More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_4694 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_4694  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
224 aa  452  1.0000000000000001e-126  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.607677 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  67 
 
 
232 aa  289  3e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4811  XRE family transcriptional regulator  68.53 
 
 
201 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00213383 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  68.47 
 
 
225 aa  278  5e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2625  transcriptional regulator, XRE family  63.24 
 
 
217 aa  273  1.0000000000000001e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2242  helix-turn-helix domain-containing protein  68.02 
 
 
201 aa  271  5.000000000000001e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.453871 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2517  transcriptional regulator, XRE family  68.02 
 
 
201 aa  271  5.000000000000001e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2198  transcriptional regulator, XRE family  66.5 
 
 
201 aa  266  2e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.351873  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0551  transcriptional regulator, XRE family  58.55 
 
 
198 aa  238  5e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  56.25 
 
 
219 aa  221  9e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  55.38 
 
 
227 aa  219  3e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  55.38 
 
 
227 aa  219  3e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3301  XRE family transcriptional regulator  56.32 
 
 
234 aa  215  4e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  55.85 
 
 
219 aa  213  1.9999999999999998e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  51.83 
 
 
215 aa  196  3e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  42.93 
 
 
198 aa  169  3e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2247  transcriptional regulator, XRE family  46.7 
 
 
190 aa  169  4e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1987  transcriptional regulator, XRE family  45.05 
 
 
187 aa  167  9e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.144245  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2581  DNA-binding protein  42.25 
 
 
209 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.449808  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3469  XRE family transcriptional regulator  43.32 
 
 
197 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  43.85 
 
 
213 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2272  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  41.71 
 
 
201 aa  161  7e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.306888  normal  0.104106 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5954  transcriptional regulator, XRE family  44.51 
 
 
187 aa  161  8.000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  44.57 
 
 
220 aa  160  2e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2246  XRE family transcriptional regulator  42.7 
 
 
197 aa  159  3e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1985  transcriptional regulator, XRE family  43.41 
 
 
190 aa  158  7e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.127285  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1295  XRE family transcriptional regulator  44.27 
 
 
222 aa  157  9e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.419553 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5931  transcriptional regulator, XRE family  44.51 
 
 
190 aa  157  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5265  XRE family transcriptional regulator  45.36 
 
 
219 aa  156  3e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4986  XRE family transcriptional regulator  45.36 
 
 
219 aa  156  3e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4528  transcriptional regulator, XRE family  45.88 
 
 
173 aa  156  3e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4897  XRE family transcriptional regulator  45.36 
 
 
219 aa  156  3e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4533  transcriptional regulator, XRE family  46.67 
 
 
173 aa  154  7e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0165  XRE family transcriptional regulator  41.62 
 
 
200 aa  154  1e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3035  XRE family transcriptional regulator  40.49 
 
 
208 aa  154  1e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.348685 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1879  transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 
182 aa  153  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5833  transcriptional regulator, XRE family  44.71 
 
 
173 aa  153  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4562  transcriptional regulator, XRE family  46.67 
 
 
173 aa  153  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1702  transcriptional regulator, XRE family  43.39 
 
 
218 aa  151  7e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5514  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 
222 aa  151  8.999999999999999e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.388539 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2858  transcriptional regulator, XRE family  40.69 
 
 
215 aa  151  1e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000622832  normal  0.0374075 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4828  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 
173 aa  149  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0464638  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4802  helix-turn-helix domain protein  42.25 
 
 
233 aa  145  5e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.329061  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3519  transcriptional regulator, XRE family  39.44 
 
 
210 aa  142  4e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0116433 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2038  transcriptional regulator  40.98 
 
 
230 aa  140  9.999999999999999e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.547476  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  39.68 
 
 
212 aa  137  1e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  36.26 
 
 
199 aa  103  3e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  36.26 
 
 
199 aa  102  4e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  36.09 
 
 
196 aa  97.4  2e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  33.5 
 
 
198 aa  97.4  2e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  32.74 
 
 
188 aa  95.9  4e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  32.74 
 
 
188 aa  95.1  7e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  33.73 
 
 
196 aa  92.8  3e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  33.33 
 
 
187 aa  90.9  1e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
187 aa  90.5  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  34.91 
 
 
197 aa  90.1  3e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  30.3 
 
 
187 aa  87.8  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  31.36 
 
 
211 aa  87  2e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  30.54 
 
 
187 aa  87  2e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  31.74 
 
 
187 aa  84.7  9e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1034  transcriptional regulator, XRE family  32.02 
 
 
181 aa  83.2  0.000000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000342515  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  29.76 
 
 
188 aa  80.1  0.00000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  30.59 
 
 
204 aa  79.7  0.00000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.57 
 
 
189 aa  78.6  0.00000000000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  34.44 
 
 
197 aa  77.8  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  31.4 
 
 
197 aa  77.8  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2769  XRE family transcriptional regulator  35.88 
 
 
276 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 
192 aa  75.9  0.0000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4838  transcriptional regulator, XRE family  30 
 
 
193 aa  75.5  0.0000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0168811  hitchhiker  0.0000750229 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6754  transcriptional regulator, XRE family  35.29 
 
 
210 aa  75.1  0.0000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36173  normal  0.846385 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  29.31 
 
 
212 aa  74.3  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1709  transcriptional regulator, XRE family  30.16 
 
 
193 aa  73.6  0.000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  28.57 
 
 
180 aa  73.2  0.000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0450  XRE family transcriptional regulator  33.76 
 
 
180 aa  73.2  0.000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4522  transcriptional regulator, XRE family  27.96 
 
 
188 aa  73.2  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0681879  normal  0.0291061 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2941  XRE family transcriptional regulator  29.61 
 
 
271 aa  72.4  0.000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0631546  normal  0.420407 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0817  transcriptional regulator, XRE family  28.57 
 
 
184 aa  72  0.000000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3886  XRE family transcriptional regulator  35.37 
 
 
210 aa  72.4  0.000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3049  XRE family transcriptional regulator  31.84 
 
 
259 aa  72  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0258201 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3025  XRE family transcriptional regulator  29.61 
 
 
281 aa  72  0.000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.925102 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2416  XRE family transcriptional regulator  31.84 
 
 
259 aa  72  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3030  XRE family transcriptional regulator  31.84 
 
 
259 aa  72  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2294  XRE family transcriptional regulator  32.56 
 
 
211 aa  71.6  0.000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.328361 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1649  XRE family transcriptional regulator  30.86 
 
 
181 aa  72  0.000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.176921  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0641  XRE family transcriptional regulator  32.56 
 
 
211 aa  71.6  0.000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  28.74 
 
 
191 aa  71.6  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  28.74 
 
 
191 aa  71.6  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  28.74 
 
 
191 aa  71.6  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3075  XRE family transcriptional regulator  29.61 
 
 
269 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  27.33 
 
 
180 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  29.89 
 
 
191 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  32.94 
 
 
201 aa  70.5  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3309  XRE family transcriptional regulator  30.99 
 
 
209 aa  70.5  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0869  XRE family transcriptional regulator  31.55 
 
 
209 aa  69.7  0.00000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0556  MerR family transcriptional regulator  29.76 
 
 
189 aa  70.1  0.00000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  27.96 
 
 
189 aa  69.7  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  29.63 
 
 
181 aa  69.7  0.00000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3843  DNA-binding protein  31.76 
 
 
209 aa  69.3  0.00000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1345  XRE family transcriptional regulator  31.76 
 
 
209 aa  69.7  0.00000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200207  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2578  transcriptional regulator, XRE family  32.37 
 
 
182 aa  69.3  0.00000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>