More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4610 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4610  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 252 aa  513  1.0000000000000001e-145  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.985679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4798  transcriptional regulator  46.77 
 
 		 222 aa  166  5e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.124269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3309  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 209 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1430  XRE family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 259 aa  143  3e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00776927 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1466  XRE family transcriptional regulator  38.17 
 
 		 206 aa  142  5e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.609185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1906  XRE family transcriptional regulator  39.01 
 
 		 210 aa  135  6.0000000000000005e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2769  XRE family transcriptional regulator  40.31 
 
 		 276 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2314  XRE family transcriptional regulator  39.11 
 
 		 208 aa  130  2.0000000000000002e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.059917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3886  XRE family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 210 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6754  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 210 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36173  normal  0.846385 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3227  transcriptional regulator  39.01 
 
 		 201 aa  128  9.000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.792428  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05970  hypothetical protein  35.33 
 
 		 207 aa  126  4.0000000000000003e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000231  predicted transcriptional regulator  35.33 
 
 		 207 aa  125  7e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1555  putative transcriptional regulator  38.17 
 
 		 208 aa  124  1e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.602269  normal  0.341998 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1345  XRE family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 209 aa  123  3e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200207  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5469  XRE family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 215 aa  122  4e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0381278  normal  0.011752 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0763  putative DNA-binding protein  36.41 
 
 		 215 aa  122  5e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0950  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 207 aa  122  7e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7013  transcriptional regulator  37.84 
 
 		 150 aa  122  7e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2601  XRE family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 203 aa  122  8e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.512754  hitchhiker  0.000000366247 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0062  transcriptional regulator  34.8 
 
 		 211 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2727  DNA-binding transcriptional regulator  35.52 
 
 		 208 aa  118  7.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.118237 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4037  DNA-binding protein  34.62 
 
 		 199 aa  115  8.999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3843  DNA-binding protein  36.81 
 
 		 209 aa  114  1.0000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2483  DNA-binding protein  33.52 
 
 		 198 aa  113  3e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4870  XRE family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 211 aa  106  3e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.523431 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8486  transcriptional regulator, XRE family  33.52 
 
 		 204 aa  105  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0168  XRE family transcriptional regulator  29 
 
 		 227 aa  103  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5085  XRE family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 251 aa  101  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00667568  normal  0.553791 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1559  transcriptional regulator, XRE family  33 
 
 		 262 aa  99.8  4e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0477  XRE family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 204 aa  93.2  4e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.566181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1469  XRE family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 201 aa  85.5  8e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.978322 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1227  transcriptional regulator  30.23 
 
 		 220 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.222447  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 204 aa  83.6  0.000000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1876  XRE family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 197 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3046  transcriptional regulator  35.64 
 
 		 201 aa  82.8  0.000000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.948594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  31.35 
 
 		 192 aa  82.4  0.000000000000006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.494606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2007  DNA-binding protein  31.18 
 
 		 205 aa  82.4  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  36.17 
 
 		 215 aa  80.9  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 212 aa  80.5  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2245  Cro/CI family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 197 aa  79.7  0.00000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.492638  normal  0.683994 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3493  XRE family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 197 aa  79.7  0.00000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.499359  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  31.55 
 
 		 197 aa  79.7  0.00000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 220 aa  79  0.00000000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1039  MerR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 192 aa  78.2  0.0000000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0325  XRE family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 192 aa  77.4  0.0000000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0661  MerR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 192 aa  77.8  0.0000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0450  XRE family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 180 aa  77.8  0.0000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 213 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 192 aa  74.3  0.000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1444  cupin 2 domain-containing protein  27.66 
 
 		 192 aa  73.6  0.000000000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.33 
 
 		 189 aa  73.6  0.000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 187 aa  73.2  0.000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  30.69 
 
 		 199 aa  73.2  0.000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  30.69 
 
 		 199 aa  72.8  0.000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5514  XRE family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 222 aa  72.4  0.000000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.388539 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 219 aa  72.4  0.000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 196 aa  71.2  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  32.02 
 
 		 188 aa  71.6  0.00000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1295  XRE family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 222 aa  71.6  0.00000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.419553 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  27.98 
 
 		 197 aa  71.2  0.00000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0925  transcriptional regulator, XRE family  32.93 
 
 		 205 aa  71.2  0.00000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  29.89 
 
 		 196 aa  70.1  0.00000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 176 aa  70.5  0.00000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4027  transcriptional regulator, MerR family  31.72 
 
 		 269 aa  69.7  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0609  cupin sensor transcriptional regulator  27.59 
 
 		 184 aa  69.7  0.00000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.176567  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  31.91 
 
 		 227 aa  69.7  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 187 aa  69.7  0.00000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  31.38 
 
 		 227 aa  69.3  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 187 aa  68.9  0.00000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2278  MerR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 273 aa  68.6  0.00000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.408305  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0154  XRE family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 182 aa  68.6  0.00000000009  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4802  helix-turn-helix domain protein  30.11 
 
 		 233 aa  68.2  0.0000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.329061  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  31.22 
 
 		 219 aa  68.2  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4357  transcriptional regulator, MerR family  32.26 
 
 		 269 aa  67.8  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00580847 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5265  XRE family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 219 aa  66.6  0.0000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4678  MerR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 276 aa  67  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.825044  normal  0.111013 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 180 aa  67  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 198 aa  66.6  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3261  XRE family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 190 aa  67  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.957848  normal  0.179215 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4897  XRE family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 219 aa  66.6  0.0000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0869  XRE family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 209 aa  67  0.0000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4986  XRE family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 219 aa  66.6  0.0000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2999  transcriptional regulator, XRE family  31.84 
 
 		 200 aa  66.2  0.0000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.290253  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 182 aa  66.2  0.0000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 187 aa  66.2  0.0000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 180 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 180 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2158  XRE family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 239 aa  65.5  0.0000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.233392  normal  0.181964 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 180 aa  65.5  0.0000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 180 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2356  transcriptional regulator, XRE family  28.33 
 
 		 188 aa  65.5  0.0000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.190302 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 182 aa  64.7  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  32.09 
 
 		 182 aa  65.1  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  30.89 
 
 		 182 aa  64.7  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  28.42 
 
 		 188 aa  65.1  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  30.37 
 
 		 182 aa  64.7  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 180 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  30.37 
 
 		 182 aa  64.7  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  30.37 
 
 		 182 aa  64.7  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>