More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen2424_1712 on replicon NC_008542
Organism: Burkholderia cenocepacia HI2424



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
191 aa  396  1e-109  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
191 aa  396  1e-109  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
191 aa  396  1e-109  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  92.15 
 
 
191 aa  367  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2995  transcriptional regulator  72.25 
 
 
191 aa  287  6e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0735878  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  70.68 
 
 
191 aa  283  1.0000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  69.79 
 
 
193 aa  280  6.000000000000001e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  71.67 
 
 
189 aa  275  2e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  68.59 
 
 
192 aa  273  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  68.59 
 
 
192 aa  273  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  68.59 
 
 
192 aa  273  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  71.11 
 
 
236 aa  272  2.0000000000000002e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  70.56 
 
 
236 aa  271  4.0000000000000004e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  67.71 
 
 
193 aa  271  4.0000000000000004e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  70 
 
 
192 aa  270  7e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  70 
 
 
192 aa  270  7e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  70.39 
 
 
179 aa  270  1e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  70.39 
 
 
179 aa  270  1e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  70.39 
 
 
179 aa  270  1e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  70.39 
 
 
179 aa  270  1e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  70.39 
 
 
179 aa  270  1e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  70.39 
 
 
179 aa  270  1e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4439  transcriptional regulator, XRE family  71.11 
 
 
190 aa  268  4e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957299  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  70 
 
 
190 aa  265  4e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2046  XRE family transcriptional regulator  40.23 
 
 
205 aa  138  3.9999999999999997e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.298774  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  36.78 
 
 
204 aa  125  3e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1721  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 
201 aa  117  7e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  35.63 
 
 
180 aa  117  7.999999999999999e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  36.31 
 
 
192 aa  113  2.0000000000000002e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3025  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 
281 aa  112  3e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.925102 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  35.16 
 
 
199 aa  110  9e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  34.2 
 
 
201 aa  109  3e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2941  XRE family transcriptional regulator  36.31 
 
 
271 aa  109  3e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0631546  normal  0.420407 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3075  XRE family transcriptional regulator  36.31 
 
 
269 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  34.62 
 
 
199 aa  107  7.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2909  MerR family transcriptional regulator  36.87 
 
 
292 aa  107  1e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3030  XRE family transcriptional regulator  35.59 
 
 
259 aa  106  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3049  XRE family transcriptional regulator  35.59 
 
 
259 aa  106  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0258201 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6377  XRE family transcriptional regulator  35.2 
 
 
286 aa  106  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2416  XRE family transcriptional regulator  35.59 
 
 
259 aa  106  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  32.97 
 
 
199 aa  104  6e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  32.97 
 
 
199 aa  105  6e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  32.97 
 
 
199 aa  104  7e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  33.15 
 
 
178 aa  104  8e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  32.99 
 
 
199 aa  104  9e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  31.35 
 
 
188 aa  103  1e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  31.21 
 
 
176 aa  101  7e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4448  XRE family transcriptional regulator  29.78 
 
 
193 aa  99.8  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0311191  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  30.85 
 
 
204 aa  100  2e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5113  putative transcriptional regulator  29.94 
 
 
187 aa  99  4e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58380  putative transcriptional regulator  29.94 
 
 
187 aa  98.2  6e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2254  XRE family transcriptional regulator  28.74 
 
 
185 aa  98.2  7e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0575156  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  29.02 
 
 
198 aa  97.8  8e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4609  XRE family transcriptional regulator  27.84 
 
 
229 aa  97.4  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0842  cupin 2 domain-containing protein  30.22 
 
 
188 aa  96.3  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  32.42 
 
 
211 aa  95.9  3e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2836  DNA-binding protein  30.94 
 
 
184 aa  95.1  6e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000716748  hitchhiker  0.00000000374058 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  32.42 
 
 
181 aa  94.7  8e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2542  DNA-binding protein  27.27 
 
 
185 aa  94  1e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
179 aa  94.4  1e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4841  cupin 2 domain-containing protein  33.15 
 
 
202 aa  94.4  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  29.83 
 
 
192 aa  94  1e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6084  XRE family transcriptional regulator  34.87 
 
 
234 aa  92.8  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.207069 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  31.87 
 
 
181 aa  92.4  4e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1575  DNA-binding protein  35.76 
 
 
249 aa  92  4e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.1565  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2239  transcriptional regulator  25.9 
 
 
185 aa  91.7  7e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0224117  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2197  transcriptional regulator  27.27 
 
 
185 aa  91.7  7e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.26325  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2928  DNA-binding protein  26.95 
 
 
185 aa  91.3  7e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00384603 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1457  transcriptional regulator  25.41 
 
 
188 aa  91.3  7e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.96188e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2279  DNA-binding protein  27.27 
 
 
185 aa  91.3  8e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.268468  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2463  DNA-binding protein  27.27 
 
 
185 aa  91.3  8e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2448  DNA-binding protein  27.27 
 
 
185 aa  91.3  8e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.191992  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  30.48 
 
 
196 aa  90.5  1e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  30.73 
 
 
181 aa  90.9  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  29.83 
 
 
196 aa  90.9  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0661  MerR family transcriptional regulator  29.57 
 
 
192 aa  90.9  1e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1306  transcriptional regulator, XRE family  33.53 
 
 
170 aa  90.1  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000237827 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2919  transcriptional regulator, XRE family  33.53 
 
 
170 aa  90.1  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  25.71 
 
 
175 aa  89.7  2e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0888  transcriptional regulator, XRE family  28.49 
 
 
179 aa  89.7  2e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  30.39 
 
 
187 aa  90.1  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2481  DNA-binding protein  25.9 
 
 
185 aa  89  3e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00193646  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  29.44 
 
 
181 aa  89  4e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7693  transcriptional regulator MerR family  30.48 
 
 
271 aa  89  4e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.56372  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  29.51 
 
 
199 aa  88.6  5e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  31.64 
 
 
197 aa  88.6  5e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1668  transcriptional regulator, XRE family  29.61 
 
 
188 aa  88.2  6e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.580406  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  29.51 
 
 
199 aa  88.2  7e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2094  transcriptional regulator Cro/CI family protein  31.87 
 
 
188 aa  87.8  8e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0898  XRE family transcriptional regulator  31.02 
 
 
179 aa  87.8  9e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1795  DNA-binding protein  29.44 
 
 
181 aa  87.8  9e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1649  XRE family transcriptional regulator  29.44 
 
 
181 aa  87.4  1e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.176921  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  28.89 
 
 
181 aa  87  1e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0847  XRE family transcriptional regulator  28.95 
 
 
191 aa  87  1e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0965  transcriptional regulator, XRE family  30 
 
 
191 aa  87.4  1e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  29.53 
 
 
292 aa  87.4  1e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  28.89 
 
 
181 aa  87  2e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  28.89 
 
 
181 aa  87  2e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3546  DNA-binding protein  28.89 
 
 
181 aa  86.3  2e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  28.89 
 
 
181 aa  87  2e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>