More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4838 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_4838  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 193 aa  391  1e-108  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0168811  hitchhiker  0.0000750229 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3096  transcriptional regulator, XRE family  52.13 
 
 		 192 aa  205  3e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00124629  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0898  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 179 aa  105  5e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 179 aa  90.5  1e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1158  XRE family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 179 aa  88.6  5e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00000119717  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1180  helix-turn-helix domain-containing protein  32.97 
 
 		 179 aa  88.6  5e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000150819  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0165  XRE family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 200 aa  84.3  9e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  29.28 
 
 		 188 aa  84  0.000000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3684  transcriptional regulator, XRE family  31.32 
 
 		 180 aa  84.3  0.000000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000437538  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 176 aa  82.8  0.000000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 204 aa  82.4  0.000000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3301  XRE family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 234 aa  82  0.000000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  29.7 
 
 		 232 aa  81.3  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1721  XRE family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 201 aa  81.3  0.000000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  30.81 
 
 		 175 aa  80.5  0.00000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  27.75 
 
 		 197 aa  80.1  0.00000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  29.28 
 
 		 201 aa  79.7  0.00000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  28.19 
 
 		 212 aa  80.1  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0888  transcriptional regulator, XRE family  29.44 
 
 		 179 aa  79.3  0.00000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 198 aa  79  0.00000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1806  transcriptional regulator, XRE family  26.52 
 
 		 181 aa  78.2  0.00000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2148  DNA-binding protein, putative  26.52 
 
 		 181 aa  78.2  0.00000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  32.2 
 
 		 227 aa  77  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2222  DNA-binding protein  29.44 
 
 		 179 aa  76.3  0.0000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4811  XRE family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 201 aa  77  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00213383 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  23.66 
 
 		 196 aa  76.3  0.0000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6377  XRE family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 286 aa  75.9  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3049  XRE family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 259 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0258201 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  31.64 
 
 		 227 aa  76.3  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2416  XRE family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 259 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3030  XRE family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 259 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3035  XRE family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 208 aa  75.1  0.0000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.348685 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4694  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 224 aa  75.5  0.0000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.607677 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  23.78 
 
 		 198 aa  75.1  0.0000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2038  transcriptional regulator  27.98 
 
 		 230 aa  74.7  0.0000000000007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.547476  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 220 aa  74.7  0.0000000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5929  XRE family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 202 aa  74.7  0.0000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.828276  normal  0.0967353 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 192 aa  74.7  0.0000000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0115  transcriptional regulatory protein  28.65 
 
 		 194 aa  74.3  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  26.04 
 
 		 199 aa  74.3  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 219 aa  73.9  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  26.04 
 
 		 199 aa  74.3  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 199 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3075  XRE family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 269 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1702  transcriptional regulator, XRE family  30.12 
 
 		 218 aa  74.3  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0685  Cro/CI family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 179 aa  73.6  0.000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 199 aa  73.6  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  27.03 
 
 		 191 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2046  XRE family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 205 aa  73.2  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.298774  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2995  transcriptional regulator  27.57 
 
 		 191 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0735878  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1934  DNA-binding protein  28.33 
 
 		 179 aa  73.2  0.000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2517  transcriptional regulator, XRE family  28.32 
 
 		 201 aa  72.4  0.000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 204 aa  72.4  0.000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2242  helix-turn-helix domain-containing protein  28.32 
 
 		 201 aa  72.4  0.000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.453871 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 199 aa  72  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  24.19 
 
 		 196 aa  72  0.000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2941  XRE family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 271 aa  72  0.000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0631546  normal  0.420407 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 212 aa  72  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1046  XRE family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 186 aa  71.6  0.000000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  25.84 
 
 		 182 aa  71.2  0.000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3025  XRE family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 281 aa  71.2  0.000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.925102 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2858  transcriptional regulator, XRE family  26.79 
 
 		 215 aa  71.2  0.000000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000622832  normal  0.0374075 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  26.15 
 
 		 197 aa  71.2  0.000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0661  MerR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 192 aa  71.2  0.000000000009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 213 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3046  transcriptional regulator  24.73 
 
 		 201 aa  70.9  0.00000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.948594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2198  transcriptional regulator, XRE family  27.75 
 
 		 201 aa  69.7  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.351873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 181 aa  70.1  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1306  transcriptional regulator, XRE family  29.76 
 
 		 170 aa  70.5  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000237827 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2919  transcriptional regulator, XRE family  29.76 
 
 		 170 aa  70.5  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  27.37 
 
 		 189 aa  69.3  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0572  cupin 2 domain-containing protein  29.41 
 
 		 178 aa  69.7  0.00000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4802  helix-turn-helix domain protein  26.06 
 
 		 233 aa  69.3  0.00000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.329061  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1457  transcriptional regulator  28.74 
 
 		 188 aa  68.6  0.00000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.96188e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  26.7 
 
 		 211 aa  68.6  0.00000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 190 aa  68.6  0.00000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4439  transcriptional regulator, XRE family  27.03 
 
 		 190 aa  68.6  0.00000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5265  XRE family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 219 aa  68.2  0.00000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4986  XRE family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 219 aa  68.2  0.00000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4897  XRE family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 219 aa  68.2  0.00000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  28.24 
 
 		 219 aa  68.2  0.00000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 189 aa  68.2  0.00000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1419  XRE family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 178 aa  67.4  0.0000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2625  transcriptional regulator, XRE family  29.94 
 
 		 217 aa  67.4  0.0000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 191 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 191 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4609  XRE family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 229 aa  67  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 191 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 180 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0551  transcriptional regulator, XRE family  28.31 
 
 		 198 aa  67  0.0000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2094  transcriptional regulator Cro/CI family protein  26.67 
 
 		 188 aa  66.2  0.0000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 180 aa  67  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 180 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58380  putative transcriptional regulator  25.93 
 
 		 187 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 192 aa  66.2  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0474  XRE family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 192 aa  66.2  0.0000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.554508  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 192 aa  65.9  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 192 aa  65.9  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 192 aa  66.2  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 180 aa  66.2  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>