More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3308 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3308  transcriptional regulator  100 
 
 		 187 aa  387  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.38656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3250  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  73.54 
 
 		 189 aa  280  1e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.653673  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3469  DNA-binding protein  70.9 
 
 		 189 aa  271  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.162788  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3508  XRE family transcriptional regulator  69.52 
 
 		 187 aa  256  1e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0510026 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3441  XRE family transcriptional regulator  69.52 
 
 		 187 aa  256  2e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.404086 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1855  XRE family transcriptional regulator  71.19 
 
 		 177 aa  248  3e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.21785 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2232  Cro/CI family transcriptional regulator  68.36 
 
 		 177 aa  239  2e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46710  putative transcriptional regulator  58.56 
 
 		 216 aa  202  2e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0037508  decreased coverage  0.000000167672 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4024  putative transcriptional regulator  57.92 
 
 		 195 aa  200  8e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.181748  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0197  XRE family transcriptional regulator  53.76 
 
 		 190 aa  196  2.0000000000000003e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0555347  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1816  XRE family transcriptional regulator  51.98 
 
 		 191 aa  171  3.9999999999999995e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00473491  hitchhiker  0.000617218 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3188  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 189 aa  145  3e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.549125 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4931  transcriptional regulator, XRE family  38.07 
 
 		 187 aa  109  3e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5123  hypothetical protein  34.97 
 
 		 198 aa  103  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.635702  normal  0.639471 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2770  XRE family transcriptional regulator  38.15 
 
 		 192 aa  103  2e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.169539 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5072  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 207 aa  99.8  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04780  putative transcription regulator protein  32.78 
 
 		 205 aa  87.8  8e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05657  putative DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  32.78 
 
 		 205 aa  87.8  8e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1787  Cro/CI family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 200 aa  84  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0263563  normal  0.220225 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1849  Cro/CI family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 200 aa  84  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.646761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1789  transcriptional regulator, Cro/CI family  30.94 
 
 		 200 aa  84  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.225 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1668  Cro/CI family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 200 aa  84  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.118403 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2484  XRE family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 187 aa  83.6  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0499056 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1487  transcriptional regulator, Cro/CI family  31.43 
 
 		 200 aa  81.6  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.335106  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3529  XRE family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 200 aa  81.3  0.000000000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.295271 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0850  XRE family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 182 aa  78.6  0.00000000000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.406298  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  34.48 
 
 		 207 aa  76.3  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05910  predicted transcriptional regulator  33.91 
 
 		 190 aa  76.3  0.0000000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.848221  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1737  XRE family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 185 aa  75.9  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1783  XRE family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 178 aa  76.3  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2039  DNA-binding protein  31.14 
 
 		 178 aa  76.3  0.0000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000824446  hitchhiker  5.01479e-19 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1579  transcriptional regulator  29.45 
 
 		 182 aa  75.9  0.0000000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.168139  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0332  transcriptional regulator, XRE family  32.37 
 
 		 201 aa  75.9  0.0000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.865127  normal  0.108372 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2614  transcriptional regulator  35.54 
 
 		 248 aa  75.9  0.0000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.325655  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1722  transcriptional regulator, XRE family  30.29 
 
 		 185 aa  75.5  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.185673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1096  helix-turn-helix domain-containing protein  28.31 
 
 		 182 aa  74.3  0.0000000000009  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1556  transcriptional regulator, XRE family  29.71 
 
 		 178 aa  73.9  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0831  XRE family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 183 aa  73.9  0.000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000078794  normal  0.173113 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4589  transcriptional regulator, XRE family  31.25 
 
 		 188 aa  73.9  0.000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3329  transcriptional regulator  32.94 
 
 		 201 aa  73.6  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.855836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4875  HTH-type transcriptional regulator  31.82 
 
 		 214 aa  72.8  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.256136  normal  0.0946557 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01392  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.41 
 
 		 178 aa  72.4  0.000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2212  transcriptional regulator, XRE family  29.41 
 
 		 178 aa  72.4  0.000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01402  hypothetical protein  29.41 
 
 		 178 aa  72.4  0.000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1517  DNA-binding protein  29.41 
 
 		 178 aa  72.4  0.000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1719  XRE family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 178 aa  72.8  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.499876  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1740  DNA-binding protein  29.41 
 
 		 178 aa  72.8  0.000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000189008  hitchhiker  2.35786e-17 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1613  DNA-binding protein  29.41 
 
 		 178 aa  72.4  0.000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 224 aa  72.8  0.000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2231  XRE family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 187 aa  72.4  0.000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000245077 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2225  XRE family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 178 aa  72.4  0.000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.639128 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01840  transcriptional regulator, XRE family  28.65 
 
 		 182 aa  71.6  0.000000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0662  XRE family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 259 aa  70.9  0.00000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2346  transcriptional regulator  28.41 
 
 		 215 aa  70.9  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1109  XRE family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 183 aa  70.9  0.00000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3942  transcriptional regulator, XRE family  35.06 
 
 		 197 aa  70.5  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.534044  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4804  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  31.13 
 
 		 198 aa  70.1  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0921  transcriptional regulator, XRE family  30.77 
 
 		 260 aa  69.3  0.00000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.746837  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6084  XRE family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 234 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.207069 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0327  XRE family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 191 aa  69.7  0.00000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000523898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  26.7 
 
 		 191 aa  69.7  0.00000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000353964  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2254  XRE family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 185 aa  68.9  0.00000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0575156  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2279  DNA-binding protein  28.24 
 
 		 185 aa  68.9  0.00000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.268468  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2197  transcriptional regulator  28.24 
 
 		 185 aa  68.9  0.00000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.26325  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0917  transcriptional regulator, XRE family  30.77 
 
 		 192 aa  68.9  0.00000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2448  DNA-binding protein  28.24 
 
 		 185 aa  68.9  0.00000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.191992  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2542  DNA-binding protein  26.49 
 
 		 185 aa  68.9  0.00000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0424  XRE family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 188 aa  68.9  0.00000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2463  DNA-binding protein  28.24 
 
 		 185 aa  68.9  0.00000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1982  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 175 aa  68.6  0.00000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.623481  normal  0.364753 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 191 aa  68.6  0.00000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03443  transcriptional regulator, HTH_3 family protein  28.42 
 
 		 208 aa  68.6  0.00000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34730  XRE family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 193 aa  68.6  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0210921  normal  0.262574 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4666  transcriptional regulator, XRE family  25.6 
 
 		 197 aa  68.6  0.00000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.223091  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0872  transcriptional regulator  30.77 
 
 		 192 aa  68.2  0.00000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.62802  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0428  transcriptional regulator, XRE family  28.14 
 
 		 197 aa  67.8  0.00000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2239  transcriptional regulator  28.24 
 
 		 185 aa  67.8  0.00000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0224117  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2481  DNA-binding protein  25.95 
 
 		 185 aa  67.4  0.0000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00193646  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0594  DNA-binding protein  29.8 
 
 		 219 aa  67  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2028  transcriptional regulator, XRE family  28.9 
 
 		 194 aa  66.2  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.165285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0323  XRE family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 191 aa  67  0.0000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000737434  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  26.37 
 
 		 201 aa  66.2  0.0000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0945  transcriptional regulator, XRE family  26.37 
 
 		 184 aa  65.9  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000133489  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0116  XRE family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 205 aa  66.2  0.0000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0574196 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1957  XRE family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 208 aa  65.9  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.210401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1555  transcriptional regulator  30.64 
 
 		 181 aa  65.9  0.0000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1211  helix-turn-helix domain-containing protein  28.22 
 
 		 200 aa  65.5  0.0000000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.924879 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1642  XRE family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 186 aa  65.5  0.0000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.065261  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4983  transcriptional regulator, XRE family  27.75 
 
 		 209 aa  65.1  0.0000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0953387  normal  0.300371 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3325  transcriptional regulator, XRE family  31.32 
 
 		 229 aa  64.7  0.0000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.610712  normal  0.167348 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0416  XRE family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 229 aa  64.7  0.0000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.387969 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8701  transcriptional regulator, XRE family  30.11 
 
 		 200 aa  64.3  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.257362 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4933  transcriptional regulator, XRE family  28.12 
 
 		 209 aa  63.9  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.131947  normal  0.360863 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2928  DNA-binding protein  24.86 
 
 		 185 aa  64.3  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384603 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8704  transcriptional regulator, XRE family  28.75 
 
 		 223 aa  63.9  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.264618 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4469  helix-turn-helix domain-containing protein  28.73 
 
 		 209 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3484  transcriptional regulator, XRE family  30.97 
 
 		 200 aa  63.2  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0379  transcriptional regulator  26.29 
 
 		 184 aa  63.2  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.808324 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0634  XRE family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 229 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.43558 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1520  XRE family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 176 aa  63.5  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0757766  normal  0.0239869 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>