More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_2517 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_2242  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 201 aa  410  1e-114  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.453871 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2517  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 201 aa  410  1e-114  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2198  transcriptional regulator, XRE family  96.5 
 
 		 201 aa  398  9.999999999999999e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.351873  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0551  transcriptional regulator, XRE family  80.1 
 
 		 198 aa  331  4e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4811  XRE family transcriptional regulator  76 
 
 		 201 aa  327  9e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00213383 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  64.65 
 
 		 232 aa  271  3e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4694  XRE family transcriptional regulator  68.02 
 
 		 224 aa  271  4.0000000000000004e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.607677 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  63.32 
 
 		 225 aa  251  4.0000000000000004e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2625  transcriptional regulator, XRE family  56.06 
 
 		 217 aa  238  5e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  50.79 
 
 		 227 aa  208  4e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  50.79 
 
 		 227 aa  207  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  51.61 
 
 		 219 aa  201  6e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3301  XRE family transcriptional regulator  51.05 
 
 		 234 aa  201  8e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  51.34 
 
 		 219 aa  198  3.9999999999999996e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  46.63 
 
 		 215 aa  181  9.000000000000001e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  46.24 
 
 		 213 aa  166  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3035  XRE family transcriptional regulator  44.92 
 
 		 208 aa  164  5.9999999999999996e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.348685 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1295  XRE family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 222 aa  164  5.9999999999999996e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.419553 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5514  XRE family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 222 aa  159  2e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.388539 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0165  XRE family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 200 aa  157  1e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 198 aa  157  1e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5265  XRE family transcriptional regulator  44.32 
 
 		 219 aa  156  2e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4897  XRE family transcriptional regulator  44.32 
 
 		 219 aa  156  2e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2858  transcriptional regulator, XRE family  42.78 
 
 		 215 aa  156  2e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000622832  normal  0.0374075 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4986  XRE family transcriptional regulator  44.32 
 
 		 219 aa  156  2e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1702  transcriptional regulator, XRE family  41.49 
 
 		 218 aa  155  3e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4802  helix-turn-helix domain protein  44.33 
 
 		 233 aa  155  3e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.329061  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3469  XRE family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 197 aa  151  8e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  41.21 
 
 		 212 aa  150  2e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 220 aa  149  3e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2246  XRE family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 197 aa  148  5e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3519  transcriptional regulator, XRE family  40.33 
 
 		 210 aa  147  1.0000000000000001e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0116433 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2272  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  38.59 
 
 		 201 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.306888  normal  0.104106 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2581  DNA-binding protein  38.04 
 
 		 209 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.449808  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1987  transcriptional regulator, XRE family  39.23 
 
 		 187 aa  143  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.144245  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2247  transcriptional regulator, XRE family  40.33 
 
 		 190 aa  142  3e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2038  transcriptional regulator  40.11 
 
 		 230 aa  141  8e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.547476  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5954  transcriptional regulator, XRE family  39.78 
 
 		 187 aa  139  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1879  transcriptional regulator, XRE family  37.02 
 
 		 182 aa  139  3e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1985  transcriptional regulator, XRE family  38.3 
 
 		 190 aa  137  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.127285  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5931  transcriptional regulator, XRE family  38.83 
 
 		 190 aa  137  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5833  transcriptional regulator, XRE family  39.05 
 
 		 173 aa  135  3.0000000000000003e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4528  transcriptional regulator, XRE family  39.64 
 
 		 173 aa  135  6.0000000000000005e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4533  transcriptional regulator, XRE family  39.05 
 
 		 173 aa  133  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4828  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 173 aa  132  5e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0464638  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4562  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 173 aa  131  6.999999999999999e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 196 aa  99  4e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  35.88 
 
 		 196 aa  99  5e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 198 aa  96.3  3e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  31.1 
 
 		 188 aa  91.3  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  32.07 
 
 		 197 aa  90.9  1e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  31.1 
 
 		 188 aa  90.5  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  34.48 
 
 		 199 aa  90.1  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  34.48 
 
 		 199 aa  90.1  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 187 aa  88.6  5e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 187 aa  88.6  6e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1034  transcriptional regulator, XRE family  32.97 
 
 		 181 aa  87.4  1e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000342515  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  30.48 
 
 		 211 aa  83.2  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 187 aa  81.6  0.000000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3025  XRE family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 281 aa  81.6  0.000000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.925102 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2941  XRE family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 271 aa  81.3  0.000000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0631546  normal  0.420407 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3075  XRE family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 269 aa  81.3  0.000000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  28.42 
 
 		 188 aa  79.7  0.00000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 187 aa  79.3  0.00000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  27.95 
 
 		 189 aa  79  0.00000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  31.01 
 
 		 180 aa  78.2  0.00000000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6377  XRE family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 286 aa  78.2  0.00000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 187 aa  77  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0842  cupin 2 domain-containing protein  31.32 
 
 		 188 aa  74.7  0.0000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 204 aa  74.3  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  29.07 
 
 		 197 aa  73.2  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  28.02 
 
 		 201 aa  72.4  0.000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4838  transcriptional regulator, XRE family  28.32 
 
 		 193 aa  72.4  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0168811  hitchhiker  0.0000750229 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 292 aa  72.8  0.000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2416  XRE family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 259 aa  71.2  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3049  XRE family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 259 aa  71.2  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0258201 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3030  XRE family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 259 aa  71.2  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  26.62 
 
 		 181 aa  70.9  0.00000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0311  cupin 2 domain-containing protein  29.26 
 
 		 189 aa  70.9  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 181 aa  70.1  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0556  MerR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 189 aa  70.5  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1649  XRE family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 181 aa  70.1  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.176921  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  25.97 
 
 		 181 aa  69.7  0.00000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  26.62 
 
 		 181 aa  69.7  0.00000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 181 aa  69.7  0.00000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 176 aa  69.7  0.00000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  25.97 
 
 		 181 aa  69.7  0.00000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2318  transcriptional regulator  28.49 
 
 		 188 aa  69.7  0.00000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00466136  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  26.62 
 
 		 181 aa  69.7  0.00000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16550  predicted transcriptional regulator  33.13 
 
 		 204 aa  69.7  0.00000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.45133 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3046  transcriptional regulator  28.96 
 
 		 201 aa  69.3  0.00000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.948594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  27.61 
 
 		 188 aa  69.3  0.00000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 199 aa  68.9  0.00000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0898  XRE family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 179 aa  68.6  0.00000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  30.05 
 
 		 189 aa  68.6  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 192 aa  68.2  0.00000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4522  transcriptional regulator, XRE family  28.43 
 
 		 188 aa  68.6  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0681879  normal  0.0291061 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1039  MerR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 192 aa  67.8  0.0000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0817  transcriptional regulator, XRE family  27.68 
 
 		 184 aa  67.8  0.0000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1035  transcriptional regulator, XRE family  28.25 
 
 		 179 aa  67.8  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000017846  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>