More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1555 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1555  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 208 aa  428  1e-119  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.602269  normal  0.341998 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1345  XRE family transcriptional regulator  71.98 
 
 		 209 aa  312  1.9999999999999998e-84  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2314  XRE family transcriptional regulator  71.15 
 
 		 208 aa  306  1.0000000000000001e-82  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.059917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0950  transcriptional regulator  58.91 
 
 		 207 aa  250  8.000000000000001e-66  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000231  predicted transcriptional regulator  54.95 
 
 		 207 aa  242  3e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05970  hypothetical protein  54.95 
 
 		 207 aa  242  3e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2727  DNA-binding transcriptional regulator  54.37 
 
 		 208 aa  241  5e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.118237 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0763  putative DNA-binding protein  55.5 
 
 		 215 aa  241  7e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2601  XRE family transcriptional regulator  55.43 
 
 		 203 aa  229  2e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.512754  hitchhiker  0.000000366247 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3843  DNA-binding protein  53.47 
 
 		 209 aa  224  9e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4037  DNA-binding protein  53.72 
 
 		 199 aa  218  3.9999999999999997e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1906  XRE family transcriptional regulator  54.97 
 
 		 210 aa  216  1e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2483  DNA-binding protein  51.6 
 
 		 198 aa  209  3e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3227  transcriptional regulator  53.63 
 
 		 201 aa  207  9e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.792428  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3886  XRE family transcriptional regulator  47.8 
 
 		 210 aa  184  7e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2769  XRE family transcriptional regulator  46.56 
 
 		 276 aa  184  9e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6754  transcriptional regulator, XRE family  46.7 
 
 		 210 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36173  normal  0.846385 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3309  XRE family transcriptional regulator  44.57 
 
 		 209 aa  166  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1430  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 259 aa  139  3.9999999999999997e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00776927 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8486  transcriptional regulator, XRE family  39.44 
 
 		 204 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7013  transcriptional regulator  44.37 
 
 		 150 aa  135  5e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4870  XRE family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 211 aa  132  1.9999999999999998e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.523431 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4798  transcriptional regulator  39.57 
 
 		 222 aa  129  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.124269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1466  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 206 aa  124  9e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.609185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4610  XRE family transcriptional regulator  38.17 
 
 		 252 aa  124  1e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.985679  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5469  XRE family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 215 aa  123  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0381278  normal  0.011752 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1469  XRE family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 201 aa  122  4e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.978322 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0062  transcriptional regulator  34.85 
 
 		 211 aa  122  5e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0168  XRE family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 227 aa  117  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2007  DNA-binding protein  35.57 
 
 		 205 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1559  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 262 aa  111  8.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1876  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 197 aa  111  9e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2245  Cro/CI family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 197 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.492638  normal  0.683994 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3493  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 197 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.499359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2158  XRE family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 239 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.233392  normal  0.181964 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5085  XRE family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 251 aa  99.8  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00667568  normal  0.553791 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 180 aa  91.7  7e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 180 aa  90.5  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 180 aa  90.5  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1227  transcriptional regulator  31.32 
 
 		 220 aa  89  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.222447  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 180 aa  89  5e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 180 aa  89  5e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 180 aa  89  5e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0805  DNA-binding protein  33.15 
 
 		 224 aa  88.2  8e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.602444  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 196 aa  87  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 212 aa  87  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 198 aa  85.9  4e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1162  DNA-binding protein  31.46 
 
 		 187 aa  85.1  7e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  28.19 
 
 		 188 aa  85.1  7e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0477  XRE family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 204 aa  84.7  9e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.566181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0958  DNA-binding protein  31.46 
 
 		 187 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.704462  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1008  DNA-binding protein  31.46 
 
 		 187 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0867  DNA-binding protein  31.46 
 
 		 187 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0281  DNA-binding protein  31.46 
 
 		 187 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1956  DNA-binding protein  31.46 
 
 		 187 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  31.63 
 
 		 197 aa  84.3  0.000000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  28.57 
 
 		 188 aa  84.3  0.000000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1001  DNA-binding protein  31.46 
 
 		 187 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 187 aa  83.6  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 187 aa  83.6  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 187 aa  84  0.000000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  27.66 
 
 		 188 aa  84  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 204 aa  82  0.000000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 187 aa  82  0.000000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  34.95 
 
 		 182 aa  80.5  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  30.21 
 
 		 196 aa  79.7  0.00000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 187 aa  79.3  0.00000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0450  XRE family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 180 aa  77.4  0.0000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  28.87 
 
 		 199 aa  77.4  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  28.87 
 
 		 199 aa  77  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.89 
 
 		 189 aa  76.3  0.0000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 292 aa  75.9  0.0000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 181 aa  73.2  0.000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  26.09 
 
 		 197 aa  72.8  0.000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 179 aa  72  0.000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 192 aa  71.6  0.000000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 181 aa  70.9  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 191 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  28.65 
 
 		 179 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  28.65 
 
 		 179 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  28.65 
 
 		 179 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  28.65 
 
 		 179 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  28.65 
 
 		 179 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  28.65 
 
 		 179 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  28.96 
 
 		 236 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 191 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 191 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 191 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  28.42 
 
 		 236 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2941  XRE family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 271 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0631546  normal  0.420407 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 193 aa  68.6  0.00000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3075  XRE family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 269 aa  68.6  0.00000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 190 aa  68.2  0.00000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 192 aa  68.2  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 192 aa  68.2  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0847  XRE family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 191 aa  68.2  0.00000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 192 aa  68.2  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0888  transcriptional regulator, XRE family  24.18 
 
 		 179 aa  67.8  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3019  transcriptional regulator, XRE family  32.58 
 
 		 198 aa  67.8  0.0000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5143  putative transcriptional regulator, XRE family  30.81 
 
 		 192 aa  67.8  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0117731  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>