More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1430 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1430  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 259 aa  536  1e-151  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00776927 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4798  transcriptional regulator  44.1 
 
 		 222 aa  176  2e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.124269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1466  XRE family transcriptional regulator  43.52 
 
 		 206 aa  169  6e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.609185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1906  XRE family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 210 aa  150  1e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3227  transcriptional regulator  41.15 
 
 		 201 aa  148  7e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.792428  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3886  XRE family transcriptional regulator  41.88 
 
 		 210 aa  148  8e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2769  XRE family transcriptional regulator  40.53 
 
 		 276 aa  146  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3309  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 209 aa  145  7.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6754  transcriptional regulator, XRE family  40.1 
 
 		 210 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36173  normal  0.846385 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4610  XRE family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 252 aa  143  3e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.985679  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2314  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 208 aa  139  3e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.059917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1555  putative transcriptional regulator  37.1 
 
 		 208 aa  139  6e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.602269  normal  0.341998 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1345  XRE family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 209 aa  138  8.999999999999999e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0950  transcriptional regulator  34.34 
 
 		 207 aa  136  4e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05970  hypothetical protein  36.02 
 
 		 207 aa  135  9e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3843  DNA-binding protein  39.13 
 
 		 209 aa  134  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000231  predicted transcriptional regulator  36.02 
 
 		 207 aa  134  9.999999999999999e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0062  transcriptional regulator  38.02 
 
 		 211 aa  132  6e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0763  putative DNA-binding protein  36.79 
 
 		 215 aa  132  6.999999999999999e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2727  DNA-binding transcriptional regulator  36.96 
 
 		 208 aa  130  3e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.118237 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2483  DNA-binding protein  35.48 
 
 		 198 aa  129  6e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4037  DNA-binding protein  34.41 
 
 		 199 aa  129  6e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2601  XRE family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 203 aa  127  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.512754  hitchhiker  0.000000366247 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1559  transcriptional regulator, XRE family  34.02 
 
 		 262 aa  117  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8486  transcriptional regulator, XRE family  34.07 
 
 		 204 aa  115  6e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5085  XRE family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 251 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00667568  normal  0.553791 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5469  XRE family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 215 aa  112  5e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0381278  normal  0.011752 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7013  transcriptional regulator  36.24 
 
 		 150 aa  112  5e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0168  XRE family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 227 aa  104  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1227  transcriptional regulator  31.71 
 
 		 220 aa  102  7e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.222447  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1469  XRE family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 201 aa  102  7e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.978322 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4870  XRE family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 211 aa  102  8e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.523431 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0477  XRE family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 204 aa  101  9e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.566181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2007  DNA-binding protein  32.57 
 
 		 205 aa  101  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1876  XRE family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 197 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2245  Cro/CI family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 197 aa  89.4  6e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.492638  normal  0.683994 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3493  XRE family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 197 aa  89  7e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.499359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2158  XRE family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 239 aa  88.2  1e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.233392  normal  0.181964 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 180 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 180 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 204 aa  74.3  0.000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  25.53 
 
 		 180 aa  73.6  0.000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 198 aa  73.6  0.000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  28.04 
 
 		 197 aa  73.6  0.000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 196 aa  73.2  0.000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 180 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 180 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 180 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 180 aa  72.4  0.000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  29.26 
 
 		 182 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1091  XRE family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 182 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.158888  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 208 aa  70.1  0.00000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 208 aa  70.1  0.00000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 208 aa  70.1  0.00000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1956  DNA-binding protein  26.88 
 
 		 187 aa  69.3  0.00000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0958  DNA-binding protein  26.88 
 
 		 187 aa  69.3  0.00000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.704462  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1001  DNA-binding protein  26.88 
 
 		 187 aa  69.3  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0867  DNA-binding protein  26.88 
 
 		 187 aa  69.3  0.00000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0281  DNA-binding protein  26.88 
 
 		 187 aa  69.3  0.00000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  28.43 
 
 		 196 aa  69.7  0.00000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1008  DNA-binding protein  26.88 
 
 		 187 aa  69.3  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1162  DNA-binding protein  26.88 
 
 		 187 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 182 aa  68.9  0.00000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0609  cupin sensor transcriptional regulator  26.56 
 
 		 184 aa  68.9  0.00000000007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.176567  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 182 aa  68.9  0.00000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0805  DNA-binding protein  25.76 
 
 		 224 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.602444  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2171  transcriptional regulator  27.08 
 
 		 184 aa  68.2  0.0000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.809699 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  25.67 
 
 		 199 aa  67.8  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  27.18 
 
 		 197 aa  67.4  0.0000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  25.67 
 
 		 199 aa  67.8  0.0000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1243  transcriptional regulator  26.32 
 
 		 184 aa  67  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1058  XRE family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 184 aa  65.9  0.0000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 182 aa  65.5  0.0000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 187 aa  64.7  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  27.23 
 
 		 227 aa  64.7  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3261  XRE family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 190 aa  65.1  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.957848  normal  0.179215 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 187 aa  64.3  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5086  putative transcriptional regulator, XRE family  26.8 
 
 		 192 aa  64.3  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  26.6 
 
 		 182 aa  64.7  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  26.6 
 
 		 182 aa  64.7  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 182 aa  64.7  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  26.6 
 
 		 182 aa  64.7  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0154  XRE family transcriptional regulator  24.21 
 
 		 182 aa  63.9  0.000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5358  putative transcriptional regulator, XRE family  25.91 
 
 		 201 aa  64.3  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.406538  normal  0.655587 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1566  transcriptional regulator, XRE family  26.09 
 
 		 202 aa  63.9  0.000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0862847 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5320  XRE family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 182 aa  63.2  0.000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.8166  normal  0.310919 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1035  transcriptional regulator, XRE family  27.04 
 
 		 179 aa  63.2  0.000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000017846  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3301  XRE family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 234 aa  63.2  0.000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0202  XRE family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 182 aa  63.2  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.614203  hitchhiker  0.00167713 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 187 aa  62.4  0.000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5178  XRE family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 199 aa  62.4  0.000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  0.155373 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 219 aa  62.4  0.000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5268  Cro/CI family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 182 aa  62  0.000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  25.65 
 
 		 188 aa  62.4  0.000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  24.32 
 
 		 219 aa  62.4  0.000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  25.65 
 
 		 188 aa  62  0.000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  27.23 
 
 		 192 aa  61.2  0.00000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4694  XRE family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 224 aa  61.2  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.607677 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0552  transcriptional regulator  26.84 
 
 		 183 aa  61.2  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0032692  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  27.13 
 
 		 189 aa  60.1  0.00000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>