More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1559 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1559  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 
262 aa  527  1e-149  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5085  XRE family transcriptional regulator  68.26 
 
 
251 aa  304  1.0000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00667568  normal  0.553791 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0062  transcriptional regulator  46.19 
 
 
211 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5469  XRE family transcriptional regulator  41.44 
 
 
215 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0381278  normal  0.011752 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0168  XRE family transcriptional regulator  42.93 
 
 
227 aa  151  1e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1469  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 
201 aa  127  3e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.978322 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3227  transcriptional regulator  32.99 
 
 
201 aa  118  9e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.792428  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2245  Cro/CI family transcriptional regulator  37.29 
 
 
197 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.492638  normal  0.683994 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3493  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 
197 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.499359  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1876  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 
197 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1430  XRE family transcriptional regulator  32.86 
 
 
259 aa  118  9.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00776927 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2007  DNA-binding protein  38.51 
 
 
205 aa  116  3e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4798  transcriptional regulator  34.69 
 
 
222 aa  112  6e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.124269  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2727  DNA-binding transcriptional regulator  33.7 
 
 
208 aa  112  8.000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.118237 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1555  putative transcriptional regulator  35.71 
 
 
208 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.602269  normal  0.341998 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3309  XRE family transcriptional regulator  34.24 
 
 
209 aa  107  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000231  predicted transcriptional regulator  33.15 
 
 
207 aa  107  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05970  hypothetical protein  33.15 
 
 
207 aa  107  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1906  XRE family transcriptional regulator  33.89 
 
 
210 aa  107  2e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0950  transcriptional regulator  33.7 
 
 
207 aa  107  3e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2601  XRE family transcriptional regulator  34.25 
 
 
203 aa  105  6e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.512754  hitchhiker  0.000000366247 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1466  XRE family transcriptional regulator  34.52 
 
 
206 aa  105  7e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.609185  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1345  XRE family transcriptional regulator  33.7 
 
 
209 aa  104  1e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200207  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2769  XRE family transcriptional regulator  35.53 
 
 
276 aa  103  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0763  putative DNA-binding protein  31.15 
 
 
215 aa  103  3e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2314  XRE family transcriptional regulator  34.46 
 
 
208 aa  102  5e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.059917  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4610  XRE family transcriptional regulator  33 
 
 
252 aa  99.8  4e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.985679  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3886  XRE family transcriptional regulator  35.98 
 
 
210 aa  99  6e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6754  transcriptional regulator, XRE family  35.14 
 
 
210 aa  98.6  8e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36173  normal  0.846385 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3843  DNA-binding protein  31.89 
 
 
209 aa  95.1  9e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0477  XRE family transcriptional regulator  33.15 
 
 
204 aa  95.1  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.566181  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2483  DNA-binding protein  31.67 
 
 
198 aa  94  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8486  transcriptional regulator, XRE family  31.87 
 
 
204 aa  93.6  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4037  DNA-binding protein  29.53 
 
 
199 aa  90.9  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7013  transcriptional regulator  35.42 
 
 
150 aa  81.6  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  31.18 
 
 
180 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  31.18 
 
 
180 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  31.72 
 
 
180 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  31.18 
 
 
180 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  31.72 
 
 
180 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  31.72 
 
 
180 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  32.97 
 
 
182 aa  77.4  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5113  putative transcriptional regulator  30.73 
 
 
187 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0805  DNA-binding protein  30.32 
 
 
224 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.602444  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1227  transcriptional regulator  32.61 
 
 
220 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.222447  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58380  putative transcriptional regulator  30.73 
 
 
187 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1008  DNA-binding protein  28.12 
 
 
187 aa  75.9  0.0000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1001  DNA-binding protein  28.12 
 
 
187 aa  75.9  0.0000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1162  DNA-binding protein  28.12 
 
 
187 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2318  transcriptional regulator  31.48 
 
 
188 aa  75.5  0.0000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00466136  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3151  Cupin 2 conserved barrel domain protein  46.79 
 
 
503 aa  75.5  0.0000000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0474  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 
192 aa  74.3  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.554508  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2158  XRE family transcriptional regulator  34.59 
 
 
239 aa  73.2  0.000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.233392  normal  0.181964 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0992  cupin 2 domain-containing protein  31.9 
 
 
186 aa  73.2  0.000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00214756  normal  0.392819 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1956  DNA-binding protein  27.6 
 
 
187 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  30.93 
 
 
192 aa  72.8  0.000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0867  DNA-binding protein  27.6 
 
 
187 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0958  DNA-binding protein  27.6 
 
 
187 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.704462  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0281  DNA-binding protein  27.6 
 
 
187 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  30.48 
 
 
197 aa  72.4  0.000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  28.36 
 
 
196 aa  71.2  0.00000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  28.89 
 
 
182 aa  72  0.00000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1110  Phosphate butyryltransferase  44.95 
 
 
503 aa  71.2  0.00000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4870  XRE family transcriptional regulator  29.69 
 
 
211 aa  71.6  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.523431 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  27.37 
 
 
180 aa  71.2  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0609  cupin sensor transcriptional regulator  27.68 
 
 
184 aa  70.9  0.00000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.176567  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  27.72 
 
 
227 aa  70.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4609  XRE family transcriptional regulator  26.73 
 
 
229 aa  70.5  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0521  cupin 2 domain-containing protein  29.55 
 
 
184 aa  70.5  0.00000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2171  transcriptional regulator  32.02 
 
 
184 aa  70.5  0.00000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.809699 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  28.24 
 
 
204 aa  70.1  0.00000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0002  transcriptional regulator, XRE family  31.14 
 
 
184 aa  70.1  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.138514 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  31.03 
 
 
201 aa  69.7  0.00000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0325  XRE family transcriptional regulator  27.18 
 
 
192 aa  69.7  0.00000000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1721  XRE family transcriptional regulator  31.15 
 
 
201 aa  69.3  0.00000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0842  cupin 2 domain-containing protein  31.25 
 
 
188 aa  69.7  0.00000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0316  cupin 2 domain-containing protein  27.84 
 
 
184 aa  69.3  0.00000000006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0154  XRE family transcriptional regulator  29.94 
 
 
182 aa  69.3  0.00000000006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0450  XRE family transcriptional regulator  30.81 
 
 
180 aa  69.3  0.00000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0661  MerR family transcriptional regulator  31.28 
 
 
192 aa  68.9  0.00000000007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  26.74 
 
 
227 aa  68.9  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1398  XRE family transcriptional regulator  27.84 
 
 
184 aa  68.9  0.00000000008  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.365461  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.81 
 
 
189 aa  68.6  0.00000000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  26.18 
 
 
197 aa  68.2  0.0000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0108  transcriptional regulator, XRE family  29.94 
 
 
186 aa  67.8  0.0000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4694  XRE family transcriptional regulator  31.67 
 
 
224 aa  67.8  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.607677 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  31.18 
 
 
219 aa  67.8  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0587  cupin 2 domain-containing protein  26.7 
 
 
184 aa  67.4  0.0000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4811  XRE family transcriptional regulator  31.32 
 
 
201 aa  67  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00213383 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  28.35 
 
 
198 aa  67  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1444  cupin 2 domain-containing protein  28 
 
 
192 aa  67  0.0000000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  27.55 
 
 
192 aa  66.2  0.0000000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.494606  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6377  XRE family transcriptional regulator  27.05 
 
 
286 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1039  MerR family transcriptional regulator  26.15 
 
 
192 aa  66.2  0.0000000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0817  transcriptional regulator, XRE family  29.94 
 
 
184 aa  65.9  0.0000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  28.98 
 
 
212 aa  65.5  0.0000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  28.42 
 
 
196 aa  65.5  0.0000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  30.94 
 
 
225 aa  65.5  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  30.27 
 
 
197 aa  64.7  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  30.99 
 
 
219 aa  64.3  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>