More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0950 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009456  VC0395_0950  transcriptional regulator  100 
 
 		 207 aa  427  1e-119  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05970  hypothetical protein  86.47 
 
 		 207 aa  380  1e-105  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000231  predicted transcriptional regulator  85.99 
 
 		 207 aa  377  1e-104  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2727  DNA-binding transcriptional regulator  74.5 
 
 		 208 aa  326  1.0000000000000001e-88  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.118237 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0763  putative DNA-binding protein  73.04 
 
 		 215 aa  317  1e-85  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3843  DNA-binding protein  64.9 
 
 		 209 aa  277  6e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4037  DNA-binding protein  63.64 
 
 		 199 aa  255  3e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2601  XRE family transcriptional regulator  60.3 
 
 		 203 aa  253  1.0000000000000001e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.512754  hitchhiker  0.000000366247 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1906  XRE family transcriptional regulator  63.44 
 
 		 210 aa  253  2.0000000000000002e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2483  DNA-binding protein  59.9 
 
 		 198 aa  251  6e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1555  putative transcriptional regulator  58.91 
 
 		 208 aa  250  8.000000000000001e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.602269  normal  0.341998 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1345  XRE family transcriptional regulator  54.59 
 
 		 209 aa  227  8e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2314  XRE family transcriptional regulator  53.23 
 
 		 208 aa  223  2e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.059917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3227  transcriptional regulator  57.54 
 
 		 201 aa  223  2e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.792428  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3886  XRE family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 210 aa  192  3e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6754  transcriptional regulator, XRE family  49.15 
 
 		 210 aa  192  4e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36173  normal  0.846385 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2769  XRE family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 276 aa  190  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3309  XRE family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 209 aa  161  6e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8486  transcriptional regulator, XRE family  38.02 
 
 		 204 aa  151  5e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4870  XRE family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 211 aa  146  2.0000000000000003e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.523431 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1466  XRE family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 206 aa  137  8.999999999999999e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.609185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1430  XRE family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 259 aa  136  3.0000000000000003e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00776927 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4798  transcriptional regulator  37.99 
 
 		 222 aa  133  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.124269  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7013  transcriptional regulator  40.56 
 
 		 150 aa  127  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4610  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 252 aa  122  5e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.985679  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0062  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 211 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5469  XRE family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 215 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0381278  normal  0.011752 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2158  XRE family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 239 aa  116  3e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.233392  normal  0.181964 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1559  transcriptional regulator, XRE family  33.7 
 
 		 262 aa  107  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5085  XRE family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 251 aa  101  8e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00667568  normal  0.553791 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2007  DNA-binding protein  30.48 
 
 		 205 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0168  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 227 aa  100  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1469  XRE family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 201 aa  98.6  5e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.978322 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 196 aa  97.8  9e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 187 aa  97.8  1e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1876  XRE family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 197 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2245  Cro/CI family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 197 aa  95.9  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.492638  normal  0.683994 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 198 aa  95.9  3e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3493  XRE family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 197 aa  95.9  4e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.499359  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 187 aa  95.1  6e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  34.55 
 
 		 197 aa  95.1  7e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 187 aa  94.7  9e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  30.69 
 
 		 188 aa  91.3  1e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  33.16 
 
 		 196 aa  90.1  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.05 
 
 		 189 aa  89.4  3e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  31.63 
 
 		 199 aa  89.4  3e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  32.65 
 
 		 199 aa  89.7  3e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  30.65 
 
 		 188 aa  89.7  3e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  29.57 
 
 		 188 aa  89.4  4e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 187 aa  87.8  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 187 aa  85.9  4e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 204 aa  85.9  4e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1227  transcriptional regulator  30.6 
 
 		 220 aa  85.5  5e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.222447  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  36.16 
 
 		 182 aa  82  0.000000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  29.03 
 
 		 197 aa  78.2  0.00000000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 180 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 180 aa  75.1  0.0000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 191 aa  75.1  0.0000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 180 aa  75.1  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1162  DNA-binding protein  32.79 
 
 		 187 aa  74.7  0.0000000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1001  DNA-binding protein  32.42 
 
 		 187 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0805  DNA-binding protein  32.97 
 
 		 224 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.602444  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0477  XRE family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 204 aa  73.6  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.566181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 180 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1008  DNA-binding protein  32.42 
 
 		 187 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 180 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 180 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 178 aa  73.2  0.000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 212 aa  72.4  0.000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 176 aa  72.8  0.000000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  24.31 
 
 		 188 aa  72.4  0.000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  27.78 
 
 		 175 aa  72  0.000000000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 191 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 191 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 191 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0281  DNA-binding protein  31.87 
 
 		 187 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0958  DNA-binding protein  31.87 
 
 		 187 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.704462  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1956  DNA-binding protein  31.87 
 
 		 187 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  26.14 
 
 		 192 aa  70.1  0.00000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0867  DNA-binding protein  31.87 
 
 		 187 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 198 aa  69.7  0.00000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  29.95 
 
 		 212 aa  69.3  0.00000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  28.73 
 
 		 227 aa  68.9  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0450  XRE family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 180 aa  68.9  0.00000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 192 aa  68.6  0.00000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3151  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.96 
 
 		 503 aa  68.2  0.00000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1668  transcriptional regulator, XRE family  28.8 
 
 		 188 aa  68.2  0.00000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.580406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  26 
 
 		 236 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1110  Phosphate butyryltransferase  29.44 
 
 		 503 aa  67.8  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  27.32 
 
 		 179 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  27.32 
 
 		 179 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  28.18 
 
 		 227 aa  66.6  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2327  transcriptional regulator, XRE family  27.42 
 
 		 189 aa  67.4  0.0000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  27.32 
 
 		 179 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  26.5 
 
 		 236 aa  67  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5320  XRE family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 182 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.8166  normal  0.310919 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  27.32 
 
 		 179 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  27.32 
 
 		 179 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5178  XRE family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 199 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  0.155373 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  27.32 
 
 		 179 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>