More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4110 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 212 aa  428  1e-119  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  49.43 
 
 		 182 aa  157  1e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  46.29 
 
 		 180 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0805  DNA-binding protein  47.73 
 
 		 224 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.602444  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  46.29 
 
 		 180 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  46.29 
 
 		 180 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  45.71 
 
 		 180 aa  145  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  45.14 
 
 		 180 aa  145  5e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  45.14 
 
 		 180 aa  145  6e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1162  DNA-binding protein  44.89 
 
 		 187 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1008  DNA-binding protein  44.89 
 
 		 187 aa  137  7.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1001  DNA-binding protein  44.89 
 
 		 187 aa  137  7.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1956  DNA-binding protein  44.32 
 
 		 187 aa  134  9e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0281  DNA-binding protein  44.32 
 
 		 187 aa  134  9e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0958  DNA-binding protein  44.32 
 
 		 187 aa  134  9e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.704462  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0867  DNA-binding protein  44.32 
 
 		 187 aa  134  9e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1309  transcriptional regulator  42.94 
 
 		 180 aa  119  3e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02750  putative transcriptional regulator  44.25 
 
 		 179 aa  115  6e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.549892  normal  0.0746214 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0450  XRE family transcriptional regulator  39.43 
 
 		 180 aa  114  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0311  putative transcriptional regulator  43.68 
 
 		 179 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2732  XRE family transcriptional regulator  41.14 
 
 		 180 aa  109  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2591  XRE family transcriptional regulator  42.13 
 
 		 180 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 204 aa  108  5e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3125  Cro/CI family transcriptional regulator  41.14 
 
 		 180 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.888864  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.95 
 
 		 189 aa  105  6e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 192 aa  102  4e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 187 aa  99.4  4e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3309  XRE family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 209 aa  98.6  6e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 187 aa  98.6  7e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 187 aa  94.7  8e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0869  XRE family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 209 aa  94  1e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0888  transcriptional regulator, XRE family  32.22 
 
 		 179 aa  93.6  2e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  28.79 
 
 		 196 aa  93.6  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  31.41 
 
 		 188 aa  92.4  5e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  31.41 
 
 		 188 aa  91.7  8e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  27.78 
 
 		 199 aa  91.3  9e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 196 aa  90.9  1e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  28.87 
 
 		 192 aa  91.3  1e-17  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.494606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1444  cupin 2 domain-containing protein  28.72 
 
 		 192 aa  91.3  1e-17  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1668  transcriptional regulator, XRE family  30.21 
 
 		 188 aa  90.9  1e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.580406  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  27.78 
 
 		 199 aa  91.3  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 176 aa  90.9  1e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  30.94 
 
 		 188 aa  90.5  2e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 198 aa  90.5  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 181 aa  89.7  3e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 204 aa  89.7  3e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1039  MerR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 192 aa  89.7  3e-17  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 179 aa  89.7  3e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0474  XRE family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 192 aa  89.4  4e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.554508  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3046  transcriptional regulator  31.35 
 
 		 201 aa  88.6  7e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.948594  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 199 aa  88.2  8e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 181 aa  87.4  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 187 aa  87.8  1e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 199 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 187 aa  87  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1555  putative transcriptional regulator  34.03 
 
 		 208 aa  87  2e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.602269  normal  0.341998 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0556  MerR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 189 aa  87  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  28.65 
 
 		 212 aa  87  2e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0661  MerR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 192 aa  86.7  2e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  27.66 
 
 		 188 aa  87  2e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 181 aa  87  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2327  transcriptional regulator, XRE family  31.09 
 
 		 189 aa  86.3  3e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0062  transcriptional regulator  31.02 
 
 		 211 aa  86.3  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0325  XRE family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 192 aa  86.3  4e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 191 aa  85.9  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2046  XRE family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 205 aa  85.9  4e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.298774  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 199 aa  85.5  6e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4448  XRE family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 193 aa  85.5  6e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0311191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 220 aa  85.1  6e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0898  XRE family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 179 aa  84.3  0.000000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2094  transcriptional regulator Cro/CI family protein  29.44 
 
 		 188 aa  84.7  0.000000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 178 aa  84  0.000000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1457  transcriptional regulator  28.96 
 
 		 188 aa  83.6  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.96188e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2314  XRE family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 208 aa  83.2  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.059917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2909  MerR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 292 aa  83.2  0.000000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0165  XRE family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 200 aa  83.6  0.000000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6084  XRE family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 234 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.207069 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16550  predicted transcriptional regulator  32.69 
 
 		 204 aa  82.8  0.000000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.45133 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0002  transcriptional regulator, XRE family  31.28 
 
 		 184 aa  82.8  0.000000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.138514 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  25.41 
 
 		 197 aa  82.4  0.000000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0277  XRE family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 204 aa  82.4  0.000000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.128046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2318  transcriptional regulator  28.49 
 
 		 188 aa  82  0.000000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00466136  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 213 aa  81.6  0.000000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0311  cupin 2 domain-containing protein  27.42 
 
 		 189 aa  81.6  0.000000000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 219 aa  81.3  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4439  transcriptional regulator, XRE family  28.72 
 
 		 190 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 182 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8701  transcriptional regulator, XRE family  30.06 
 
 		 200 aa  81.3  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.257362 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1806  transcriptional regulator, XRE family  29.05 
 
 		 181 aa  80.9  0.00000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2148  DNA-binding protein, putative  29.05 
 
 		 181 aa  80.9  0.00000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2578  transcriptional regulator, XRE family  35.15 
 
 		 182 aa  80.9  0.00000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  27.46 
 
 		 236 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  28.11 
 
 		 197 aa  80.9  0.00000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 189 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1306  transcriptional regulator, XRE family  27.81 
 
 		 170 aa  80.5  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000237827 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4610  XRE family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 252 aa  80.5  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.985679  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1906  XRE family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 210 aa  80.1  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2919  transcriptional regulator, XRE family  27.81 
 
 		 170 aa  80.5  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  30.3 
 
 		 197 aa  80.1  0.00000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 193 aa  79.3  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0174683 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>