More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_0402 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013173  Dbac_0402  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 189 aa  381  1e-105  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.699228  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1668  transcriptional regulator, XRE family  64.21 
 
 		 188 aa  250  7e-66  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.580406  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0869  XRE family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 209 aa  234  4e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2356  transcriptional regulator, XRE family  53.72 
 
 		 188 aa  221  6e-57  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.190302 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0311  cupin 2 domain-containing protein  52.13 
 
 		 189 aa  215  4e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0556  MerR family transcriptional regulator  50.53 
 
 		 189 aa  201  4e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2327  transcriptional regulator, XRE family  48.91 
 
 		 189 aa  177  5.999999999999999e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0325  XRE family transcriptional regulator  46.81 
 
 		 192 aa  169  2e-41  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1444  cupin 2 domain-containing protein  47.87 
 
 		 192 aa  169  2e-41  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  46.07 
 
 		 192 aa  166  2e-40  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0661  MerR family transcriptional regulator  46.84 
 
 		 192 aa  165  2.9999999999999998e-40  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  46.81 
 
 		 192 aa  165  4e-40  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.494606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1039  MerR family transcriptional regulator  45.74 
 
 		 192 aa  164  5.9999999999999996e-40  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0474  XRE family transcriptional regulator  41.88 
 
 		 192 aa  152  2e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.554508  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09060  predicted transcriptional regulator  41.88 
 
 		 192 aa  144  8.000000000000001e-34  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.391815  normal  0.265834 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1819  transcriptional regulator, XRE family  38.1 
 
 		 191 aa  132  3.9999999999999996e-30  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0201582  normal  0.3413 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  34.97 
 
 		 197 aa  119  3e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  33.15 
 
 		 197 aa  110  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 198 aa  110  1.0000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  32.97 
 
 		 196 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 204 aa  105  4e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 196 aa  104  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  32.07 
 
 		 199 aa  96.3  2e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  32.07 
 
 		 199 aa  95.9  3e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 187 aa  94.7  7e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 180 aa  92  5e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 180 aa  92  5e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 180 aa  91.7  6e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 180 aa  91.7  6e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1956  DNA-binding protein  30.9 
 
 		 187 aa  91.3  8e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0281  DNA-binding protein  30.9 
 
 		 187 aa  91.3  8e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0958  DNA-binding protein  30.9 
 
 		 187 aa  91.3  8e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.704462  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0867  DNA-binding protein  30.9 
 
 		 187 aa  91.3  8e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 187 aa  91.3  9e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 180 aa  90.5  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 187 aa  89.7  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.72 
 
 		 189 aa  89.7  2e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 180 aa  89.7  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 187 aa  89  4e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 187 aa  88.2  7e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1008  DNA-binding protein  30.34 
 
 		 187 aa  87.8  8e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1001  DNA-binding protein  30.34 
 
 		 187 aa  87.8  8e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  28.88 
 
 		 188 aa  86.3  3e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  30.64 
 
 		 188 aa  85.5  4e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  30.39 
 
 		 192 aa  85.5  4e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  30.64 
 
 		 188 aa  85.1  5e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 178 aa  85.1  6e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1162  DNA-binding protein  29.78 
 
 		 187 aa  84.7  8e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 181 aa  82.4  0.000000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4609  XRE family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 229 aa  82  0.000000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  28.33 
 
 		 211 aa  80.9  0.00000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2148  DNA-binding protein, putative  29.35 
 
 		 181 aa  79.7  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1806  transcriptional regulator, XRE family  29.35 
 
 		 181 aa  79.7  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  28.65 
 
 		 182 aa  79  0.00000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 181 aa  79  0.00000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 212 aa  79  0.00000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2909  MerR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 292 aa  77.4  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1109  XRE family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 183 aa  76.3  0.0000000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  31.11 
 
 		 175 aa  75.9  0.0000000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2094  transcriptional regulator Cro/CI family protein  29.41 
 
 		 188 aa  76.3  0.0000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0552  transcriptional regulator  28.8 
 
 		 183 aa  76.3  0.0000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0032692  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 181 aa  75.5  0.0000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0805  DNA-binding protein  27.37 
 
 		 224 aa  75.1  0.0000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.602444  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2318  transcriptional regulator  31.69 
 
 		 188 aa  74.7  0.0000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00466136  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0992  cupin 2 domain-containing protein  32.14 
 
 		 186 aa  73.9  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00214756  normal  0.392819 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2732  XRE family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 180 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0898  XRE family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 179 aa  74.3  0.000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 179 aa  73.9  0.000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2591  XRE family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 180 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5523  transcriptional regulator  30.56 
 
 		 182 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 182 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0609  cupin sensor transcriptional regulator  26.88 
 
 		 184 aa  73.2  0.000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.176567  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2366  transcriptional regulator, XRE family  27.66 
 
 		 184 aa  73.2  0.000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  28.33 
 
 		 197 aa  72.8  0.000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3125  Cro/CI family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 180 aa  72.4  0.000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.888864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2171  transcriptional regulator  28.34 
 
 		 184 aa  72  0.000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.809699 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5178  XRE family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 199 aa  72  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  0.155373 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5268  Cro/CI family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 182 aa  71.6  0.000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2901  DNA-binding protein  30 
 
 		 182 aa  71.6  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00299352  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3151  Cupin 2 conserved barrel domain protein  27.13 
 
 		 503 aa  71.6  0.000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2928  DNA-binding protein  27.32 
 
 		 185 aa  71.6  0.000000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384603 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4068  XRE family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 432 aa  71.2  0.000000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.231317 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  32.93 
 
 		 182 aa  71.2  0.000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  32.93 
 
 		 182 aa  71.2  0.000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  32.93 
 
 		 182 aa  71.2  0.000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 182 aa  71.2  0.000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 182 aa  71.2  0.000000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5320  XRE family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 182 aa  70.5  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.8166  normal  0.310919 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4679  putative transcriptional regulator  29.88 
 
 		 180 aa  70.9  0.00000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4448  XRE family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 193 aa  70.5  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0311191  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 191 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1243  transcriptional regulator  27.47 
 
 		 184 aa  70.9  0.00000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 191 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 191 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2705  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  29.28 
 
 		 203 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.847169  normal  0.058179 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3551  transcriptional regulator, XRE family  28.57 
 
 		 196 aa  70.1  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 191 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2919  transcriptional regulator, XRE family  28.32 
 
 		 170 aa  69.7  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 176 aa  70.1  0.00000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69980  putative transcriptional regulator  30 
 
 		 182 aa  69.7  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>