More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_0311 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_0311  cupin 2 domain-containing protein  100 
 
 		 189 aa  386  1e-106  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2356  transcriptional regulator, XRE family  86.17 
 
 		 188 aa  340  7e-93  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.190302 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0556  MerR family transcriptional regulator  79.89 
 
 		 189 aa  318  3.9999999999999996e-86  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1668  transcriptional regulator, XRE family  56.91 
 
 		 188 aa  234  4e-61  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.580406  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0869  XRE family transcriptional regulator  55.32 
 
 		 209 aa  233  2.0000000000000002e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0402  transcriptional regulator, XRE family  52.13 
 
 		 189 aa  215  4e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.699228  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2327  transcriptional regulator, XRE family  56.91 
 
 		 189 aa  213  9.999999999999999e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  45.7 
 
 		 192 aa  175  4e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1444  cupin 2 domain-containing protein  44.62 
 
 		 192 aa  172  1.9999999999999998e-42  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  46.32 
 
 		 192 aa  167  1e-40  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.494606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0325  XRE family transcriptional regulator  45.26 
 
 		 192 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1039  MerR family transcriptional regulator  44.21 
 
 		 192 aa  162  2.0000000000000002e-39  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0474  XRE family transcriptional regulator  43.85 
 
 		 192 aa  156  1e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.554508  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0661  MerR family transcriptional regulator  44.68 
 
 		 192 aa  155  3e-37  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09060  predicted transcriptional regulator  38.17 
 
 		 192 aa  132  1.9999999999999998e-30  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.391815  normal  0.265834 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1819  transcriptional regulator, XRE family  37.84 
 
 		 191 aa  126  2.0000000000000002e-28  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0201582  normal  0.3413 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  36.07 
 
 		 197 aa  124  8.000000000000001e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  32.61 
 
 		 197 aa  115  3e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 196 aa  105  6e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  30.77 
 
 		 196 aa  104  6e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 198 aa  102  4e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 204 aa  95.9  3e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 180 aa  92.8  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 180 aa  91.7  5e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 187 aa  91.3  8e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 180 aa  90.9  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 180 aa  90.5  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 180 aa  90.9  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 180 aa  90.9  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 187 aa  89.7  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 187 aa  89.4  3e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  28.65 
 
 		 199 aa  87  1e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  28.65 
 
 		 199 aa  87.4  1e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 187 aa  86.3  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 178 aa  83.6  0.000000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  23.66 
 
 		 187 aa  82.4  0.000000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2318  transcriptional regulator  28.65 
 
 		 188 aa  81.6  0.000000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00466136  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1008  DNA-binding protein  26.55 
 
 		 187 aa  81.6  0.000000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1001  DNA-binding protein  26.55 
 
 		 187 aa  81.6  0.000000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 212 aa  81.6  0.000000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  27.07 
 
 		 211 aa  81.6  0.000000000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  25.67 
 
 		 188 aa  81.3  0.000000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0805  DNA-binding protein  27.68 
 
 		 224 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.602444  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 292 aa  79.7  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  27.23 
 
 		 189 aa  80.1  0.00000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2625  transcriptional regulator, XRE family  29.32 
 
 		 217 aa  79.7  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  29.34 
 
 		 201 aa  79  0.00000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4068  XRE family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 432 aa  79.3  0.00000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.231317 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1110  Phosphate butyryltransferase  26.37 
 
 		 503 aa  79  0.00000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1162  DNA-binding protein  25.99 
 
 		 187 aa  78.2  0.00000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  25.97 
 
 		 192 aa  78.2  0.00000000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0867  DNA-binding protein  25.56 
 
 		 187 aa  78.2  0.00000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1956  DNA-binding protein  25.56 
 
 		 187 aa  78.2  0.00000000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 176 aa  78.2  0.00000000000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1091  XRE family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 182 aa  78.2  0.00000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.158888  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0281  DNA-binding protein  25.56 
 
 		 187 aa  78.2  0.00000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0958  DNA-binding protein  25.56 
 
 		 187 aa  78.2  0.00000000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.704462  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3080  XRE family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 181 aa  77.8  0.00000000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.995144  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  27.07 
 
 		 188 aa  77.8  0.00000000000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0450  XRE family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 180 aa  77.4  0.0000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0992  cupin 2 domain-containing protein  28.25 
 
 		 186 aa  77.4  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00214756  normal  0.392819 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2042  transcriptional regulator  27.32 
 
 		 188 aa  77  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 181 aa  77  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  28.4 
 
 		 180 aa  77  0.0000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  27.49 
 
 		 188 aa  76.6  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3025  XRE family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 281 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.925102 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2591  XRE family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 180 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 220 aa  76.6  0.0000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  27.49 
 
 		 188 aa  75.9  0.0000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  26.67 
 
 		 182 aa  75.9  0.0000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0002  transcriptional regulator, XRE family  27.68 
 
 		 184 aa  75.9  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.138514 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 191 aa  75.9  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0428  transcriptional regulator, XRE family  26.78 
 
 		 197 aa  76.3  0.0000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  28.09 
 
 		 182 aa  75.5  0.0000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  26.67 
 
 		 182 aa  75.5  0.0000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  26.67 
 
 		 182 aa  75.5  0.0000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  29.51 
 
 		 207 aa  75.9  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 182 aa  75.5  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0552  transcriptional regulator  25.14 
 
 		 183 aa  75.9  0.0000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0032692  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 208 aa  75.9  0.0000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  25.53 
 
 		 227 aa  75.5  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 208 aa  75.9  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 208 aa  75.9  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  26.67 
 
 		 182 aa  75.5  0.0000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3404  cupin 2 domain-containing protein  27.32 
 
 		 215 aa  75.1  0.0000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 199 aa  75.5  0.0000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2941  XRE family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 271 aa  74.7  0.0000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0631546  normal  0.420407 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1566  transcriptional regulator, XRE family  27.17 
 
 		 202 aa  74.7  0.0000000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0862847 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2646  XRE family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 182 aa  74.7  0.0000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3075  XRE family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 269 aa  74.7  0.0000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2198  transcriptional regulator, XRE family  30.32 
 
 		 201 aa  74.7  0.0000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.351873  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2985  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 183 aa  74.7  0.0000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0544  XRE family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 203 aa  74.3  0.0000000000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 182 aa  74.3  0.0000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0733  aldehyde dehydrogenase-like protein  27.98 
 
 		 183 aa  74.3  0.0000000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.126553  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3046  transcriptional regulator  26.67 
 
 		 201 aa  74.3  0.0000000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.948594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0641  aldehyde dehydrogenase-like protein  27.98 
 
 		 183 aa  74.3  0.0000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3125  Cro/CI family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 180 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.888864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 219 aa  73.9  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1943  Cro/CI family transcriptional regulator putative  27.54 
 
 		 189 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.693839  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>