More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6009 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 219 aa  449  1e-125  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  84.93 
 
 		 219 aa  380  1e-105  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  79.72 
 
 		 227 aa  363  1e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  82.04 
 
 		 227 aa  360  9e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3301  XRE family transcriptional regulator  73.42 
 
 		 234 aa  330  8e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  65.84 
 
 		 215 aa  277  1e-73  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2625  transcriptional regulator, XRE family  61.7 
 
 		 217 aa  237  8e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  59.26 
 
 		 225 aa  224  8e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4694  XRE family transcriptional regulator  56.25 
 
 		 224 aa  221  8e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.607677 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  54.26 
 
 		 232 aa  214  7e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4811  XRE family transcriptional regulator  53.4 
 
 		 201 aa  208  6e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00213383 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2242  helix-turn-helix domain-containing protein  51.34 
 
 		 201 aa  198  5e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.453871 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2517  transcriptional regulator, XRE family  51.34 
 
 		 201 aa  198  5e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2198  transcriptional regulator, XRE family  51.34 
 
 		 201 aa  196  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.351873  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  46.91 
 
 		 198 aa  190  1e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3519  transcriptional regulator, XRE family  47.69 
 
 		 210 aa  185  5e-46  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0116433 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2858  transcriptional regulator, XRE family  49.2 
 
 		 215 aa  184  1.0000000000000001e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000622832  normal  0.0374075 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0551  transcriptional regulator, XRE family  48.11 
 
 		 198 aa  182  3e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1702  transcriptional regulator, XRE family  48.66 
 
 		 218 aa  182  4.0000000000000006e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2246  XRE family transcriptional regulator  46.35 
 
 		 197 aa  178  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3469  XRE family transcriptional regulator  45.7 
 
 		 197 aa  177  1e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  41.83 
 
 		 213 aa  177  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  45.6 
 
 		 220 aa  174  9e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2272  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  45.45 
 
 		 201 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.306888  normal  0.104106 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2581  DNA-binding protein  44.97 
 
 		 209 aa  171  6.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.449808  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0165  XRE family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 200 aa  168  6e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1295  XRE family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 222 aa  167  2e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.419553 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4986  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 219 aa  165  4e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5265  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 219 aa  165  4e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4897  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 219 aa  165  4e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5514  XRE family transcriptional regulator  44.21 
 
 		 222 aa  164  9e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.388539 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  45.05 
 
 		 212 aa  161  6e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4802  helix-turn-helix domain protein  45.99 
 
 		 233 aa  160  2e-38  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.329061  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3035  XRE family transcriptional regulator  41.26 
 
 		 208 aa  157  9e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.348685 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2038  transcriptional regulator  42.78 
 
 		 230 aa  149  2e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.547476  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1987  transcriptional regulator, XRE family  43.58 
 
 		 187 aa  147  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.144245  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2247  transcriptional regulator, XRE family  43.02 
 
 		 190 aa  145  3e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5931  transcriptional regulator, XRE family  44.13 
 
 		 190 aa  145  3e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4533  transcriptional regulator, XRE family  44.58 
 
 		 173 aa  143  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4562  transcriptional regulator, XRE family  45.18 
 
 		 173 aa  143  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5954  transcriptional regulator, XRE family  41.9 
 
 		 187 aa  142  4e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1985  transcriptional regulator, XRE family  42.46 
 
 		 190 aa  141  8e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.127285  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4528  transcriptional regulator, XRE family  43.98 
 
 		 173 aa  139  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5833  transcriptional regulator, XRE family  43.98 
 
 		 173 aa  139  3e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4828  transcriptional regulator, XRE family  43.98 
 
 		 173 aa  137  8.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0464638  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1879  transcriptional regulator, XRE family  37.99 
 
 		 182 aa  135  7.000000000000001e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  34.04 
 
 		 197 aa  102  4e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  34.62 
 
 		 211 aa  99  4e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 198 aa  97.8  1e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 204 aa  95.9  4e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 196 aa  95.5  6e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  30.17 
 
 		 196 aa  94.7  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  32.2 
 
 		 197 aa  92.8  3e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.09 
 
 		 189 aa  90.9  1e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 192 aa  90.9  2e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 187 aa  89.4  4e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 187 aa  88.6  7e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  32.56 
 
 		 199 aa  88.6  7e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  32.56 
 
 		 199 aa  88.2  8e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 187 aa  88.6  8e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1039  MerR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 192 aa  88.2  9e-17  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1034  transcriptional regulator, XRE family  29.95 
 
 		 181 aa  86.7  3e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000342515  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 187 aa  85.5  6e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  29.41 
 
 		 192 aa  85.1  7e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.494606  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  29.41 
 
 		 188 aa  84.7  9e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0325  XRE family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 192 aa  84.3  0.000000000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  29.41 
 
 		 188 aa  84.7  0.000000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1441  XRE family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 227 aa  84.7  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0636175 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0661  MerR family transcriptional regulator  30 
 
 		 192 aa  84.3  0.000000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1027  XRE family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 223 aa  84  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.944907 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3080  XRE family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 181 aa  83.6  0.000000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.995144  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4481  DNA-binding protein  31.76 
 
 		 181 aa  82.4  0.000000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0755  DNA-binding protein  31.76 
 
 		 181 aa  82.4  0.000000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4209  XRE family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 194 aa  82  0.000000000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.940435  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4443  DNA-binding protein  30.91 
 
 		 181 aa  81.6  0.000000000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4493  DNA-binding protein  30.91 
 
 		 181 aa  81.6  0.000000000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4258  DNA-binding protein  30.91 
 
 		 181 aa  81.3  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4094  transcriptional regulator  30.91 
 
 		 181 aa  81.3  0.00000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4105  transcriptional regulator  30.91 
 
 		 181 aa  81.3  0.00000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4590  DNA-binding protein  30.91 
 
 		 181 aa  81.3  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4442  DNA-binding protein  30.91 
 
 		 181 aa  81.3  0.00000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 212 aa  81.3  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 199 aa  81.3  0.00000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  32.4 
 
 		 182 aa  80.1  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0474  XRE family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 192 aa  80.5  0.00000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.554508  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  31.1 
 
 		 180 aa  79.7  0.00000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  33.15 
 
 		 192 aa  80.1  0.00000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 187 aa  79.7  0.00000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  31.79 
 
 		 201 aa  79.3  0.00000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  29.41 
 
 		 188 aa  79.3  0.00000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 193 aa  79  0.00000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1444  cupin 2 domain-containing protein  28.06 
 
 		 192 aa  78.2  0.00000000000009  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0450  XRE family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 180 aa  77.8  0.0000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2327  transcriptional regulator, XRE family  29.17 
 
 		 189 aa  78.2  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 192 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 192 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 176 aa  76.6  0.0000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  31.25 
 
 		 197 aa  76.3  0.0000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 190 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0869  XRE family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 209 aa  75.5  0.0000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>