More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3125 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3125  Cro/CI family transcriptional regulator  100 
 
 		 180 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.888864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2591  XRE family transcriptional regulator  97.78 
 
 		 180 aa  338  2e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2732  XRE family transcriptional regulator  96.67 
 
 		 180 aa  334  5e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1309  transcriptional regulator  74.44 
 
 		 180 aa  255  2e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02750  putative transcriptional regulator  71.11 
 
 		 179 aa  246  1e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.549892  normal  0.0746214 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0311  putative transcriptional regulator  71.59 
 
 		 179 aa  246  2e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  51.93 
 
 		 180 aa  194  4.0000000000000005e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  56.74 
 
 		 182 aa  193  1e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  50.83 
 
 		 180 aa  192  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  50.83 
 
 		 180 aa  192  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  50.83 
 
 		 180 aa  192  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  50.83 
 
 		 180 aa  192  3e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  50.28 
 
 		 180 aa  190  8e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1001  DNA-binding protein  50.83 
 
 		 187 aa  186  1e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1008  DNA-binding protein  50.83 
 
 		 187 aa  186  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0805  DNA-binding protein  50.29 
 
 		 224 aa  185  4e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.602444  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1956  DNA-binding protein  50.28 
 
 		 187 aa  183  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1162  DNA-binding protein  50.28 
 
 		 187 aa  183  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0958  DNA-binding protein  50.28 
 
 		 187 aa  183  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.704462  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0867  DNA-binding protein  50.28 
 
 		 187 aa  183  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0281  DNA-binding protein  50.28 
 
 		 187 aa  183  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0450  XRE family transcriptional regulator  41.57 
 
 		 180 aa  133  9.999999999999999e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  41.14 
 
 		 212 aa  120  7e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 187 aa  104  8e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 187 aa  101  7e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.71 
 
 		 189 aa  96.3  2e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 204 aa  96.7  2e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  32.31 
 
 		 197 aa  95.1  5e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 187 aa  94.4  8e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  33.15 
 
 		 188 aa  94  9e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3227  transcriptional regulator  33.7 
 
 		 201 aa  92.4  3e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.792428  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 187 aa  92  4e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  31.46 
 
 		 196 aa  91.3  6e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  33.76 
 
 		 180 aa  89.7  2e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4068  XRE family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 432 aa  89.7  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.231317 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  30.68 
 
 		 197 aa  89.4  3e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 198 aa  88.2  5e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 196 aa  88.2  6e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2318  transcriptional regulator  31.79 
 
 		 188 aa  88.2  6e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00466136  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0817  transcriptional regulator, XRE family  30.06 
 
 		 184 aa  87.8  8e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  30.6 
 
 		 199 aa  87.4  9e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 187 aa  87.4  1e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  30.6 
 
 		 199 aa  86.7  1e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  29.19 
 
 		 192 aa  87  1e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.494606  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 292 aa  87  1e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1039  MerR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 192 aa  86.7  2e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0002  transcriptional regulator, XRE family  31.21 
 
 		 184 aa  86.3  2e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.138514 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0311  cupin 2 domain-containing protein  29.35 
 
 		 189 aa  85.9  3e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0325  XRE family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 192 aa  85.9  3e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0402  transcriptional regulator, XRE family  29.83 
 
 		 189 aa  85.9  3e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.699228  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0869  XRE family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 209 aa  85.1  4e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1444  cupin 2 domain-containing protein  29.12 
 
 		 192 aa  85.1  5e-16  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0474  XRE family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 192 aa  85.1  5e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.554508  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0108  transcriptional regulator, XRE family  29.48 
 
 		 186 aa  84.3  8e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0556  MerR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 189 aa  84  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 178 aa  84  0.000000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  32.42 
 
 		 212 aa  84  0.000000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3329  transcriptional regulator  32.76 
 
 		 201 aa  83.2  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.855836  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 191 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 191 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 191 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 199 aa  82.4  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 199 aa  82  0.000000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2046  XRE family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 205 aa  82.4  0.000000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.298774  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05970  hypothetical protein  32.04 
 
 		 207 aa  81.6  0.000000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 199 aa  82  0.000000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2231  transcriptional regulator, XRE family  31.4 
 
 		 190 aa  81.6  0.000000000000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.268831  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000231  predicted transcriptional regulator  32.04 
 
 		 207 aa  81.3  0.000000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3080  XRE family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 181 aa  81.3  0.000000000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.995144  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  32.48 
 
 		 191 aa  80.9  0.000000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 191 aa  80.9  0.000000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2995  transcriptional regulator  30.77 
 
 		 191 aa  80.9  0.000000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0735878  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2727  DNA-binding transcriptional regulator  31.52 
 
 		 208 aa  80.1  0.00000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.118237 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  32.95 
 
 		 211 aa  80.5  0.00000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4258  DNA-binding protein  29.48 
 
 		 181 aa  79.3  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4094  transcriptional regulator  29.48 
 
 		 181 aa  79.3  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4442  DNA-binding protein  29.48 
 
 		 181 aa  79.3  0.00000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4105  transcriptional regulator  29.48 
 
 		 181 aa  79.3  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2578  transcriptional regulator, XRE family  33.15 
 
 		 182 aa  80.1  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  27.53 
 
 		 188 aa  79.7  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4590  DNA-binding protein  29.48 
 
 		 181 aa  79.3  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4443  DNA-binding protein  29.48 
 
 		 181 aa  79.3  0.00000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2429  XRE family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 191 aa  79  0.00000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0848952 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4493  DNA-binding protein  29.48 
 
 		 181 aa  79.3  0.00000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1058  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 184 aa  79.3  0.00000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  31.46 
 
 		 199 aa  79  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  30.9 
 
 		 199 aa  79  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2356  transcriptional regulator, XRE family  28.65 
 
 		 188 aa  78.6  0.00000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.190302 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0428  transcriptional regulator, XRE family  31.76 
 
 		 197 aa  78.6  0.00000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  26.97 
 
 		 188 aa  78.6  0.00000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2909  MerR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 292 aa  78.6  0.00000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4209  XRE family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 194 aa  78.6  0.00000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.940435  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8701  transcriptional regulator, XRE family  30.41 
 
 		 200 aa  78.6  0.00000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.257362 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  29.34 
 
 		 201 aa  78.2  0.00000000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1457  transcriptional regulator  31.07 
 
 		 188 aa  77.8  0.00000000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.96188e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 190 aa  77.8  0.00000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 182 aa  77.8  0.00000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 182 aa  77  0.0000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4439  transcriptional regulator, XRE family  31.85 
 
 		 190 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957299  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8704  transcriptional regulator, XRE family  30.23 
 
 		 223 aa  77  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.264618 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>