More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2158 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2158  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 239 aa  486  1e-136  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.233392  normal  0.181964 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05970  hypothetical protein  39.68 
 
 		 207 aa  150  1e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000231  predicted transcriptional regulator  40 
 
 		 207 aa  150  2e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0950  transcriptional regulator  39.44 
 
 		 207 aa  141  7e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3843  DNA-binding protein  42.05 
 
 		 209 aa  139  3e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0763  putative DNA-binding protein  39.36 
 
 		 215 aa  140  3e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3227  transcriptional regulator  38.95 
 
 		 201 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.792428  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2727  DNA-binding transcriptional regulator  36.51 
 
 		 208 aa  139  4.999999999999999e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.118237 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3309  XRE family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 209 aa  135  4e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2601  XRE family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 203 aa  133  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.512754  hitchhiker  0.000000366247 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1345  XRE family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 209 aa  132  6e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1555  putative transcriptional regulator  39.78 
 
 		 208 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.602269  normal  0.341998 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1906  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 210 aa  128  8.000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2314  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 208 aa  126  3e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.059917  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4037  DNA-binding protein  36.67 
 
 		 199 aa  122  4e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2483  DNA-binding protein  37.43 
 
 		 198 aa  122  5e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4798  transcriptional regulator  37.97 
 
 		 222 aa  118  7e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.124269  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7013  transcriptional regulator  39.58 
 
 		 150 aa  112  4.0000000000000004e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1430  XRE family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 259 aa  109  4.0000000000000004e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00776927 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0062  transcriptional regulator  35.39 
 
 		 211 aa  104  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1466  XRE family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 206 aa  104  1e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.609185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4870  XRE family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 211 aa  102  6e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.523431 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3886  XRE family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 210 aa  101  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6754  transcriptional regulator, XRE family  33.89 
 
 		 210 aa  100  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36173  normal  0.846385 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2769  XRE family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 276 aa  100  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1559  transcriptional regulator, XRE family  34.59 
 
 		 262 aa  97.1  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8486  transcriptional regulator, XRE family  32.58 
 
 		 204 aa  96.3  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0168  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 227 aa  94.7  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 187 aa  94  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 187 aa  92.8  4e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5085  XRE family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 251 aa  92.8  4e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00667568  normal  0.553791 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5469  XRE family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 215 aa  92  8e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0381278  normal  0.011752 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 180 aa  89  6e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 180 aa  89  6e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 180 aa  89  7e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 180 aa  88.6  8e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 198 aa  87.8  1e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 180 aa  87.8  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1008  DNA-binding protein  33.15 
 
 		 187 aa  87.4  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1001  DNA-binding protein  33.15 
 
 		 187 aa  87.4  2e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1162  DNA-binding protein  33.15 
 
 		 187 aa  87.8  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 180 aa  87  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  32.62 
 
 		 197 aa  86.7  3e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 187 aa  86.3  4e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4610  XRE family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 252 aa  85.9  6e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.985679  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 196 aa  85.5  7e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 187 aa  84.7  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0281  DNA-binding protein  32.6 
 
 		 187 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0867  DNA-binding protein  32.6 
 
 		 187 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1956  DNA-binding protein  32.6 
 
 		 187 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0958  DNA-binding protein  32.6 
 
 		 187 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.704462  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  35.33 
 
 		 182 aa  83.2  0.000000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2318  transcriptional regulator  31.55 
 
 		 188 aa  83.6  0.000000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00466136  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  31.91 
 
 		 188 aa  82.8  0.000000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  32.11 
 
 		 196 aa  82.4  0.000000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  29.35 
 
 		 175 aa  81.3  0.00000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  31.98 
 
 		 199 aa  81.6  0.00000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  31.38 
 
 		 188 aa  81.3  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0805  DNA-binding protein  33.14 
 
 		 224 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.602444  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  31.98 
 
 		 199 aa  81.6  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  28.93 
 
 		 188 aa  81.6  0.00000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1469  XRE family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 201 aa  79.7  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.978322 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0587  cupin 2 domain-containing protein  30.56 
 
 		 184 aa  79.3  0.00000000000004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 176 aa  79.7  0.00000000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  32.02 
 
 		 188 aa  79  0.00000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0474  XRE family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 192 aa  79  0.00000000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.554508  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 187 aa  78.6  0.00000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1398  XRE family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 184 aa  78.2  0.0000000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.365461  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 191 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 181 aa  78.2  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 181 aa  77.4  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0817  transcriptional regulator, XRE family  30.51 
 
 		 184 aa  77  0.0000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1668  transcriptional regulator, XRE family  31.32 
 
 		 188 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.580406  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0992  cupin 2 domain-containing protein  31.14 
 
 		 186 aa  77.4  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00214756  normal  0.392819 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0477  XRE family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 204 aa  77.8  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.566181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0316  cupin 2 domain-containing protein  28.96 
 
 		 184 aa  76.6  0.0000000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0495  transcriptional regulator, XRE family  27.22 
 
 		 184 aa  75.9  0.0000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2007  DNA-binding protein  29.47 
 
 		 205 aa  75.5  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  29.44 
 
 		 227 aa  75.1  0.0000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  28.02 
 
 		 227 aa  75.1  0.0000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 192 aa  75.1  0.0000000000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2245  Cro/CI family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 197 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.492638  normal  0.683994 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2732  XRE family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 180 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  30.85 
 
 		 197 aa  74.7  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1876  XRE family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 197 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3493  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 197 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.499359  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 191 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4666  transcriptional regulator, XRE family  30.11 
 
 		 197 aa  74.3  0.000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.223091  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 191 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 191 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0521  cupin 2 domain-containing protein  28.42 
 
 		 184 aa  74.3  0.000000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 204 aa  74.3  0.000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0325  XRE family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 192 aa  73.6  0.000000000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  28.11 
 
 		 192 aa  73.6  0.000000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.494606  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  27.69 
 
 		 191 aa  72.8  0.000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.04 
 
 		 189 aa  73.2  0.000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0402  transcriptional regulator, XRE family  31.18 
 
 		 189 aa  72.8  0.000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.699228  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2171  transcriptional regulator  30.36 
 
 		 184 aa  72.4  0.000000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.809699 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2995  transcriptional regulator  26.04 
 
 		 191 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0735878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1243  transcriptional regulator  28.16 
 
 		 184 aa  71.6  0.00000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>