More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_4802 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_4802  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 		 233 aa  474  1e-133  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.329061  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5514  XRE family transcriptional regulator  76.61 
 
 		 222 aa  343  2e-93  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.388539 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5265  XRE family transcriptional regulator  76.3 
 
 		 219 aa  339  2e-92  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4897  XRE family transcriptional regulator  76.3 
 
 		 219 aa  339  2e-92  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4986  XRE family transcriptional regulator  76.3 
 
 		 219 aa  339  2e-92  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1295  XRE family transcriptional regulator  77.25 
 
 		 222 aa  338  5e-92  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.419553 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2858  transcriptional regulator, XRE family  64.36 
 
 		 215 aa  248  9e-65  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000622832  normal  0.0374075 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3519  transcriptional regulator, XRE family  53.47 
 
 		 210 aa  211  5.999999999999999e-54  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0116433 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  49.46 
 
 		 215 aa  173  1.9999999999999998e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3301  XRE family transcriptional regulator  48.92 
 
 		 234 aa  173  2.9999999999999996e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  47.85 
 
 		 219 aa  172  2.9999999999999996e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  46.02 
 
 		 220 aa  172  5e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  46.84 
 
 		 227 aa  170  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  46.32 
 
 		 227 aa  167  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3035  XRE family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 208 aa  166  2.9999999999999998e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.348685 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1702  transcriptional regulator, XRE family  43.16 
 
 		 218 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  41.71 
 
 		 213 aa  161  9e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2246  XRE family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 197 aa  160  1e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0165  XRE family transcriptional regulator  42.02 
 
 		 200 aa  161  1e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  45.99 
 
 		 219 aa  160  2e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4811  XRE family transcriptional regulator  47.03 
 
 		 201 aa  156  3e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00213383 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  46.52 
 
 		 225 aa  155  3e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2242  helix-turn-helix domain-containing protein  44.33 
 
 		 201 aa  155  4e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.453871 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  41.75 
 
 		 232 aa  155  4e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2517  transcriptional regulator, XRE family  44.33 
 
 		 201 aa  155  4e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3469  XRE family transcriptional regulator  41.4 
 
 		 197 aa  154  9e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2272  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  40.31 
 
 		 201 aa  153  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.306888  normal  0.104106 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2198  transcriptional regulator, XRE family  44.21 
 
 		 201 aa  153  2e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.351873  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2581  DNA-binding protein  39.58 
 
 		 209 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.449808  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2625  transcriptional regulator, XRE family  41.59 
 
 		 217 aa  148  8e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 198 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4694  XRE family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 224 aa  145  5e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.607677 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2038  transcriptional regulator  41.57 
 
 		 230 aa  144  1e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.547476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  42.05 
 
 		 212 aa  143  3e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0551  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 198 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1987  transcriptional regulator, XRE family  37.02 
 
 		 187 aa  101  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.144245  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1879  transcriptional regulator, XRE family  32.18 
 
 		 182 aa  97.8  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2247  transcriptional regulator, XRE family  36.31 
 
 		 190 aa  96.3  4e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5954  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 187 aa  95.9  5e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1985  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 190 aa  95.1  8e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.127285  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4533  transcriptional regulator, XRE family  38.18 
 
 		 173 aa  93.6  3e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4562  transcriptional regulator, XRE family  37.58 
 
 		 173 aa  92.8  4e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5931  transcriptional regulator, XRE family  35.91 
 
 		 190 aa  92  6e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  30.95 
 
 		 188 aa  91.3  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4528  transcriptional regulator, XRE family  37.58 
 
 		 173 aa  91.3  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  30.95 
 
 		 188 aa  90.9  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4828  transcriptional regulator, XRE family  37.35 
 
 		 173 aa  89.4  5e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0464638  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5833  transcriptional regulator, XRE family  36.97 
 
 		 173 aa  88.2  9e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 187 aa  86.3  4e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 187 aa  85.9  5e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  29.57 
 
 		 197 aa  85.1  9e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 187 aa  84  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0108  transcriptional regulator, XRE family  33.52 
 
 		 186 aa  82.4  0.000000000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  28.04 
 
 		 196 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  27.86 
 
 		 199 aa  80.1  0.00000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  27.86 
 
 		 199 aa  80.1  0.00000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 198 aa  77.4  0.0000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 196 aa  76.3  0.0000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  28.57 
 
 		 188 aa  74.7  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 187 aa  74.3  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3096  transcriptional regulator, XRE family  25.44 
 
 		 192 aa  73.6  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00124629  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 187 aa  74.3  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1642  XRE family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 186 aa  71.6  0.000000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.065261  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  30.43 
 
 		 188 aa  71.2  0.00000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4522  transcriptional regulator, XRE family  30.1 
 
 		 188 aa  71.6  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0681879  normal  0.0291061 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 176 aa  71.6  0.00000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  28.49 
 
 		 180 aa  70.5  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0992  cupin 2 domain-containing protein  29.9 
 
 		 186 aa  70.5  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00214756  normal  0.392819 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  24.86 
 
 		 189 aa  70.1  0.00000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0817  transcriptional regulator, XRE family  31.11 
 
 		 184 aa  69.3  0.00000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4838  transcriptional regulator, XRE family  26.06 
 
 		 193 aa  69.3  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0168811  hitchhiker  0.0000750229 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4678  MerR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 276 aa  68.9  0.00000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.825044  normal  0.111013 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 204 aa  68.9  0.00000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 212 aa  68.9  0.00000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2614  transcriptional regulator  29.82 
 
 		 248 aa  68.6  0.00000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.325655  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  31.05 
 
 		 189 aa  68.2  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4610  XRE family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 252 aa  68.2  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.985679  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1034  transcriptional regulator, XRE family  27.68 
 
 		 181 aa  67.4  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000342515  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  27.55 
 
 		 201 aa  67  0.0000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 199 aa  66.2  0.0000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2171  transcriptional regulator  29.73 
 
 		 184 aa  65.9  0.0000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.809699 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  25.67 
 
 		 197 aa  65.9  0.0000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0115  transcriptional regulatory protein  26.8 
 
 		 194 aa  64.7  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1468  transcriptional regulator, XRE family  27.53 
 
 		 182 aa  63.9  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0100935  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0154  XRE family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 182 aa  63.9  0.000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  28.22 
 
 		 211 aa  63.5  0.000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1709  transcriptional regulator, XRE family  29.1 
 
 		 193 aa  63.2  0.000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3309  XRE family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 209 aa  62.8  0.000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6377  XRE family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 286 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0477  XRE family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 204 aa  62.4  0.000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.566181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0552  transcriptional regulator  25.14 
 
 		 183 aa  62.4  0.000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0032692  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2318  transcriptional regulator  28.33 
 
 		 188 aa  62.4  0.000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00466136  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1655  helix-turn-helix domain protein  23.81 
 
 		 194 aa  61.6  0.000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000652652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4448  XRE family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 193 aa  61.6  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0311191  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  31.65 
 
 		 201 aa  61.6  0.00000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5158  transcriptional regulator, XRE family  46.27 
 
 		 198 aa  61.6  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.503819  normal  0.690311 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2601  XRE family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 203 aa  61.6  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.512754  hitchhiker  0.000000366247 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0587  cupin 2 domain-containing protein  29.12 
 
 		 184 aa  60.5  0.00000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2941  XRE family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 271 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0631546  normal  0.420407 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17550  putative transcriptional regulator with cupin domain  29.69 
 
 		 200 aa  60.5  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0466174  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>