRE family  28.14 
 
 
223 aa  71.2  0.000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.264618 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2770  XRE family transcriptional regulator  30.06 
 
 
192 aa  71.2  0.000000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.169539 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3551  transcriptional regulator, XRE family  25.44 
 
 
196 aa  70.5  0.00000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02050  predicted transcriptional regulator  27.16 
 
 
201 aa  70.1  0.00000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6405  XRE family transcriptional regulator  29.38 
 
 
189 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146143  normal  0.496408 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3137  DNA-binding protein  28.24 
 
 
195 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3174  DNA-binding protein  28.05 
 
 
195 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.9176  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2019  DNA-binding protein  27.44 
 
 
195 aa  68.9  0.00000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.649802  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3191  DNA-binding protein  27.44 
 
 
195 aa  68.9  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.479355  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0895  DNA-binding protein  27.44 
 
 
195 aa  68.9  0.00000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.955987  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1881  DNA-binding protein  27.44 
 
 
195 aa  68.9  0.00000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8701  transcriptional regulator, XRE family  23.67 
 
 
200 aa  68.6  0.00000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.257362 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3132  putative transcription regulator protein  28.57 
 
 
209 aa  68.6  0.00000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.25062  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1579  transcriptional regulator  27.22 
 
 
182 aa  68.2  0.00000000007  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.168139  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4623  putative transcriptional regulator, XRE family  26.67 
 
 
197 aa  68.2  0.00000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.155979 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3019  transcriptional regulator, XRE family  24.54 
 
 
198 aa  67.4  0.0000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2463  DNA-binding protein  23.56 
 
 
185 aa  67.8  0.0000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2279  DNA-binding protein  23.56 
 
 
185 aa  67.8  0.0000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.268468  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2197  transcriptional regulator  23.56 
 
 
185 aa  67.4  0.0000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.26325  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2028  transcriptional regulator, XRE family  24.39 
 
 
194 aa  67  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.165285  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2254  XRE family transcriptional regulator  23.56 
 
 
185 aa  67.4  0.0000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0575156  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2448  DNA-binding protein  23.56 
 
 
185 aa  67.8  0.0000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.191992  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0115  transcriptional regulatory protein  26.35 
 
 
194 aa  66.6  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2614  transcriptional regulator  28.74 
 
 
248 aa  67  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.325655  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1789  transcriptional regulator, Cro/CI family  27.88 
 
 
200 aa  66.6  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.225 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1668  Cro/CI family transcriptional regulator  27.88 
 
 
200 aa  66.6  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.118403 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0945  transcriptional regulator, XRE family  25.71 
 
 
184 aa  66.6  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000133489  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2365  transcriptional regulator, XRE family  28.67 
 
 
193 aa  65.9  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.977725  normal  0.0272358 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  25.45 
 
 
220 aa  65.9  0.0000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2728  DNA-binding protein  27.22 
 
 
195 aa  65.9  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5358  putative transcriptional regulator, XRE family  25 
 
 
201 aa  65.5  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.406538  normal  0.655587 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2542  DNA-binding protein  22.99 
 
 
185 aa  65.9  0.0000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0921  transcriptional regulator, XRE family  26.04 
 
 
260 aa  65.9  0.0000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.746837  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5072  transcriptional regulator, XRE family  25.61 
 
 
207 aa  65.9  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2239  transcriptional regulator  22.99 
 
 
185 aa  65.5  0.0000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0224117  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0917  transcriptional regulator, XRE family  25.6 
 
 
192 aa  65.5  0.0000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1428  DNA-binding protein  28.22 
 
 
192 aa  65.5  0.0000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  25.77 
 
 
189 aa  65.5  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  26.59 
 
 
187 aa  65.1  0.0000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  24.53 
 
 
182 aa  64.7  0.0000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3086  transcriptional regulator, putative  28.05 
 
 
212 aa  64.7  0.0000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0196484  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1566  transcriptional regulator, XRE family  23.95 
 
 
202 aa  64.7  0.0000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0862847 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1021  transcriptional regulator, XRE family  25.88 
 
 
191 aa  64.7  0.0000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.438557  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04780  putative transcription regulator protein  26.06 
 
 
205 aa  64.3  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05657  putative DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  26.06 
 
 
205 aa  64.3  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3469  DNA-binding protein  25 
 
 
189 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.162788  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1849  Cro/CI family transcriptional regulator  27.27 
 
 
200 aa  63.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.646761  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0872  transcriptional regulator  25 
 
 
192 aa  63.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.62802  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2429  XRE family transcriptional regulator  25.77 
 
 
191 aa  63.9  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0848952 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1033  transcriptional regulator, XRE family  27.71 
 
 
195 aa  63.5  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3250  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  25 
 
 
189 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.653673  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0662  XRE family transcriptional regulator  27.88 
 
 
259 aa  63.5  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1487  transcriptional regulator, Cro/CI family  27.27 
 
 
200 aa  63.5  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.335106  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2085  XRE family transcriptional regulator  26.11 
 
 
207 aa  63.2  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.323846  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0635  transcriptional regulator, XRE family  24.39 
 
 
198 aa  63.5  0.000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2928  DNA-binding protein  23.56 
 
 
185 aa  63.5  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00384603 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3404  cupin 2 domain-containing protein  22.89 
 
 
215 aa  63.2  0.000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01840  transcriptional regulator, XRE family  27.95 
 
 
182 aa  63.5  0.000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34730  XRE family transcriptional regulator  28.39 
 
 
193 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0210921  normal  0.262574 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0099  transcriptional regulator, XRE family  26.54 
 
 
194 aa  63.5  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.798061 
 
 
-
 
NC_003296  RS02293  putative transcription regulator protein  26.63 
 
 
182 aa  63.2  0.000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.40687 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4180  XRE family transcriptional regulator  25.93 
 
 
199 aa  62.8  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3325  transcriptional regulator, XRE family  28.12 
 
 
229 aa  62.8  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.610712  normal  0.167348 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4365  XRE family transcriptional regulator  25.56 
 
 
197 aa  62.8  0.000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000321232  normal  0.264561 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  28.03 
 
 
212 aa  62.8  0.000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1787  Cro/CI family transcriptional regulator  27.27 
 
 
200 aa  62.8  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0263563  normal  0.220225 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5086  putative transcriptional regulator, XRE family  25.62 
 
 
192 aa  62.8  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  26.83 
 
 
207 aa  62.4  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2039  transcriptional regulator, XRE family  25.6 
 
 
187 aa  62.4  0.000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.558818 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4522  transcriptional regulator, XRE family  25.15 
 
 
188 aa  62.4  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0681879  normal  0.0291061 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0634  XRE family transcriptional regulator  28.12 
 
 
229 aa  62.4  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.43558 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5143  putative transcriptional regulator, XRE family  26.26 
 
 
192 aa  62.4  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0117731  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3652  XRE family transcriptional regulator  25.15 
 
 
196 aa  62  0.000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00533728 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0893  DNA-binding protein  27.5 
 
 
222 aa  62  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0714  DNA-binding protein  27.5 
 
 
222 aa  62  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2103  XRE family transcriptional regulator  27.16 
 
 
191 aa  62.4  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1029  XRE family transcriptional regulator  27.61 
 
 
219 aa  62  0.000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.289543  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2607  XRE family transcriptional regulator  27.5 
 
 
227 aa  62  0.000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4967  transcriptional regulator, XRE family  25.56 
 
 
218 aa  62  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.454469  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2743  XRE family transcriptional regulator  27.5 
 
 
227 aa  62  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0728  DNA-binding protein  27.5 
 
 
222 aa  62  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1096  helix-turn-helix domain-containing protein  25.68 
 
 
182 aa  61.6  0.000000006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1740  DNA-binding protein  24.85 
 
 
178 aa  61.6  0.000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000189008  hitchhiker  2.35786e-17 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0389  XRE family transcriptional regulator  26.25 
 
 
178 aa  61.6  0.000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.762812  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4439  transcriptional regulator, XRE family  28 
 
 
190 aa  61.6  0.000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957299  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0594  DNA-binding protein  27.5 
 
 
219 aa  61.6  0.000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2078  XRE family transcriptional regulator  27.5 
 
 
228 aa  61.6  0.000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.205935  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2718  XRE family transcriptional regulator  27.5 
 
 
228 aa  61.6  0.000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2690  XRE family transcriptional regulator  27.5 
 
 
228 aa  61.6  0.000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  27.43 
 
 
190 aa  61.2  0.000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2717  DNA-binding protein  27.5 
 
 
222 aa  61.6  0.000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>