More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2346 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2346  transcriptional regulator  100 
 
 		 215 aa  431  1e-120  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3086  transcriptional regulator, putative  83.07 
 
 		 212 aa  318  3e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0196484  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34730  XRE family transcriptional regulator  80.85 
 
 		 193 aa  305  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0210921  normal  0.262574 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2743  XRE family transcriptional regulator  54.15 
 
 		 227 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2607  XRE family transcriptional regulator  57.07 
 
 		 227 aa  199  3e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0416  XRE family transcriptional regulator  55.21 
 
 		 229 aa  198  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.387969 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2718  XRE family transcriptional regulator  57.07 
 
 		 228 aa  198  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2078  XRE family transcriptional regulator  57.07 
 
 		 228 aa  198  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.205935  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2690  XRE family transcriptional regulator  57.07 
 
 		 228 aa  198  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6018  XRE family transcriptional regulator  56.52 
 
 		 233 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0634  XRE family transcriptional regulator  55.98 
 
 		 229 aa  196  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.43558 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3325  transcriptional regulator, XRE family  51.66 
 
 		 229 aa  196  3e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.610712  normal  0.167348 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0608  XRE family transcriptional regulator  56.74 
 
 		 227 aa  192  3e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0594  DNA-binding protein  56.74 
 
 		 219 aa  192  3e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0893  DNA-binding protein  56.18 
 
 		 222 aa  191  5e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0728  DNA-binding protein  56.18 
 
 		 222 aa  191  5e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0714  DNA-binding protein  56.18 
 
 		 222 aa  191  5e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2441  DNA-binding protein  56.18 
 
 		 222 aa  190  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0229  DNA-binding protein  56.18 
 
 		 222 aa  190  1e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2717  DNA-binding protein  56.18 
 
 		 222 aa  190  1e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2361  DNA-binding protein  56.18 
 
 		 222 aa  190  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4875  HTH-type transcriptional regulator  56.29 
 
 		 214 aa  179  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.256136  normal  0.0946557 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  53.41 
 
 		 224 aa  177  1e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0921  transcriptional regulator, XRE family  51.7 
 
 		 260 aa  176  2e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.746837  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0917  transcriptional regulator, XRE family  51.12 
 
 		 192 aa  175  4e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0662  XRE family transcriptional regulator  51.93 
 
 		 259 aa  174  9.999999999999999e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  51.38 
 
 		 207 aa  172  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0872  transcriptional regulator  51.14 
 
 		 192 aa  172  3.9999999999999995e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.62802  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2614  transcriptional regulator  51.12 
 
 		 248 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.325655  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4589  transcriptional regulator, XRE family  38.3 
 
 		 188 aa  123  2e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0324  XRE family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 191 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000421536  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0945  transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 		 184 aa  119  3e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000133489  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3700  XRE family transcriptional regulator  37.22 
 
 		 191 aa  119  3e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000696836  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0424  XRE family transcriptional regulator  37.22 
 
 		 188 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2481  DNA-binding protein  36.72 
 
 		 185 aa  118  6e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00193646  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0323  XRE family transcriptional regulator  37.22 
 
 		 191 aa  118  6e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000737434  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2254  XRE family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 185 aa  118  7e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0575156  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 191 aa  118  7.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0327  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 191 aa  118  7.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000523898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 191 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000353964  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4268  transcriptional regulator, XRE family  36.02 
 
 		 188 aa  117  9.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2928  DNA-binding protein  35.03 
 
 		 185 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384603 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2239  transcriptional regulator  37.65 
 
 		 185 aa  116  3e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0224117  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0319  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 191 aa  116  3e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000379854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5322  XRE family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 203 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.869737  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2197  transcriptional regulator  38.27 
 
 		 185 aa  115  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.26325  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2542  DNA-binding protein  35.59 
 
 		 185 aa  115  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3180  XRE family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 203 aa  115  5e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1642  XRE family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 186 aa  115  5e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.065261  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5159  XRE family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 203 aa  115  5e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5700  XRE family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 203 aa  115  5e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00441066 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2463  DNA-binding protein  37.65 
 
 		 185 aa  115  6e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2279  DNA-binding protein  37.65 
 
 		 185 aa  115  6e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.268468  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2448  DNA-binding protein  37.65 
 
 		 185 aa  115  6e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.191992  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3022  XRE family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 208 aa  115  6e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4537  XRE family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 203 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7005  transcriptional regulator, XRE family  35.96 
 
 		 212 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.89282 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3114  XRE family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 203 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.935644  normal  0.475898 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4971  XRE family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 203 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.110875  normal  0.347082 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0134  hypothetical protein  36.07 
 
 		 191 aa  111  8.000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4158  XRE family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 204 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2924  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 204 aa  110  2.0000000000000002e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.705469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2231  XRE family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 187 aa  109  3e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000245077 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1211  helix-turn-helix domain-containing protein  32.02 
 
 		 200 aa  108  5e-23  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.924879 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3140  transcriptional regulator, XRE family  36.16 
 
 		 206 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03443  transcriptional regulator, HTH_3 family protein  37.91 
 
 		 208 aa  107  1e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0005  DNA-binding protein  35.39 
 
 		 202 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.792058  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1663  DNA-binding protein  32.77 
 
 		 185 aa  107  2e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0004  DNA-binding protein  35.39 
 
 		 202 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1150  DNA-binding protein  35.39 
 
 		 202 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.129822  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0004  DNA-binding cupin domain-containing protein  35.39 
 
 		 202 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1509  putative DNA-binding protein  35.39 
 
 		 202 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.221821  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2770  XRE family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 192 aa  107  2e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.169539 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0004  DNA-binding protein  35.39 
 
 		 202 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.278794  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0004  DNA-binding protein  35.39 
 
 		 202 aa  106  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1430  DNA-binding protein  35.39 
 
 		 202 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1109  XRE family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 183 aa  104  1e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0744  XRE family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 209 aa  104  1e-21  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.541206  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1555  transcriptional regulator  34.41 
 
 		 181 aa  102  5e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4806  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.46 
 
 		 203 aa  101  7e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01840  transcriptional regulator, XRE family  31.32 
 
 		 182 aa  100  2e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0850  XRE family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 182 aa  99.8  3e-20  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.406298  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1579  transcriptional regulator  31.87 
 
 		 182 aa  96.3  3e-19  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.168139  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1783  XRE family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 178 aa  96.3  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1737  XRE family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 185 aa  96.3  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2039  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 178 aa  96.3  4e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000824446  hitchhiker  5.01479e-19 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1722  transcriptional regulator, XRE family  32.79 
 
 		 185 aa  95.9  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.185673  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2484  XRE family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 187 aa  95.9  4e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0499056 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1096  helix-turn-helix domain-containing protein  31.82 
 
 		 182 aa  95.9  4e-19  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1556  transcriptional regulator, XRE family  32.79 
 
 		 178 aa  95.5  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02293  putative transcription regulator protein  35.59 
 
 		 182 aa  95.1  6e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.40687 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1982  XRE family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 175 aa  94.7  9e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.623481  normal  0.364753 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01392  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.77 
 
 		 178 aa  93.6  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2212  transcriptional regulator, XRE family  32.77 
 
 		 178 aa  93.6  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2225  XRE family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 178 aa  93.6  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.639128 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01402  hypothetical protein  32.77 
 
 		 178 aa  93.6  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3771  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 		 198 aa  93.6  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.471902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1613  DNA-binding protein  32.77 
 
 		 178 aa  93.6  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4848  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 		 198 aa  93.6  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2075  helix-turn-helix domain protein  31.15 
 
 		 196 aa  94  2e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.241547  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>