More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3493 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2245  Cro/CI family transcriptional regulator  99.49 
 
 		 197 aa  395  1e-109  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.492638  normal  0.683994 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3493  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 197 aa  396  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.499359  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1876  XRE family transcriptional regulator  97.46 
 
 		 197 aa  387  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2007  DNA-binding protein  69.27 
 
 		 205 aa  263  1e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1469  XRE family transcriptional regulator  59.3 
 
 		 201 aa  218  6e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.978322 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0168  XRE family transcriptional regulator  47.95 
 
 		 227 aa  159  3e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0062  transcriptional regulator  42.35 
 
 		 211 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5469  XRE family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 215 aa  143  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0381278  normal  0.011752 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1559  transcriptional regulator, XRE family  37.29 
 
 		 262 aa  119  3e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5085  XRE family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 251 aa  115  3.9999999999999997e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00667568  normal  0.553791 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3227  transcriptional regulator  35.26 
 
 		 201 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.792428  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2727  DNA-binding transcriptional regulator  32.6 
 
 		 208 aa  111  6e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.118237 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1555  putative transcriptional regulator  36.07 
 
 		 208 aa  109  2.0000000000000002e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.602269  normal  0.341998 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2314  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 208 aa  106  2e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.059917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1466  XRE family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 206 aa  103  1e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.609185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05970  hypothetical protein  31.69 
 
 		 207 aa  102  4e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2483  DNA-binding protein  32.45 
 
 		 198 aa  101  8e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1345  XRE family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 209 aa  101  8e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200207  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000231  predicted transcriptional regulator  31.69 
 
 		 207 aa  101  9e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3843  DNA-binding protein  30.32 
 
 		 209 aa  99.8  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0763  putative DNA-binding protein  32.07 
 
 		 215 aa  99.4  3e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4037  DNA-binding protein  30.77 
 
 		 199 aa  97.8  9e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0950  transcriptional regulator  31.15 
 
 		 207 aa  95.9  3e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3309  XRE family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 209 aa  93.6  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4798  transcriptional regulator  35.84 
 
 		 222 aa  93.2  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.124269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1906  XRE family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 210 aa  90.9  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1430  XRE family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 259 aa  89  4e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00776927 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8486  transcriptional regulator, XRE family  29.65 
 
 		 204 aa  87.8  8e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3886  XRE family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 210 aa  87  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6754  transcriptional regulator, XRE family  32.24 
 
 		 210 aa  85.9  4e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36173  normal  0.846385 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2601  XRE family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 203 aa  85.9  4e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.512754  hitchhiker  0.000000366247 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2769  XRE family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 276 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4610  XRE family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 252 aa  79.7  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.985679  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1227  transcriptional regulator  30 
 
 		 220 aa  72  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.222447  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7013  transcriptional regulator  29.63 
 
 		 150 aa  71.6  0.000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  28.81 
 
 		 197 aa  68.2  0.00000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  28.4 
 
 		 180 aa  67.8  0.0000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0842  cupin 2 domain-containing protein  29.12 
 
 		 188 aa  65.5  0.0000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  29.41 
 
 		 196 aa  65.5  0.0000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 198 aa  65.1  0.0000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2909  MerR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 292 aa  64.3  0.000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4870  XRE family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 211 aa  63.9  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.523431 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0450  XRE family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 180 aa  64.3  0.000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7925  putative transcriptional regulator, XRE family  31.95 
 
 		 199 aa  63.2  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.421089 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0477  XRE family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 204 aa  63.5  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.566181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0311  cupin 2 domain-containing protein  27.87 
 
 		 189 aa  62.4  0.000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  27.89 
 
 		 197 aa  62.4  0.000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  30.73 
 
 		 225 aa  62  0.000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 180 aa  62  0.000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.12 
 
 		 189 aa  61.2  0.000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 180 aa  61.2  0.000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 180 aa  61.2  0.000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1566  transcriptional regulator, XRE family  32 
 
 		 202 aa  60.5  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0862847 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5113  putative transcriptional regulator  26.46 
 
 		 187 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 180 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 180 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 180 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2318  transcriptional regulator  26.78 
 
 		 188 aa  60.1  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00466136  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0992  cupin 2 domain-containing protein  28.88 
 
 		 186 aa  60.5  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00214756  normal  0.392819 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58380  putative transcriptional regulator  26.46 
 
 		 187 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 182 aa  60.1  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 196 aa  59.3  0.00000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4357  transcriptional regulator, MerR family  28.65 
 
 		 269 aa  59.3  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00580847 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4027  transcriptional regulator, MerR family  27.68 
 
 		 269 aa  59.7  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2646  XRE family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 182 aa  59.3  0.00000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3050  transcriptional regulator, XRE family  32.76 
 
 		 195 aa  58.9  0.00000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0215158  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02050  predicted transcriptional regulator  31.91 
 
 		 201 aa  58.5  0.00000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 192 aa  57.4  0.0000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1243  transcriptional regulator  23.5 
 
 		 184 aa  57.8  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2327  transcriptional regulator, XRE family  28.49 
 
 		 189 aa  57.4  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3341  XRE family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 193 aa  57.4  0.0000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.272722  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 208 aa  57.4  0.0000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 208 aa  57.4  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 208 aa  57.4  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3352  XRE family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 193 aa  57.4  0.0000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.236659 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3403  XRE family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 193 aa  57.4  0.0000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.234277 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 182 aa  57  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  25.65 
 
 		 188 aa  56.6  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0805  DNA-binding protein  29.95 
 
 		 224 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.602444  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0661  MerR family transcriptional regulator  25 
 
 		 192 aa  57  0.0000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  25.43 
 
 		 182 aa  56.2  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0551  transcriptional regulator, XRE family  27.43 
 
 		 198 aa  56.2  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  25 
 
 		 187 aa  55.8  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 187 aa  55.8  0.0000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  24.86 
 
 		 182 aa  55.8  0.0000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5358  putative transcriptional regulator, XRE family  30.51 
 
 		 201 aa  55.8  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.406538  normal  0.655587 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 182 aa  55.8  0.0000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  24.86 
 
 		 182 aa  55.8  0.0000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3407  transcriptional regulator, XRE family  32 
 
 		 192 aa  55.8  0.0000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 204 aa  55.8  0.0000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  24.86 
 
 		 182 aa  55.8  0.0000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  25.65 
 
 		 188 aa  55.8  0.0000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3617  XRE family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 195 aa  55.8  0.0000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.191499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1058  XRE family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 184 aa  55.5  0.0000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17550  putative transcriptional regulator with cupin domain  24.85 
 
 		 200 aa  55.1  0.0000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0466174  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0274  transcriptional regulator, XRE family  29.47 
 
 		 205 aa  55.1  0.0000006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.64998  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2948  transcriptional regulator, XRE family  27.13 
 
 		 225 aa  55.1  0.0000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0211039  hitchhiker  0.000112709 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4068  XRE family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 432 aa  55.1  0.0000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.231317 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09060  predicted transcriptional regulator  24.14 
 
 		 192 aa  55.1  0.0000006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.391815  normal  0.265834 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0281  DNA-binding protein  29.01 
 
 		 187 aa  55.1  0.0000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>