More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3075 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008390  Bamb_3075  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
269 aa  551  1e-156  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2941  XRE family transcriptional regulator  92.94 
 
 
271 aa  474  1e-133  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0631546  normal  0.420407 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2416  XRE family transcriptional regulator  85.52 
 
 
259 aa  385  1e-106  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3030  XRE family transcriptional regulator  85.52 
 
 
259 aa  385  1e-106  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3049  XRE family transcriptional regulator  85.52 
 
 
259 aa  385  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0258201 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6377  XRE family transcriptional regulator  84.23 
 
 
286 aa  382  1e-105  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3025  XRE family transcriptional regulator  88.83 
 
 
281 aa  372  1e-102  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.925102 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1221  DNA-binding protein  65.16 
 
 
247 aa  279  4e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0563936  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1146  DNA-binding protein  65.16 
 
 
247 aa  279  4e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.112687  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0698  DNA-binding protein  65.16 
 
 
247 aa  278  5e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0375351  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2423  DNA-binding protein  65.16 
 
 
247 aa  278  5e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1732  DNA-binding protein  65.16 
 
 
247 aa  278  5e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1575  DNA-binding protein  72 
 
 
249 aa  274  9e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.1565  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0768  DNA-binding protein  64 
 
 
242 aa  271  6e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.377611  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0842  cupin 2 domain-containing protein  56.98 
 
 
188 aa  209  4e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5113  putative transcriptional regulator  54.19 
 
 
187 aa  206  3e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58380  putative transcriptional regulator  54.19 
 
 
187 aa  205  5e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  34.27 
 
 
204 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2046  XRE family transcriptional regulator  33.52 
 
 
205 aa  113  3e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.298774  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  37.43 
 
 
191 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  36.31 
 
 
189 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 
193 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  36.87 
 
 
179 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  36.87 
 
 
179 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  36.87 
 
 
179 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  36.72 
 
 
236 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  36.87 
 
 
179 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  36.87 
 
 
179 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  36.87 
 
 
179 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4439  transcriptional regulator, XRE family  36.87 
 
 
190 aa  110  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957299  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  36.72 
 
 
236 aa  109  5e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  36.31 
 
 
190 aa  109  5e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 
192 aa  109  5e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 
192 aa  109  5e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 
192 aa  109  5e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  36.31 
 
 
191 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  36.31 
 
 
191 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  36.31 
 
 
191 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  34.97 
 
 
192 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  36.16 
 
 
193 aa  107  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  34.97 
 
 
192 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  34.64 
 
 
191 aa  105  8e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2995  transcriptional regulator  35.03 
 
 
191 aa  104  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0735878  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1721  XRE family transcriptional regulator  33.52 
 
 
201 aa  99  7e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  33.52 
 
 
179 aa  93.2  4e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  29.78 
 
 
180 aa  92.4  7e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3867  XRE family transcriptional regulator  34.07 
 
 
201 aa  90.5  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  32.58 
 
 
178 aa  87.8  2e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4678  MerR family transcriptional regulator  32.6 
 
 
276 aa  86.3  5e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.825044  normal  0.111013 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  31.67 
 
 
199 aa  85.5  9e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  31.67 
 
 
199 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  31.67 
 
 
199 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1034  transcriptional regulator, XRE family  30.73 
 
 
181 aa  84.7  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000342515  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  31.49 
 
 
181 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  33.73 
 
 
192 aa  83.6  0.000000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  30.68 
 
 
232 aa  83.2  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  32.45 
 
 
197 aa  82.8  0.000000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0750  transcriptional regulator, XRE family  32.8 
 
 
181 aa  82  0.000000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0884701 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2909  MerR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
292 aa  82  0.000000000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  35.03 
 
 
201 aa  82  0.00000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  32.43 
 
 
215 aa  81.6  0.00000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2517  transcriptional regulator, XRE family  29.89 
 
 
201 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2242  helix-turn-helix domain-containing protein  29.89 
 
 
201 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.453871 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3096  transcriptional regulator, XRE family  30.54 
 
 
192 aa  80.9  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00124629  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  33.71 
 
 
225 aa  80.1  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2198  transcriptional regulator, XRE family  28.33 
 
 
201 aa  79.3  0.00000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.351873  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  30.65 
 
 
199 aa  79  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  32.24 
 
 
197 aa  78.2  0.0000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  29.83 
 
 
181 aa  77.4  0.0000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  31.03 
 
 
211 aa  77.8  0.0000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0551  transcriptional regulator, XRE family  30.05 
 
 
198 aa  77  0.0000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0898  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 
179 aa  77  0.0000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2948  transcriptional regulator, XRE family  31.52 
 
 
225 aa  77  0.0000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0211039  hitchhiker  0.000112709 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1795  DNA-binding protein  31.11 
 
 
181 aa  76.3  0.0000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4811  XRE family transcriptional regulator  30.17 
 
 
201 aa  76.6  0.0000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00213383 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  31.64 
 
 
292 aa  76.3  0.0000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  31.11 
 
 
181 aa  75.9  0.0000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  29.57 
 
 
199 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3352  XRE family transcriptional regulator  30.17 
 
 
193 aa  74.7  0.000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.236659 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1668  transcriptional regulator, XRE family  30.89 
 
 
188 aa  74.7  0.000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.580406  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7693  transcriptional regulator MerR family  30.57 
 
 
271 aa  75.1  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.56372  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3403  XRE family transcriptional regulator  30.17 
 
 
193 aa  74.7  0.000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.234277 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3341  XRE family transcriptional regulator  30.17 
 
 
193 aa  74.7  0.000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.272722  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  30.56 
 
 
181 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3546  DNA-binding protein  30.56 
 
 
181 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2294  XRE family transcriptional regulator  29.95 
 
 
211 aa  74.3  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.328361 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2356  transcriptional regulator, XRE family  31.05 
 
 
188 aa  73.9  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.190302 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  30.56 
 
 
181 aa  73.9  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0641  XRE family transcriptional regulator  29.95 
 
 
211 aa  74.3  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  30.56 
 
 
181 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3684  transcriptional regulator, XRE family  28.73 
 
 
180 aa  74.7  0.000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000437538  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1649  XRE family transcriptional regulator  30.56 
 
 
181 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.176921  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0311  cupin 2 domain-containing protein  29.63 
 
 
189 aa  74.7  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1035  transcriptional regulator, XRE family  26.44 
 
 
179 aa  73.2  0.000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000017846  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4666  transcriptional regulator, XRE family  30.68 
 
 
197 aa  73.2  0.000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.223091  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4838  transcriptional regulator, XRE family  29.67 
 
 
193 aa  73.2  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0168811  hitchhiker  0.0000750229 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  27.75 
 
 
181 aa  72.8  0.000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  30 
 
 
181 aa  72.8  0.000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2483  DNA-binding protein  31.89 
 
 
198 aa  72.8  0.000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2578  transcriptional regulator, XRE family  32.16 
 
 
182 aa  72.4  0.000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>