More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3227 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3227  transcriptional regulator  100 
 
 		 201 aa  419  1e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.792428  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000231  predicted transcriptional regulator  56.25 
 
 		 207 aa  223  1e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05970  hypothetical protein  57.54 
 
 		 207 aa  222  2e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0950  transcriptional regulator  57.54 
 
 		 207 aa  223  2e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1345  XRE family transcriptional regulator  56.02 
 
 		 209 aa  216  1e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200207  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2727  DNA-binding transcriptional regulator  52.08 
 
 		 208 aa  216  2e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.118237 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0763  putative DNA-binding protein  55.31 
 
 		 215 aa  207  7e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1555  putative transcriptional regulator  53.63 
 
 		 208 aa  207  8e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.602269  normal  0.341998 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3886  XRE family transcriptional regulator  52.15 
 
 		 210 aa  207  8e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2769  XRE family transcriptional regulator  51.32 
 
 		 276 aa  206  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6754  transcriptional regulator, XRE family  49.74 
 
 		 210 aa  203  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36173  normal  0.846385 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2314  XRE family transcriptional regulator  53.07 
 
 		 208 aa  202  3e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.059917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2601  XRE family transcriptional regulator  51.41 
 
 		 203 aa  195  3e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.512754  hitchhiker  0.000000366247 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1906  XRE family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 210 aa  192  3e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3843  DNA-binding protein  50.28 
 
 		 209 aa  191  5e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2483  DNA-binding protein  50.28 
 
 		 198 aa  186  3e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4037  DNA-binding protein  50.56 
 
 		 199 aa  184  7e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3309  XRE family transcriptional regulator  48.04 
 
 		 209 aa  181  9.000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4798  transcriptional regulator  42.86 
 
 		 222 aa  159  3e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.124269  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7013  transcriptional regulator  49.3 
 
 		 150 aa  149  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1430  XRE family transcriptional regulator  41.15 
 
 		 259 aa  148  4e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00776927 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8486  transcriptional regulator, XRE family  39.04 
 
 		 204 aa  136  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0062  transcriptional regulator  39.36 
 
 		 211 aa  134  8e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1466  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 206 aa  134  9e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.609185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4870  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 211 aa  131  7.999999999999999e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.523431 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5469  XRE family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 215 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0381278  normal  0.011752 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4610  XRE family transcriptional regulator  39.01 
 
 		 252 aa  128  6e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.985679  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1559  transcriptional regulator, XRE family  32.99 
 
 		 262 aa  118  4.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5085  XRE family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 251 aa  115  5e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00667568  normal  0.553791 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2158  XRE family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 239 aa  115  5e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.233392  normal  0.181964 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2245  Cro/CI family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 197 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.492638  normal  0.683994 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3493  XRE family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 197 aa  112  3e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.499359  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1876  XRE family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 197 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0168  XRE family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 227 aa  110  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2007  DNA-binding protein  34.18 
 
 		 205 aa  107  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1469  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 201 aa  102  3e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.978322 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0477  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 204 aa  94.4  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.566181  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  33.68 
 
 		 197 aa  93.2  2e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 180 aa  92.8  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 180 aa  92  5e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1162  DNA-binding protein  33.89 
 
 		 187 aa  90.9  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 180 aa  90.5  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 180 aa  90.5  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1001  DNA-binding protein  33.89 
 
 		 187 aa  90.5  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 180 aa  90.1  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1008  DNA-binding protein  33.89 
 
 		 187 aa  90.5  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0281  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 187 aa  87  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1956  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 187 aa  87  1e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0805  DNA-binding protein  32.43 
 
 		 224 aa  87.4  1e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.602444  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0867  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 187 aa  87  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0958  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 187 aa  87  1e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.704462  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 180 aa  86.7  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1227  transcriptional regulator  33.15 
 
 		 220 aa  87  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.222447  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  32.97 
 
 		 182 aa  85.5  4e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 198 aa  85.9  4e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  32.29 
 
 		 196 aa  85.5  5e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 196 aa  84.3  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0450  XRE family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 180 aa  83.6  0.000000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2591  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 180 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2732  XRE family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 180 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 204 aa  81.6  0.000000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1309  transcriptional regulator  34.64 
 
 		 180 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3125  Cro/CI family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 180 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.888864  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 187 aa  79.3  0.00000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 187 aa  79  0.00000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 212 aa  78.6  0.00000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 192 aa  78.6  0.00000000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2318  transcriptional regulator  28.02 
 
 		 188 aa  77  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00466136  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  30.65 
 
 		 199 aa  77  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  30.65 
 
 		 199 aa  77  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 213 aa  74.7  0.0000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  28.35 
 
 		 188 aa  73.9  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  28.35 
 
 		 188 aa  73.9  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  29.73 
 
 		 197 aa  73.6  0.000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 198 aa  73.2  0.000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0311  putative transcriptional regulator  32.97 
 
 		 179 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  29.02 
 
 		 236 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 187 aa  73.2  0.000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 187 aa  72.8  0.000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 191 aa  72  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 187 aa  72  0.000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  31.4 
 
 		 225 aa  72  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.4 
 
 		 189 aa  71.6  0.000000000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02750  putative transcriptional regulator  32.42 
 
 		 179 aa  71.6  0.000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.549892  normal  0.0746214 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2625  transcriptional regulator, XRE family  31.58 
 
 		 217 aa  71.2  0.000000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  29.08 
 
 		 227 aa  70.9  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  32.76 
 
 		 212 aa  70.9  0.00000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4841  cupin 2 domain-containing protein  29.29 
 
 		 202 aa  70.9  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  30.81 
 
 		 236 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  29.61 
 
 		 211 aa  70.1  0.00000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 193 aa  69.7  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  30.81 
 
 		 227 aa  70.5  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  29.17 
 
 		 188 aa  70.1  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  30.54 
 
 		 201 aa  70.5  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 219 aa  70.1  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  30.81 
 
 		 179 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  30.81 
 
 		 179 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3261  XRE family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 190 aa  69.7  0.00000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.957848  normal  0.179215 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  30.81 
 
 		 179 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 192 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>