More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3301 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3301  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 234 aa  477  1e-134  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  77.83 
 
 		 227 aa  345  2e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  72.32 
 
 		 227 aa  345  4e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  73.42 
 
 		 219 aa  330  9e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  77.45 
 
 		 219 aa  330  9e-90  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  66.5 
 
 		 215 aa  285  5.999999999999999e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2625  transcriptional regulator, XRE family  56.54 
 
 		 217 aa  236  2e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  53.81 
 
 		 232 aa  222  4e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  58.29 
 
 		 225 aa  216  2e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4694  XRE family transcriptional regulator  56.32 
 
 		 224 aa  215  4e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.607677 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4811  XRE family transcriptional regulator  52.91 
 
 		 201 aa  207  8e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00213383 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2517  transcriptional regulator, XRE family  51.05 
 
 		 201 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2242  helix-turn-helix domain-containing protein  51.05 
 
 		 201 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.453871 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2198  transcriptional regulator, XRE family  50.26 
 
 		 201 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.351873  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 198 aa  195  5.000000000000001e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2858  transcriptional regulator, XRE family  51.61 
 
 		 215 aa  192  5e-48  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000622832  normal  0.0374075 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0551  transcriptional regulator, XRE family  47.59 
 
 		 198 aa  190  2e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1702  transcriptional regulator, XRE family  49.74 
 
 		 218 aa  182  3e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3469  XRE family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 197 aa  181  7e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  47.25 
 
 		 220 aa  179  2e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0165  XRE family transcriptional regulator  46.81 
 
 		 200 aa  180  2e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2246  XRE family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 197 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2272  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  48.66 
 
 		 201 aa  179  4e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.306888  normal  0.104106 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1295  XRE family transcriptional regulator  46.23 
 
 		 222 aa  178  4.999999999999999e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.419553 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2581  DNA-binding protein  48.13 
 
 		 209 aa  178  7e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.449808  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3519  transcriptional regulator, XRE family  45.64 
 
 		 210 aa  177  1e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0116433 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5265  XRE family transcriptional regulator  46.7 
 
 		 219 aa  177  2e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4897  XRE family transcriptional regulator  46.7 
 
 		 219 aa  177  2e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4986  XRE family transcriptional regulator  46.7 
 
 		 219 aa  177  2e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  45.74 
 
 		 213 aa  176  4e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3035  XRE family transcriptional regulator  47.18 
 
 		 208 aa  175  7e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.348685 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5514  XRE family transcriptional regulator  45.73 
 
 		 222 aa  174  9.999999999999999e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.388539 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4802  helix-turn-helix domain protein  48.92 
 
 		 233 aa  173  2.9999999999999996e-42  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.329061  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  46.35 
 
 		 212 aa  166  2e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2038  transcriptional regulator  44.86 
 
 		 230 aa  157  1e-37  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.547476  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1987  transcriptional regulator, XRE family  44.26 
 
 		 187 aa  148  7e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.144245  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5931  transcriptional regulator, XRE family  44.69 
 
 		 190 aa  147  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2247  transcriptional regulator, XRE family  44.2 
 
 		 190 aa  147  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1985  transcriptional regulator, XRE family  44.13 
 
 		 190 aa  144  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.127285  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5954  transcriptional regulator, XRE family  43.02 
 
 		 187 aa  142  4e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4533  transcriptional regulator, XRE family  45.18 
 
 		 173 aa  142  6e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4562  transcriptional regulator, XRE family  45.78 
 
 		 173 aa  141  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5833  transcriptional regulator, XRE family  45.18 
 
 		 173 aa  140  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4528  transcriptional regulator, XRE family  45.68 
 
 		 173 aa  138  7.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4828  transcriptional regulator, XRE family  45.68 
 
 		 173 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0464638  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1879  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 182 aa  134  9e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 198 aa  113  2.0000000000000002e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 196 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  32.14 
 
 		 197 aa  104  9e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  28.81 
 
 		 196 aa  101  1e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  34.13 
 
 		 211 aa  95.5  7e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  32.24 
 
 		 197 aa  91.3  1e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 204 aa  91.3  1e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 187 aa  89.7  4e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 187 aa  89.4  4e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1034  transcriptional regulator, XRE family  30.85 
 
 		 181 aa  89.4  5e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000342515  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 187 aa  87.8  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 187 aa  85.5  7e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  25.71 
 
 		 199 aa  85.1  8e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  25.71 
 
 		 199 aa  84.7  0.000000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  30 
 
 		 188 aa  83.2  0.000000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  30 
 
 		 188 aa  82.8  0.000000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0661  MerR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 192 aa  82  0.000000000000007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4838  transcriptional regulator, XRE family  31.36 
 
 		 193 aa  82  0.000000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0168811  hitchhiker  0.0000750229 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.48 
 
 		 189 aa  81.3  0.00000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 192 aa  81.3  0.00000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  31.76 
 
 		 188 aa  81.3  0.00000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 187 aa  81.3  0.00000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0474  XRE family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 192 aa  80.1  0.00000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.554508  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 193 aa  79  0.00000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 192 aa  78.6  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 192 aa  78.6  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1039  MerR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 192 aa  78.2  0.00000000000009  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0817  transcriptional regulator, XRE family  28.73 
 
 		 184 aa  77.8  0.0000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  30.54 
 
 		 188 aa  77.4  0.0000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 193 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 212 aa  77  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 192 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 192 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 192 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1035  transcriptional regulator, XRE family  30.3 
 
 		 179 aa  76.6  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000017846  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 176 aa  76.6  0.0000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4443  DNA-binding protein  29.94 
 
 		 181 aa  75.9  0.0000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2995  transcriptional regulator  28.65 
 
 		 191 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0735878  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4493  DNA-binding protein  29.94 
 
 		 181 aa  75.9  0.0000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4258  DNA-binding protein  29.94 
 
 		 181 aa  75.5  0.0000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4094  transcriptional regulator  29.94 
 
 		 181 aa  75.5  0.0000000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4105  transcriptional regulator  29.94 
 
 		 181 aa  75.5  0.0000000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0325  XRE family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 192 aa  75.9  0.0000000000006  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4590  DNA-binding protein  29.94 
 
 		 181 aa  75.5  0.0000000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4442  DNA-binding protein  29.94 
 
 		 181 aa  75.5  0.0000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  31.03 
 
 		 236 aa  75.5  0.0000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  26.88 
 
 		 192 aa  75.5  0.0000000000007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.494606  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1668  transcriptional regulator, XRE family  28.66 
 
 		 188 aa  75.1  0.0000000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.580406  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2416  XRE family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 259 aa  75.1  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3080  XRE family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 181 aa  75.1  0.0000000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.995144  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3030  XRE family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 259 aa  75.1  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3049  XRE family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 259 aa  75.1  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0258201 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1721  XRE family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 201 aa  74.7  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3096  transcriptional regulator, XRE family  29.31 
 
 		 192 aa  74.3  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00124629  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>