More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_4666 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_4666  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 
197 aa  392  1e-108  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.223091  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0428  transcriptional regulator, XRE family  69.47 
 
 
197 aa  266  1e-70  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2429  XRE family transcriptional regulator  59.68 
 
 
191 aa  241  3.9999999999999997e-63  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0848952 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4152  helix-turn-helix domain-containing protein  59.14 
 
 
191 aa  237  1e-61  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7925  putative transcriptional regulator, XRE family  59.46 
 
 
199 aa  234  5.0000000000000005e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.421089 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3652  XRE family transcriptional regulator  57.38 
 
 
196 aa  218  3e-56  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00533728 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3404  cupin 2 domain-containing protein  58.06 
 
 
215 aa  213  9.999999999999999e-55  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3050  transcriptional regulator, XRE family  54.82 
 
 
195 aa  209  1e-53  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0215158  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0635  transcriptional regulator, XRE family  54.12 
 
 
198 aa  207  1e-52  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3407  transcriptional regulator, XRE family  57.22 
 
 
192 aa  206  2e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1566  transcriptional regulator, XRE family  55.14 
 
 
202 aa  203  2e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0862847 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2028  transcriptional regulator, XRE family  55.8 
 
 
194 aa  201  6e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.165285  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5358  putative transcriptional regulator, XRE family  53.8 
 
 
201 aa  196  1.0000000000000001e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.406538  normal  0.655587 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8701  transcriptional regulator, XRE family  56.59 
 
 
200 aa  196  2.0000000000000003e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.257362 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5294  transcriptional regulator, XRE family  53.37 
 
 
194 aa  192  3e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1021  transcriptional regulator, XRE family  54.8 
 
 
191 aa  191  5e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.438557  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5086  putative transcriptional regulator, XRE family  51.67 
 
 
192 aa  190  1e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2613  XRE family transcriptional regulator  53.63 
 
 
219 aa  188  4e-47  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.629122 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2999  transcriptional regulator, XRE family  52.78 
 
 
200 aa  186  2e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.290253  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02050  predicted transcriptional regulator  51.37 
 
 
201 aa  186  3e-46  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1965  XRE family transcriptional regulator  53.8 
 
 
194 aa  184  5e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0249499  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1719  transcriptional regulator, XRE family  52.72 
 
 
204 aa  184  6e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.017651  normal  0.124941 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4623  putative transcriptional regulator, XRE family  51.37 
 
 
197 aa  183  1.0000000000000001e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.155979 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8704  transcriptional regulator, XRE family  50.79 
 
 
223 aa  182  2.0000000000000003e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.264618 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1423  transcriptional regulator, XRE family  52.26 
 
 
195 aa  176  2e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3019  transcriptional regulator, XRE family  48.94 
 
 
198 aa  171  5e-42  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1667  XRE family transcriptional regulator  51.87 
 
 
214 aa  168  6e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2592  transcriptional regulator, XRE family  53.19 
 
 
210 aa  166  2.9999999999999998e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1711  transcriptional regulator, XRE family  51.34 
 
 
200 aa  163  1.0000000000000001e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.63161  normal  0.919847 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2231  transcriptional regulator, XRE family  47.78 
 
 
190 aa  161  5.0000000000000005e-39  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.268831  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2586  Cupin 2 conserved barrel domain protein  64.22 
 
 
126 aa  154  1e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000628471  hitchhiker  0.000111842 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3403  XRE family transcriptional regulator  43.41 
 
 
193 aa  138  7e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.234277 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3352  XRE family transcriptional regulator  43.41 
 
 
193 aa  138  7e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.236659 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3341  XRE family transcriptional regulator  43.41 
 
 
193 aa  138  7e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.272722  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2365  transcriptional regulator, XRE family  42.94 
 
 
193 aa  128  6e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.977725  normal  0.0272358 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2893  XRE family transcriptional regulator  42.35 
 
 
169 aa  119  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3617  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 
195 aa  120  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.191499  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4050  transcriptional regulator, XRE family  41.82 
 
 
192 aa  118  4.9999999999999996e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0800  helix-turn-helix domain protein  41.86 
 
 
192 aa  117  9.999999999999999e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.860069  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3829  transcriptional regulator, XRE family  40.12 
 
 
201 aa  112  3e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.440396  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1170  helix-turn-helix domain-containing protein  36.17 
 
 
196 aa  110  1.0000000000000001e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03340  predicted transcriptional regulator  37.5 
 
 
190 aa  102  5e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0506  transcriptional regulator, XRE family  39.89 
 
 
194 aa  99.8  2e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0504214  normal  0.112871 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5814  transcriptional regulator, XRE family  36.05 
 
 
193 aa  84.3  9e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  29.76 
 
 
188 aa  84  0.000000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  29.17 
 
 
188 aa  82.4  0.000000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2440  transcriptional regulator, XRE family  34.38 
 
 
220 aa  81.6  0.000000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.086441  normal  0.12202 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  28.73 
 
 
197 aa  81.6  0.000000000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2327  transcriptional regulator, XRE family  28.04 
 
 
189 aa  79.7  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1889  transcriptional regulator, XRE family  32.57 
 
 
198 aa  80.1  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.717984  normal  0.734051 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2992  transcriptional regulator, XRE family  32.58 
 
 
188 aa  79.7  0.00000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.537679  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  30.27 
 
 
215 aa  77  0.0000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  29.41 
 
 
182 aa  77  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1008  DNA-binding protein  30.11 
 
 
187 aa  75.9  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1001  DNA-binding protein  30.11 
 
 
187 aa  75.9  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  24.59 
 
 
187 aa  75.5  0.0000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0842  cupin 2 domain-containing protein  31.79 
 
 
188 aa  75.9  0.0000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2294  XRE family transcriptional regulator  31.25 
 
 
211 aa  75.5  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.328361 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0641  XRE family transcriptional regulator  31.25 
 
 
211 aa  75.5  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  27.41 
 
 
204 aa  75.1  0.0000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1668  transcriptional regulator, XRE family  27.42 
 
 
188 aa  74.7  0.0000000000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.580406  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6377  XRE family transcriptional regulator  31.03 
 
 
286 aa  74.7  0.0000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  24.59 
 
 
187 aa  74.7  0.0000000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  30.51 
 
 
201 aa  73.9  0.000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  25.14 
 
 
187 aa  73.9  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2941  XRE family transcriptional regulator  31.03 
 
 
271 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0631546  normal  0.420407 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  31.11 
 
 
220 aa  73.9  0.000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0869  XRE family transcriptional regulator  28.26 
 
 
209 aa  74.3  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0867  DNA-binding protein  29.55 
 
 
187 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0281  DNA-binding protein  29.55 
 
 
187 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1956  DNA-binding protein  29.55 
 
 
187 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1162  DNA-binding protein  29.55 
 
 
187 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  30.86 
 
 
180 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0958  DNA-binding protein  29.55 
 
 
187 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.704462  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0311  cupin 2 domain-containing protein  27.66 
 
 
189 aa  73.6  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  30.86 
 
 
180 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3075  XRE family transcriptional regulator  30.68 
 
 
269 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  30.29 
 
 
180 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4448  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 
193 aa  73.6  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0311191  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  30.86 
 
 
180 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  30.29 
 
 
180 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  30.86 
 
 
180 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2356  transcriptional regulator, XRE family  27.17 
 
 
188 aa  72.8  0.000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.190302 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  28.73 
 
 
236 aa  72.4  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  26.34 
 
 
187 aa  72.4  0.000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  28.99 
 
 
191 aa  72.4  0.000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04250  transcriptional regulator  35.06 
 
 
186 aa  72.4  0.000000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0450  XRE family transcriptional regulator  29.28 
 
 
180 aa  72.4  0.000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  29.03 
 
 
227 aa  72  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3329  transcriptional regulator  30.64 
 
 
201 aa  72  0.000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.855836  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2995  transcriptional regulator  30.56 
 
 
191 aa  71.6  0.000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0735878  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2732  XRE family transcriptional regulator  28.81 
 
 
180 aa  71.2  0.000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3025  XRE family transcriptional regulator  28.16 
 
 
281 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.925102 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  30.05 
 
 
227 aa  71.2  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  29.82 
 
 
193 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  25.43 
 
 
201 aa  70.9  0.00000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2591  XRE family transcriptional regulator  28.81 
 
 
180 aa  70.9  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4811  XRE family transcriptional regulator  29.67 
 
 
201 aa  71.2  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00213383 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0556  MerR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
189 aa  70.5  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  24.62 
 
 
211 aa  69.7  0.00000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>