More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1309 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_1309  transcriptional regulator  100 
 
 
180 aa  361  4e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0311  putative transcriptional regulator  75.42 
 
 
179 aa  268  4e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02750  putative transcriptional regulator  74.86 
 
 
179 aa  266  1e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.549892  normal  0.0746214 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2591  XRE family transcriptional regulator  75 
 
 
180 aa  257  7e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2732  XRE family transcriptional regulator  75 
 
 
180 aa  256  1e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3125  Cro/CI family transcriptional regulator  74.44 
 
 
180 aa  256  2e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.888864  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  55.37 
 
 
180 aa  198  3.9999999999999996e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  54.8 
 
 
180 aa  196  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  54.8 
 
 
180 aa  195  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  54.8 
 
 
180 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  54.8 
 
 
180 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  54.8 
 
 
180 aa  194  7e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  53.93 
 
 
182 aa  189  2e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0805  DNA-binding protein  51.96 
 
 
224 aa  187  7e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.602444  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1162  DNA-binding protein  53.04 
 
 
187 aa  187  9e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1001  DNA-binding protein  53.04 
 
 
187 aa  186  1e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1008  DNA-binding protein  53.04 
 
 
187 aa  186  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0958  DNA-binding protein  52.49 
 
 
187 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.704462  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1956  DNA-binding protein  52.49 
 
 
187 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0867  DNA-binding protein  52.49 
 
 
187 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0281  DNA-binding protein  52.49 
 
 
187 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0450  XRE family transcriptional regulator  44.25 
 
 
180 aa  138  4.999999999999999e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  42.94 
 
 
212 aa  133  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.97 
 
 
189 aa  95.9  3e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3227  transcriptional regulator  34.64 
 
 
201 aa  93.6  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.792428  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  33.52 
 
 
204 aa  93.6  2e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  30.65 
 
 
197 aa  92  3e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  32.58 
 
 
187 aa  92  4e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  31.52 
 
 
198 aa  91.3  7e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0002  transcriptional regulator, XRE family  31.64 
 
 
184 aa  89.4  2e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.138514 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  30.68 
 
 
197 aa  89.7  2e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  29.21 
 
 
187 aa  89.4  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0474  XRE family transcriptional regulator  28.96 
 
 
192 aa  89.7  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.554508  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  29.89 
 
 
199 aa  89.4  3e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  29.89 
 
 
199 aa  89  3e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  32.02 
 
 
187 aa  89  3e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  32.22 
 
 
196 aa  88.6  4e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  31.79 
 
 
180 aa  88.6  5e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0817  transcriptional regulator, XRE family  31.03 
 
 
184 aa  88.2  6e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  28.65 
 
 
196 aa  86.7  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  32.04 
 
 
199 aa  85.5  4e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  28.07 
 
 
191 aa  85.1  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  31.71 
 
 
204 aa  85.5  4e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0556  MerR family transcriptional regulator  29.67 
 
 
189 aa  85.1  5e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3329  transcriptional regulator  33.33 
 
 
201 aa  85.1  5e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.855836  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2318  transcriptional regulator  30.46 
 
 
188 aa  84.7  6e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00466136  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  32.04 
 
 
199 aa  84.7  7e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  32.22 
 
 
199 aa  84.7  7e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1039  MerR family transcriptional regulator  27.42 
 
 
192 aa  84.3  8e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  32.04 
 
 
199 aa  84.3  9e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0325  XRE family transcriptional regulator  26.88 
 
 
192 aa  84.3  9e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  29.21 
 
 
187 aa  83.6  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  27.42 
 
 
192 aa  82.8  0.000000000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.494606  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  27.49 
 
 
191 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0311  cupin 2 domain-containing protein  29.67 
 
 
189 aa  82.8  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  27.49 
 
 
191 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  27.49 
 
 
191 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1444  cupin 2 domain-containing protein  27.87 
 
 
192 aa  82.8  0.000000000000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  28.09 
 
 
187 aa  81.6  0.000000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1668  transcriptional regulator, XRE family  30.43 
 
 
188 aa  80.9  0.000000000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.580406  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  31.52 
 
 
212 aa  80.9  0.000000000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  30.67 
 
 
178 aa  80.1  0.00000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  28.65 
 
 
188 aa  79.7  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  29.05 
 
 
199 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  32.93 
 
 
181 aa  78.6  0.00000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05970  hypothetical protein  31.15 
 
 
207 aa  79  0.00000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  29.49 
 
 
189 aa  79  0.00000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000231  predicted transcriptional regulator  31.15 
 
 
207 aa  79  0.00000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  32.93 
 
 
181 aa  78.2  0.00000000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  32.93 
 
 
181 aa  78.2  0.00000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  27.49 
 
 
193 aa  77.8  0.00000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  32.93 
 
 
181 aa  78.2  0.00000000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  31.06 
 
 
182 aa  77.8  0.00000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  30.11 
 
 
220 aa  78.2  0.00000000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  33.55 
 
 
181 aa  77.8  0.00000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  33.55 
 
 
181 aa  77.8  0.00000000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2046  XRE family transcriptional regulator  29.19 
 
 
205 aa  77.8  0.00000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.298774  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0402  transcriptional regulator, XRE family  27.87 
 
 
189 aa  77.8  0.00000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.699228  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2356  transcriptional regulator, XRE family  29.41 
 
 
188 aa  77  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.190302 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  29.31 
 
 
179 aa  77  0.0000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1795  DNA-binding protein  33.55 
 
 
181 aa  77  0.0000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  29.31 
 
 
179 aa  77  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  29.31 
 
 
179 aa  77  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  29.31 
 
 
179 aa  77  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  27.49 
 
 
192 aa  77  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  29.31 
 
 
179 aa  77  0.0000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  32.34 
 
 
181 aa  77  0.0000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  29.31 
 
 
179 aa  77  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  27.49 
 
 
192 aa  77  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  29.31 
 
 
236 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  27.49 
 
 
193 aa  76.3  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  29.81 
 
 
182 aa  76.3  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0108  transcriptional regulator, XRE family  28.25 
 
 
186 aa  76.6  0.0000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0992  cupin 2 domain-containing protein  28.25 
 
 
186 aa  76.3  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00214756  normal  0.392819 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0869  XRE family transcriptional regulator  28.49 
 
 
209 aa  76.6  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  27.49 
 
 
192 aa  75.9  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5085  XRE family transcriptional regulator  32.8 
 
 
251 aa  75.9  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00667568  normal  0.553791 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  27.49 
 
 
192 aa  75.9  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  27.49 
 
 
192 aa  75.9  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2314  XRE family transcriptional regulator  29.61 
 
 
208 aa  75.5  0.0000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.059917  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>