More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_0552 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_0552  transcriptional regulator  100 
 
 		 183 aa  372  1e-102  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0032692  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0495  transcriptional regulator, XRE family  67.93 
 
 		 184 aa  260  6e-69  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0154  XRE family transcriptional regulator  55.19 
 
 		 182 aa  213  8e-55  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1398  XRE family transcriptional regulator  54.89 
 
 		 184 aa  214  8e-55  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.365461  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0316  cupin 2 domain-containing protein  53.8 
 
 		 184 aa  212  1.9999999999999998e-54  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0521  cupin 2 domain-containing protein  53.8 
 
 		 184 aa  212  2.9999999999999995e-54  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2171  transcriptional regulator  54.35 
 
 		 184 aa  209  2e-53  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.809699 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1243  transcriptional regulator  52.17 
 
 		 184 aa  208  3e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0609  cupin sensor transcriptional regulator  53.8 
 
 		 184 aa  204  5e-52  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.176567  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0587  cupin 2 domain-containing protein  51.63 
 
 		 184 aa  202  2e-51  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0817  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 184 aa  177  5.999999999999999e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0108  transcriptional regulator, XRE family  43.26 
 
 		 186 aa  170  9e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1468  transcriptional regulator, XRE family  46.99 
 
 		 182 aa  170  1e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0100935  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2318  transcriptional regulator  40.33 
 
 		 188 aa  159  3e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00466136  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17340  cupin domain-containing protein  40.22 
 
 		 186 aa  152  2e-36  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.224659  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0002  transcriptional regulator, XRE family  41.24 
 
 		 184 aa  152  2e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.138514 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0992  cupin 2 domain-containing protein  40.11 
 
 		 186 aa  149  2e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00214756  normal  0.392819 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1702  transcriptional regulator, XRE family  40.66 
 
 		 183 aa  143  1e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07930  cupin domain-containing protein  39.04 
 
 		 194 aa  134  6.0000000000000005e-31  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.211936  normal  0.409576 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1709  transcriptional regulator, XRE family  36.56 
 
 		 193 aa  132  3.9999999999999996e-30  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17550  putative transcriptional regulator with cupin domain  37.1 
 
 		 200 aa  125  4.0000000000000003e-28  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0466174  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 187 aa  107  1e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 187 aa  103  1e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  34.62 
 
 		 188 aa  102  2e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  34.62 
 
 		 188 aa  102  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 187 aa  102  3e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 187 aa  101  7e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5954  transcriptional regulator, XRE family  30.94 
 
 		 187 aa  95.5  3e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  31.32 
 
 		 188 aa  95.1  4e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2247  transcriptional regulator, XRE family  30.39 
 
 		 190 aa  93.2  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1985  transcriptional regulator, XRE family  29.83 
 
 		 190 aa  91.3  7e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.127285  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5931  transcriptional regulator, XRE family  28.49 
 
 		 190 aa  90.5  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1987  transcriptional regulator, XRE family  29.83 
 
 		 187 aa  89.4  3e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.144245  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 187 aa  88.2  5e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1879  transcriptional regulator, XRE family  32.2 
 
 		 182 aa  87.8  7e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5833  transcriptional regulator, XRE family  31.14 
 
 		 173 aa  87  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4562  transcriptional regulator, XRE family  31.14 
 
 		 173 aa  85.5  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4528  transcriptional regulator, XRE family  30.54 
 
 		 173 aa  85.1  5e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4828  transcriptional regulator, XRE family  30.54 
 
 		 173 aa  85.1  5e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0464638  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1110  Phosphate butyryltransferase  29.21 
 
 		 503 aa  84.7  6e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4533  transcriptional regulator, XRE family  30.54 
 
 		 173 aa  82.8  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3035  XRE family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 208 aa  82.4  0.000000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.348685 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1444  cupin 2 domain-containing protein  31.58 
 
 		 192 aa  82.4  0.000000000000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  27.47 
 
 		 196 aa  81.6  0.000000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09060  predicted transcriptional regulator  26.98 
 
 		 192 aa  81.3  0.000000000000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.391815  normal  0.265834 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1819  transcriptional regulator, XRE family  27.17 
 
 		 191 aa  80.9  0.000000000000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0201582  normal  0.3413 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3151  Cupin 2 conserved barrel domain protein  27.27 
 
 		 503 aa  80.9  0.00000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 204 aa  79.3  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1039  MerR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 192 aa  78.6  0.00000000000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02750  putative transcriptional regulator  30.11 
 
 		 179 aa  78.6  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.549892  normal  0.0746214 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0325  XRE family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 192 aa  77.8  0.00000000000007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0311  putative transcriptional regulator  30.68 
 
 		 179 aa  78.2  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  27.75 
 
 		 197 aa  77.4  0.0000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  28.02 
 
 		 232 aa  77  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0402  transcriptional regulator, XRE family  28.8 
 
 		 189 aa  76.3  0.0000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.699228  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  28.89 
 
 		 192 aa  76.3  0.0000000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.494606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0556  MerR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 189 aa  75.9  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0311  cupin 2 domain-containing protein  25.14 
 
 		 189 aa  75.9  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 192 aa  74.3  0.0000000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  28.96 
 
 		 219 aa  74.3  0.0000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  30.39 
 
 		 212 aa  74.3  0.0000000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  29.51 
 
 		 227 aa  73.9  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  28.42 
 
 		 227 aa  72.8  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0165  XRE family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 200 aa  73.6  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2327  transcriptional regulator, XRE family  27.47 
 
 		 189 aa  73.2  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  27.84 
 
 		 211 aa  73.2  0.000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2625  transcriptional regulator, XRE family  27.78 
 
 		 217 aa  73.2  0.000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1702  transcriptional regulator, XRE family  29.03 
 
 		 218 aa  72.4  0.000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  27.61 
 
 		 180 aa  71.6  0.000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 213 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 198 aa  70.9  0.00000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4811  XRE family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 201 aa  70.5  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00213383 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  23.6 
 
 		 212 aa  70.5  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3046  transcriptional regulator  26.11 
 
 		 201 aa  70.5  0.00000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.948594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  24.86 
 
 		 225 aa  70.5  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  26.02 
 
 		 199 aa  69.7  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3404  cupin 2 domain-containing protein  24.86 
 
 		 215 aa  70.1  0.00000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.14 
 
 		 189 aa  69.7  0.00000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0474  XRE family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 192 aa  69.7  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.554508  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  26.02 
 
 		 199 aa  68.9  0.00000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  30.67 
 
 		 192 aa  68.6  0.00000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2601  XRE family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 203 aa  68.6  0.00000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.512754  hitchhiker  0.000000366247 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3886  XRE family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 210 aa  68.6  0.00000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2591  XRE family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 180 aa  68.2  0.00000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2356  transcriptional regulator, XRE family  25.41 
 
 		 188 aa  67.8  0.00000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.190302 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 219 aa  68.2  0.00000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1806  transcriptional regulator, XRE family  30 
 
 		 181 aa  67.8  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2148  DNA-binding protein, putative  30 
 
 		 181 aa  67.8  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2028  transcriptional regulator, XRE family  26.52 
 
 		 194 aa  67.8  0.00000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.165285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 220 aa  67.8  0.00000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3125  Cro/CI family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 180 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.888864  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2581  DNA-binding protein  28.25 
 
 		 209 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.449808  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2278  MerR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 273 aa  67  0.0000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.408305  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0661  MerR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 192 aa  67  0.0000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  28.41 
 
 		 175 aa  67  0.0000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  25.42 
 
 		 182 aa  67  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5085  XRE family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 251 aa  66.2  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00667568  normal  0.553791 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  27.75 
 
 		 197 aa  66.6  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6754  transcriptional regulator, XRE family  26.37 
 
 		 210 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36173  normal  0.846385 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  27.17 
 
 		 215 aa  65.9  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>