More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_8486 on replicon NC_011892
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011892  Mnod_8486  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 204 aa  416  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4870  XRE family transcriptional regulator  47.51 
 
 		 211 aa  181  7e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.523431 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2727  DNA-binding transcriptional regulator  39.23 
 
 		 208 aa  152  5e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.118237 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0950  transcriptional regulator  38.02 
 
 		 207 aa  151  5e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000231  predicted transcriptional regulator  38.67 
 
 		 207 aa  150  1e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05970  hypothetical protein  38.67 
 
 		 207 aa  149  3e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0763  putative DNA-binding protein  39.79 
 
 		 215 aa  149  4e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2601  XRE family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 203 aa  145  3e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.512754  hitchhiker  0.000000366247 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3886  XRE family transcriptional regulator  39.89 
 
 		 210 aa  142  5e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4037  DNA-binding protein  39.23 
 
 		 199 aa  141  6e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1555  putative transcriptional regulator  39.44 
 
 		 208 aa  139  3.9999999999999997e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.602269  normal  0.341998 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6754  transcriptional regulator, XRE family  38.76 
 
 		 210 aa  137  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36173  normal  0.846385 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3843  DNA-binding protein  37.57 
 
 		 209 aa  136  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3227  transcriptional regulator  39.04 
 
 		 201 aa  136  2e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.792428  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1906  XRE family transcriptional regulator  38.07 
 
 		 210 aa  136  2e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2769  XRE family transcriptional regulator  36.98 
 
 		 276 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2483  DNA-binding protein  36.68 
 
 		 198 aa  134  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3309  XRE family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 209 aa  132  3.9999999999999996e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1345  XRE family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 209 aa  126  3e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2314  XRE family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 208 aa  122  4e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.059917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1430  XRE family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 259 aa  115  3.9999999999999997e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00776927 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1466  XRE family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 206 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.609185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4610  XRE family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 252 aa  105  7e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.985679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4798  transcriptional regulator  33.7 
 
 		 222 aa  104  8e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.124269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5469  XRE family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 215 aa  103  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0381278  normal  0.011752 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7013  transcriptional regulator  34.04 
 
 		 150 aa  99.8  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0062  transcriptional regulator  31.87 
 
 		 211 aa  98.6  5e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5085  XRE family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 251 aa  94.7  8e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00667568  normal  0.553791 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1559  transcriptional regulator, XRE family  31.87 
 
 		 262 aa  94.4  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 292 aa  92.8  3e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2007  DNA-binding protein  30.86 
 
 		 205 aa  90.9  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 196 aa  90.1  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 198 aa  89  5e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0168  XRE family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 227 aa  88.2  8e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2245  Cro/CI family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 197 aa  88.2  9e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.492638  normal  0.683994 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3493  XRE family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 197 aa  87.8  9e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.499359  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1227  transcriptional regulator  32.78 
 
 		 220 aa  87.8  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.222447  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1876  XRE family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 197 aa  86.3  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1469  XRE family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 201 aa  85.1  6e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.978322 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0477  XRE family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 204 aa  83.2  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.566181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2158  XRE family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 239 aa  82.8  0.000000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.233392  normal  0.181964 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  31.15 
 
 		 196 aa  82.4  0.000000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  30.53 
 
 		 197 aa  81.3  0.000000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  31.25 
 
 		 199 aa  80.9  0.00000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  31.25 
 
 		 199 aa  80.5  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 179 aa  78.2  0.00000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  28.49 
 
 		 188 aa  75.9  0.0000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  27.96 
 
 		 188 aa  74.3  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  25.82 
 
 		 180 aa  73.6  0.000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 187 aa  73.9  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 187 aa  73.9  0.000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  28.06 
 
 		 188 aa  73.6  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 187 aa  72.4  0.000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 219 aa  70.5  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 187 aa  70.5  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3046  transcriptional regulator  29.57 
 
 		 201 aa  70.5  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.948594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 187 aa  70.5  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  25.68 
 
 		 211 aa  69.7  0.00000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.73 
 
 		 189 aa  69.7  0.00000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  30.05 
 
 		 227 aa  69.7  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0898  XRE family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 179 aa  69.7  0.00000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  30.85 
 
 		 227 aa  69.3  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3684  transcriptional regulator, XRE family  29.89 
 
 		 180 aa  68.6  0.00000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000437538  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 204 aa  68.2  0.00000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4448  XRE family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 193 aa  68.2  0.00000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0311191  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1806  transcriptional regulator, XRE family  29.65 
 
 		 181 aa  67.8  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  25.95 
 
 		 197 aa  67.4  0.0000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0551  transcriptional regulator, XRE family  27.92 
 
 		 198 aa  67.8  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2909  MerR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 292 aa  67.4  0.0000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2148  DNA-binding protein, putative  29.65 
 
 		 181 aa  67.8  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0274  transcriptional regulator, XRE family  30.05 
 
 		 205 aa  67  0.0000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.64998  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  30.69 
 
 		 201 aa  67  0.0000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4678  MerR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 276 aa  65.5  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.825044  normal  0.111013 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2046  XRE family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 205 aa  65.5  0.0000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.298774  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0847  XRE family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 191 aa  65.5  0.0000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0641  XRE family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 211 aa  65.1  0.0000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2294  XRE family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 211 aa  65.1  0.0000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.328361 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 176 aa  65.1  0.0000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  27.62 
 
 		 188 aa  64.7  0.0000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  29.05 
 
 		 232 aa  64.3  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 192 aa  63.9  0.000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 191 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 193 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 191 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 191 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1729  transcriptional regulator, XRE family  29.53 
 
 		 195 aa  63.2  0.000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.114176  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  27.46 
 
 		 219 aa  63.2  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1456  xenobiotic response element family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 188 aa  63.2  0.000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.01823e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2858  transcriptional regulator, XRE family  28.27 
 
 		 215 aa  62.8  0.000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000622832  normal  0.0374075 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  29.57 
 
 		 215 aa  62.4  0.000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 191 aa  62.4  0.000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  28.19 
 
 		 236 aa  62.4  0.000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2517  transcriptional regulator, XRE family  29.08 
 
 		 201 aa  62  0.000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0661  MerR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 192 aa  62  0.000000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2242  helix-turn-helix domain-containing protein  29.08 
 
 		 201 aa  62  0.000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.453871 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0965  transcriptional regulator, XRE family  26.06 
 
 		 191 aa  61.6  0.000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 181 aa  61.6  0.000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 178 aa  61.6  0.000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1444  cupin 2 domain-containing protein  26.29 
 
 		 192 aa  61.2  0.000000009  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 204 aa  61.2  0.000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>